尔云间生信代码|R可视化：clusterProfiler包做组间比较GO富集图

科研有捷径，输入代码，一键获取科研成果！就是这么省事，来具体看下有多方便！

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场景需求：

GO功能富集图我们常见的是点图和柱状图，像这样的：

或者像我们之前推文里介绍的网络图一样，详情查看推文“代码分享│R可视化：基因与功能之间的关系--GO功能富集网络图绘制”（链接：https://mp.weixin.qq.com/s/TdTKHsKhZMl1Ukjlz4MjkQ）。

上面的点图、柱状图和网络图体现的是总体差异基因的GO富集结果，并不能直观的体现组间差异基因富集的结果，但是我们实际的需求可能是下图这样的，对差异上下调基因分别富集到的功能进行展示并绘制在一张图上：

下面我们来具体看下怎么操作。代码相关文件见如下3个文件夹，可在文末知道如何领取。

1.      加载相应R依赖包：

library("clusterProfiler")

library("org.Mm.eg.db")

library("enrichplot")

library("ggplot2")

2.      数据导入

输入数据格式如下所示，只需要2列即可，一列是分组信息，一列是基因ID。

3.      基因ID转换

我们将基因symbol转换成ENTREZID，OrgDb参数是选择物种的，这里我们使用的是小鼠基因，所以是org.Mm.eg.db。

4.      常规GO富集图

我们先得到常规的GO富集点图和柱状图，ont这个参数还可以选择"BP", "MF", "CC"这三个功能。

5.      组间差异比较GO富集图

接下来就是最重要的组间比较结果图了，输入文件必须要有上面提到的2列，其中一列是分组信息，然后利用compareCluster这个函数进行分析，再利用simplify去除冗余的结果。

最后是出图并输出整体结果。可以看到结果展示了两组间各自富集的GO功能，这样就能很好的展示各自组特异的功能富集结果。

如需代码及示例数据等文件，请扫码聊天框回复 “B30”领取！