简单又实用的转录因子预测数据库ChEA3
尔云间 一个专门做科研的团队

最近小果注意到有果粉在提问如何做转录因子预测的问题,小伙伴们是不是在苦恼预测的转录因子步骤繁琐?是不是在找一个可以简单粗暴的预测转录因子的数据库,今天小果就给大家带来一个实用又简单的转录因子预测数据库。
今天的分享有两小部分
一部分是ChEA3数据库简介
另一部分是ChEA3数据库预测转录因子预测。

一、ChEA3数据库简介
ChEA3:ChIP-X Enrichment Analysis 3是一种转录因子富集分析工具,对与用户提交的基因集相关的TF进行排名。ChEA3背景数据库包含从多个来源生成的基因集库集合,包括来自RNA-seq研究的TF-基因共表达,来自ChIP-seq实验的TF-target关联,以及从多个提交的基因列表计算的TF-基因共存。
数据库网站为:https://amp.pharm.mssm.edu/ChEA3
二、ChEA3数据库预测转录因子预测
1.首先我们进入ChEA3数据库网站,它是这样的

2.输入需要预测的基因,这里我们以预测CDK8,TP53和KFBP5这三个基因的转录因子为例,在搜索框中输入这几个基因名,然后点击提交。

3.等待数据库预测完成后,会出现如下的结果,我们预测到的结果有1632个转录因子,我们直接点击图中红色方框圈住的按钮,下载为.tsv格式查看。

4.打开下载的结果,查看tsv格式文件。结果如下,小伙伴可以根据自己的需求选择。

好了,今天的分享到这就结束了,小伙伴有问题可以给小果留言或者加关注来咨询小果。
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