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简单又实用的转录因子预测数据库ChEA3

2023-03-14 09:13 作者:小云爱生信  | 我要投稿

尔云间  一个专门做科研的团队

原创 小果 生信果


最近小果注意到有果粉在提问如何做转录因子预测的问题,小伙伴们是不是在苦恼预测的转录因子步骤繁琐是不是在找一个可以简单粗暴的预测转录因子的数据库今天小果就给大家带来一个实用又简单的转录因子预测数据库

今天的分享有两小部分

一部分是ChEA3数据库简介

另一部分是ChEA3数据库预测转录因子预测


一、ChEA3数据库简介

ChEA3:ChIP-X Enrichment Analysis 3是一种转录因子富集分析工具,对与用户提交的基因集相关的TF进行排名。ChEA3背景数据库包含从多个来源生成的基因集库集合,包括来自RNA-seq研究的TF-基因共表达,来自ChIP-seq实验的TF-target关联,以及从多个提交的基因列表计算的TF-基因共存

数据库网站为:https://amp.pharm.mssm.edu/ChEA3


二、ChEA3数据库预测转录因子预测

1.首先我们进入ChEA3数据库网站它是这样的



2.输入需要预测的基因这里我们以预测CDK8,TP53KFBP5这三个基因的转录因子为例在搜索框中输入这几个基因名然后点击提交



3.等待数据库预测完成后会出现如下的结果我们预测到的结果有1632个转录因子我们直接点击图中红色方框圈住的按钮下载为.tsv格式查看



4.打开下载的结果查看tsv格式文件结果如下小伙伴可以根据自己的需求选择



好了今天的分享到这就结束了小伙伴有问题可以给小果留言或者加关注来咨询小果


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