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Slingshot 是一个单细胞 RNA-seq 拟时序分析的 R 包，用于推断低维数据中连续的分支谱系结构。Slingshot旨在对单细胞 RNA 测序数据中的发育轨迹进行建模，它足够灵活，可以处理任意多个分支事件，并允许通过监督图的构建来合并先验知识，以无监督或半监督的方式学习集群关系，并构建代表每个谱系的平滑曲线。

代码相关文件见如下3个文件夹，可在文末付费后领取。

加载相应R依赖包

library(SingleCellExperiment)

library(slingshot, quietly = TRUE)

library(RColorBrewer)

library(Seurat)

library(ggplot2)

library(uwot)

library(mclust, quietly = TRUE)

library(grDevices)

数据导入

数据我们使用10X Genomics免费提供的外周血单核细胞(PBMC)数据集，下载路径：cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k。然后进行常规的单细胞分析，相应参数根据大家自己的数据做改变。

Slingshot分析

接下来开始slingshot的分析，首先设定种子方便后续重复分析结果，然后利用SingleCellExperiment函数创建分析对象sce。

这里我们利用TSNE的方法来演示，也可以选用PCA或者UMAP等方法。然后利用slingshot函数进行Slingshot拟时序分析。

利用自建函数cell_pal根据分群信息给每一个细胞赋予颜色。

最后出结果图。

如需代码及示例数据等文件，请扫码聊天框回复 “B36”领取！

写在文末：

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