本人完全菜鸡小白，从头研究这玩意，找个地方记录一下

感觉能遇到的问题基本都遇到了。。真是服了

不支持win的软件真的难搞啊。。对于菜鸡来说

主要参考 

https://rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/install_build/install_build

https://www.pyrosetta.org/downloads/windows-10

https://bioinformaticsreview.com/20210908/installing-rosetta-on-ubuntu/

https://www.youtube.com/watch?v=UEaFmUMEL9c

以及问GTP一堆问题

wsl 安装Ubuntu

设置wsl：参考 https://www.pyrosetta.org/downloads/windows-10

装Ubuntu

一开始直接 wsl --install -d Ubuntu，但是不知道为啥装g++以及pip3的时候依赖库就不符合要求了。。好像版本有点高，于是卸了重装20.04版本。。但是后面又用22.04版本又行了。。

安装命令：

wsl --install -d Ubuntu-20.04

出问题就 wsl --unregister ubuntu 重装

powershell 输入wsl 能切换成 wsl 模式

设置网络连接

使用sudo update时候死活连不上一直显示Ign1，查一堆资料说换源，换了一堆还是不行，不同Ubuntu版本源也不行。。不知从哪里看了想到ping一下发现连百度都上不了。。研究半天发现是要改DNS。。懒得研究为啥改了就行了。。

必须更改dns：

sudo vim /etc/resolv.conf

找一个DNS改上去例如  223.5.5.5    180.76.76.76

shift+i 编辑，esc回命令行，:wq! 保存退出，:q!不保存退出

ping www.baidu.com 检查网络连接

更改源（其实不改也行。。

sudo vim /etc/apt/sources.list

全删了网上找ubuntu镜像源改上去就行

:1,5d 删除1-5行

Ubuntu必要的安装

本来g++和gcc分开来装但是总是说依赖库版本有问题。。查了说直接装build-essential然而连这个都装不上了。。试图用aptitude装但是完全没有用。。怀疑是ubuntu版本高了，卸了ubuntu重装20.04版本然后直接装build-essential结果就好了。。到最后也不知道是为什么。。真就解决办法就是重装。。

命令：

sudo apt update

sudo apt upgrade

sudo apt install build-essential  编译相关

sudo apt install zlib1g-dev 解压缩相关

sudo apt install aptitude  不装也行。。

cd / 打开根目录

打开 c 盘的路径：

/mnt/c/

python安装

一开始装的最新版3.11结果pip3装不上去要求版本低于3.9 。。于是卸了改装3.8 。。但是后来重装Ubuntu20.04发现其实3.10也是可以的（pyrosetta最新支持到3.10）。。于是又把3.10设置为默认。。

python版本：

sudo ls -l /usr/bin | grep python     列出所有版本

sudo apt remove python3      卸载当前版本

sudo add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppa     添加python源

sudo apt update

sudo apt python3.10     安装python3.10

设置默认使用的python版本：

sudo update-alternatives --install /usr/bin/python3 python3 /usr/bin/python3.8 1 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/python3 python3 /usr/bin/python3.10 2 

sudo update-alternatives --config python3 

python3 --version    出现 3.10.13 搞定。。

设置默认python命令指向3.10后还需要更新包：

sudo apt install python3.10-distutils

否则后面装pyrosetta会出错。。

能成功下载以下包就行（pyrosetta需要）

sudo apt-get install ipython3 python3-setuptools python3-pip

需要设置将python指向python3，否则编译会有问题

sudo ln -s /usr/bin/python3 /usr/bin/python

python --version    出现 3.10.13 搞定。。

装Rosetta

下载 scons 用于编译

sudo apt install scons

下载 source 版本rosetta，将压缩包放到目标文件夹例如 /ros，进入/ros 文件夹。

cd /mnt/c/ros

一定要用命令解压缩，右键直接解压会缺少需要管理员权限才能解压的文件导致编译出错。。然后又得重新解压。。真给我搞晕了

解压不了则安装解压缩相关包：

sudo apt update

sudo apt install --reinstall libbz2-1.0=1.0.8-2

sudo apt install bzip2

bz2格式解压缩命令：

sudo tar -xvjf rosetta.source.release-351.tar.bz2

v会输出解压的文件名，直接 -xjf 就啥也不输出

别动它。。解压缩很久，解完会出现用户命令行

进入解压缩后的文件夹

cd rosetta.source.release-351/main/source/

编译前要先让 python命令 指向 python3，否则编译出错。

进行编译：

sudo python ./scons.py -j 8 mode=release bin

-j 8是使用 8核 编译

需要几小时，睡前运行起床后好了

检测编译成功：

进入source运行相关命令 

cd source

./bin/AbinitioRelax.default.linuxgccrelease

报错说要sequence例如FASTA 说明成功（因为报错来自rosetta）

参考：https://www.youtube.com/watch?v=UEaFmUMEL9c

pyrosetta

参考：https://www.pyrosetta.org/downloads/windows-10

需要先下载相关包

sudo apt-get install ipython3 python3-setuptools python3-pip

下载了.linux 版本后发现官方推荐下载 linux.wheel 版本（https://www.pyrosetta.org/downloads/windows-10#h.z22mu2rkzun 的 “c. Download the appropriate Linux Release wheel, based on your Python version” 特么的写的那么小。。），然而试图下载这个版本半天下不下来，只好用.linux 的装了。因为用Python3.10所以下载310的包。

进入存放压缩包的文件夹，解压缩：

sudo tar -xvjf PyRosetta4.Debug.python310.linux.release-355.tar.bz2

需要几十分钟

安装：

cd PyRosetta4.Debug.python310.linux.release-355/setup

sudo python setup.py install

需要几个小时。。十二点开始晚上七八点回来发现好了

测试：

cd ../

vim test.py

from pyrosetta import *

init()

退出，执行

python test.py

运行需要一两分钟

或者直接打开python，输入import pyrosetta; pyrosetta.init().

没报错就成功