2035年 秋冬季

「忍者兇手」集團試圖炸毀丸之內超級高大樓被阻止。

忍者殺手和由佳乃一起探索岡山縣。

死排水溝遭到「歌舞伎部隊」綁架失去蹤影。

二丁目遭到天下攻擊，神秘的忍者「殺伐騎士」登場。

發生冰・忍者氏族展開恐怖攻擊未遂的事件。

2036年~2037年

御村重工的殘黨開始擴散佈告。

「放逐圈」對天下派系宣戰，成為了忍者殺手可靠的盟友。

忍者殺手與「紅鬼婆」相遇。

忍者殺手一行人潛入金絲雀村

天下的火箭成功發射，讓天下派系能夠與月球伺服器展開聯繫。

忍者殺手與「順子・鈴木」相遇。

倖存者道場撿到一個凡人嬰兒，生化忍者們細心溫柔的照料嬰兒，在找到生父後將嬰兒交還給他。

京都駐新埼玉的大使館遭到攻擊，大使遭到公開處決。

新埼玉(日本)與京都獨立共和國爆發全面戰爭。

忍者殺手被「尖銳大師」收留成為了他的弟子，在這段期間忍者殺手加深了自己與奈落的連結。

倖存者道場與放逐圈分別遭到養老師散製藥以及天下・派系的圍剿，兩個組織並肩作戰逃往了二丁目避難。

2037年10月9日

新埼玉知事「先橋・宏」去世，天下派系支配新埼玉的系統已經建構完畢。

2037年10月10日 天下最長的一天

日本政府開始進行賞花儀式，將新埼玉知事的權力移交給阿伽門農。

天下派系展開最高級別的警戒模式，整個新埼玉開始戒嚴。

00：17

忍者殺手闖入唐紙大樓拯救「雛屋・活・谷口 」並且協助實現他的計畫，那就是向全新埼玉市民廣播傳達有關天下・派系的真相。

忍者殺手與谷口一起闖入正在直播的電視節目，在現場有十二人之一負責掌管媒體的「莊嚴 」，忍者殺手與莊嚴展開戰鬥，與此同時谷口開始廣播，最後莊嚴被奈落・忍者用手刀貫穿胸口，然後再被赤黑之炎活活燒死。這重創了天下派系有關於媒體跟資訊業的控制。

01：08

大佛陀要塞由於南希李的駭客攻擊開始向地下避難所下沉。

電視上開始報導藤木戶健二的通緝新聞。

忍者殺手攻入大佛陀要塞與十二人之一「黑蓮花」展開戰鬥，最終將其殺死，消滅這令人作嘔的和尚。

02：06

忍者殺手闖入了十二人之一「梅菲斯托菲勒斯 」的宅邸，梅菲斯托菲勒斯試圖與忍者殺手展開交易並且簽訂合約。

02：35

奈落・忍者看穿了梅菲斯托菲勒斯的忍者靈魂與能力，警告藤木戶不要上當，看見談判破局後，梅菲斯托菲勒斯與忍者殺手展開戰鬥，試圖談判的惡魔就這樣被消滅掉了。

02：38

十二人之一的「斯巴達克斯」與天下的部隊試圖抓住忍者殺手，但是晚了一步。

梅菲斯托菲勒斯被殺死的事件上新聞。

02：45

南希李被新埼玉警方「第49課」保護起來。

03：26

忍者殺手與古羅馬三戰士展開激戰。

04：00

忍者殺手擊敗古羅馬三戰士。

04：25

「登瀨・玄尊」與南希・李展開交流，最後選擇相信她並且給予支援。

04：50

十二人之一「正義 」宣布，今後七十二小時、高級刑警可以自由指揮、動員NSPD全課。

05：20

登瀨・玄尊、南希・李、死月、忍者殺手會合。

05：50

新埼玉各地都升起了「忍殺」二字的旗幟。

忍者殺手闖入了「正義大盾」與正義展開戰鬥，最後正義被忍者殺手用慘酷的暗黑空手道奧義「阿拉巴馬落」砸死。

06：10

南希・李、死月、忍者殺手再次會合。

賞花儀式開始進行的休息時間，阿伽門農得到有關十二人已經有四人死亡的報告。

07：45

阿伽門農與其餘十二人展開通訊會議。

08：00

「協力・關系」艦隊開始展開軍事演習。

08：17

南希・李與忍者殺手潛入協力・關系艦隊，在艦隊中內進行治療、午睡、網絡搜索。

11：00

一名灣岸警備隊高官的IRC通訊紀錄遭到駭入。

13：55

協力・關系艦隊檢測到針對核心UNIX系統和通訊系統的駭客攻擊。發布警報讓全體艦隊處於警備狀態。

天下派系與好好先生製藥的大批軍隊前往二丁目，二丁目戰爭正式爆發。

14：50

忍者殺手殺了不少的海軍忍者，踏上了協力・關系的甲板與十二人之一「首腦」展開戰鬥。

南希・李奪取了協力・關系的系統管理員權限。

14：58

十二人之一「收割者」抵達協力・關系，跟首腦並肩作戰與忍者殺手戰鬥。

南希・李在言靈空間中被十二人之一「阿爾戈斯 」攻擊，就在她要被消滅掉的時候皮革馬利翁・侍女兄弟的代理人「惠史生」與「貓咪醬 」將南希・李救下。

「Mr·半價」將南希・李的物理肉體救出。

15：17

南希・李、惠史生、貓咪醬在言靈空間對阿爾戈斯展開反擊。

首腦被忍者殺手擊殺。

京都的歌舞伎部隊設施的UNIX系統出現當機，空色趁機救下了被囚禁的高木龕燈，在戰場上的死排水溝開始失去控制，大量殺死新埼玉與京都兩方的軍隊。

南希・李操控艦隊的武器系統，對收割者搭乘的載具展開攻擊，收割者在被攻擊後墜入大海失去蹤影。

取回肉體的銀之匙突然出現在337大樓二丁目自治會的電算機室內，開始協助二丁目的守軍對抗天下以及好好先生製藥。

15：26

老元千葉指示「影龍」奪取天下對外轉移的機密資料。同一時間南希李也要求鈴木・順子收集機密資料。

影龍成功脫離了阿伽門農的控制變回「暗影編織」，決定向天下展開復仇。

鈴木・順子成功收集到機密資料，與暗影編織一起行動。

16：00

鈴木・順子與暗影編織展開逃亡躲避天下追兵。

倖存者道場的生化忍者「發現」成功被營救回來，讓二丁目的通信系統再次恢復。

二丁目設下的障壁遭到突破，天下的部隊開始攻入。

南希・李、地下女王、放逐圈、鈴木・順子開始討論接下來的行動。

南希・李離開艦隊，鈴木・順子與暗影編織決定前往二丁目支援。

谷口的KMC無線電廣播再次啟動。

銀之匙對二丁目在場的所有養老師製藥部隊展開言靈駭入的行動，成功破解了「養老師・術」，讓倖存者道場的忍者們終於能夠放開手腳戰鬥，在駭入結束後，負責使用忍術的「征服者」當場陷入昏迷其餘部隊也全都陷入昏迷，銀之匙自己也暈眩過去。

17：00

順子・鈴木與暗影編織對一台天下的裝甲拖車展開攻擊，運用拖車上的設備成功駭入了「奈米空手道引擎」的人造衛星，將十二人之一「觀星者 (りスターゲイザー)」的不死能力剝奪走，讓他變得能夠被殺死。

天下的部隊攻入了337大樓內部的UNIX。

17：11

裝甲拖車突然出現在戰場輾壓在場的天下忍者，暗影編織運用「影縫・術」定住在場的天下忍者們，讓他們無法逃跑，觀星者因為被「殲滅」的鐵絲網纏住無法逃脫的緣故，就這樣被裝甲拖車撞進大樓，觀星者爆發四散死亡。

二丁目的軍隊指揮權被移交給了十二人之一「治癒」。

南希・李在KMC無線電廣播中揭露天下十二人的真面目。

忍者殺手搭乘艦隊發射的飛彈抵達二丁目。

阿伽門農已經完成了賞花儀式，但是他還沒有回到IRC會議室。

治癒被忍者殺手殺死，天下的部隊開始撤離二丁目。

19：00

NSTV《新埼玉的驕傲》恢復播出。

阿伽門農在霞關通天塔使用科技遺跡，與在月球的阿爾戈斯展開聯繫，壟罩整個日本的電磁風暴開始消失。

2037年10月11日 00：00

天下最長的一天宣告結束，以天下派系慘敗收尾。

2037年10月14日

忍者殺手與斯巴達克斯在霞關通天塔內部展開生死之戰，最後忍者殺手險勝。

忍者殺手試圖再次攻入霞關塔但是被擊退。

2038 年 1 月 12 日 

老元千葉與親信「永不在」率領著傭兵忍者軍團脫離天下，離開了新埼玉。

2038 年 1 月 18~19 日

忍者殺手一行人與天下派系展開最後的決戰。

罪罰影業進攻新埼玉。

忍者殺手與阿伽門農在月球的鷲之宮殿展開最終決戰。

寒流十多年來首次襲擊新埼玉。

月球爆發四散。

十二人與阿伽門農死亡，霞關通天塔被罪罰影業佔領，天下派系覆滅。

忍者殺手回到地球，與黑暗忍者展開最後的戰鬥。

黑暗忍者以吸收忍者靈魂的空手道技「暗襲」刺穿忍者殺手心臟，但藤木戶健二成為真忍者「殺伐騎士 」擊退了黑暗忍者並再次摧毀的詛咒魔劍別嬪。

乙太開始大量湧入現實世界，世界各地沉睡的真忍者們開始逐漸甦醒。

末法默示時代開始