小果带你学习基因组注释工具——Maker的两种安装方法
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Maker是一个强大的开源的基因组注释工具
它能够识别并屏蔽重复元素,将 EST 与基因组对齐,将蛋白质与基因组对齐,产生从头基因预测,将这些数据合成为最终注释及为下游注释管理生成基于证据的质量值。
Maker的注释过程是基于多种不同的数据源,包括比对、同源性搜索、统计模型等,这些方法能够提高注释的准确性和可靠性。
同时,Maker的多线程处理能力能够有效利用计算资源,提高注释速度,尤其是对于大型基因组注释任务而言,因此它还具有高效性,本期小果来分享用Maker进行基因组注释的过程,一起学习吧~
利用miniconda进行安装
(安装miniconda可以看往期教程)
注意:这里用到conda的channel来安装软件包,没有安装channel的话可以参靠下面:
手动安装
下载地址扬德尔实验室 (utah.edu),输入邮箱直接获取免费下载地址。
解压缩在当期目录生成一个maker文件夹

接下来可以查看INSTALL进行安装,一般easy install就能解决
cat INSTALL

进入maker的安装目录
运行perl Build.PL进行配置,然后遇到选项只需按回车键接受默认配置选项即可

最后输入 ./Build install以完成安装。
根据说明文档,如果发生任何错误,使用./Build文件命令重试失败的部分(即'./Build installdeps'和'./Build installexes'),或者按照报错安装手动安装缺少的模块或程序。使用./Build status查看可用命令。
在 MAKER 目录下,运行以下命令测试 MAKER 是否安装成功:
如果输出了 MAKER 的帮助信息,则表示 MAKER 安装成功。
安装成功后输入maker命令即可运行,此时运行是默认配置,需要根据自己的需求修改maker配置文件。

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