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分子对接软件大比拼

2021-08-19 18:17 作者:Studying9  | 我要投稿

文章来源:“分子动力学”公众号

链接:https://mp.weixin.qq.com/s/3ctSE58_SBdkdEZGWt_j6g

文献报道过的或者没报道过的分子对接软件有很多,很多最初都是由实验室开发,免费发布。当软件很完善,没有什么缺陷时,可能会被专门的商业软件公司购买,就变成了某个大型软件包中的模块。

其实不止分子对接软件,其他还有药效团软件、定量构效关系软件、数据库筛选软件等,都是这样的发展历程。不过,其中还是有一些实验室,在商品化大潮的影响下屹立不倒,依旧免费给我们提供免费的强大的软件,甚至是源代码(source code)。


1、AutoDock

据官方数据显示,autodock是引用文献最多的软件(Sousa, Fernandes & Ramos (2006) Protein-Ligand Docking: Current Status and Future Challenges Proteins, 65:15-26)。AutoDock向外提供源代码,只要下载协议单(license agreement),签名后传真发回,就可以获得下载链接和帐号信息。

这里有一些精美的小电影可以下载:autodock.scripps.edu/mo

官方主页:autodock.scripps.edu/


2、DOCK

DOCK也是以源代码发布,对学术用户免费。可以向官方发邮件申请,他们会返回一个下载链接和帐号,可以使用5次。当5次用完后,又出了新的版本,可再次用sohu.com信箱发邮件,声明想再多要一些登陆机会申请新版本,又获得5次机会。所以,大家如果对DOCK感兴趣,不妨发邮件,应该差不多,当然,如果用edu.cn的信箱,成功的几率会更大。


3、3D-DOCK

免费以源代码发布,分为三个部分:FTDock, RPScore,MultiDock。


4、FRED

是Openeye软件包中的一个模块。Openeye软件包对学术用户免费1年,普通用户可以申请2个月的试用期。只要在线申请就可以,不需要下载申请表打印签字发传真。FRED速度很快,在各种平台都可运行。

可以从这里申请试用版:eyesopen.com/forms/eval软件包中除了分子对接软件,还有数据库筛选软件,分子格式转化软件(Babel),图形可视化软件(Vida),溶剂化工具等。

官方主页:eyesopen.com/


5、Surflex

对学术用户免费。

官方主页:biopharmics.com/product


6、HEX

免费软件,由于了解有限,不多做介绍。


7、FlexX

是另一个运算速度超快的分子对接软件,收费。不过可以申请6周的试用版,速度很快。有独立运行版本,也有Sybyl软件包(Tripos Co. Ltd.)中的一个模块。

官方主页:biosolveit.de/FlexX/


8、Glide

收费软件,是Maestro软件包中的一个模块。运算速度也很快。


9、GOLD

收费软件,精度很好。以前可以申请2个月的试用版,不知现在是否还可以。


10、ICM

ICM-pro是很大型的软件包,收费,功能很强大,据说精度也很高。不过ICM-Browser是免费的,可以下载。

下载链接:molsoft.com/icm_browser官方主页:molsoft.com/index.html


11、MVD

官方数据表明是对接精度最好的软件,甚至要超过了Glide、Surflex、FlexX等软件。提供一个月的试用期。使用过感觉运行速度很慢,按默认设置,对接一个分子需要10分钟。

以上介绍的大多是进行大分子与小分子配体分子对接的软件。当然,其中的一些软件也可以做大分子的对接。越来越多的文献报道蛋白质-蛋白质和蛋白质-核酸的分子对接,比如ESCHER、MONTY、HADDOCK、Z-DOCK、HEX等软件,FTDOCK也可以做这方面的工作。如果有机会,会再做介绍。


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