LINKVIEW2 是一个对 DNA 比对（alignments）进行可视化的工具，包含一个命令行工具和一个图形化界面。有助于生物信息学研究人员快速地将比对结果进行可视化。支持多种比对格式，包括 blast、minimap2、MUMmer 软件的输出结果，以及 LINKVIEW2 专属格式。支持多种绘图风格，自定义比对块颜色、highlight 某段区间、自定义比例尺，自定义绘图布局、绘制基因结构等功能。

转自老铁：https://github.com/YangJianshun/LINKVIEW2

安装

1. 安装 Node.js

   LINKVIEW2 基于 Node.js 安装，在安装和使用 LINKVIEW2 前，您需要安装 Node.js。

   运行命令node -v和npm -v能看到版本信息，则说明 Node.js 安装成功。

• 在 Mac 上安装 Node.js

在 linux 上安装 Node.js

1. 安装 LINKVIEW2 命令行工具

   npm install -g  @linkview/linkview-cli

   如果卡在安装 sharp 那一步，请稍作等待，也可以尝试使用 cnpm 源：

   npm i -g @linkview/linkview-cli --registry=http://r.cnpmjs.org/

   运行命令LINKVIEW2 --version，如果能看到版本信息，则说明安装成功。

LINKVIEW2 教程

本章将带您通过不同的例子，熟悉 LINKVEW2 的用法。

Case1

1. 新建文件 alignments.txt, 内容如下

1. 运行命令 LINKVIEW2 alignments.txt, 您将得到如下图片 

1. 在LINKVIEW-GUI中尝试

   解释：

   alignments.txt文件中存储了要展示的比对信息，每一行一条比对，第一行 ctg1 1 100 ctg2 1 100 表示序列 ctg1 的第 1 到 100 bp 比对到了 ctg2 的第 1 到 100 bp。第二行表示 ctg1 的 101 到 120 bp 对应于 ctg2 的 120 到 101 bp，是一个反向互补的比对，最后一列 red 表示绘制这个 alignment 的颜色。第三列同理，最后一列 yellow:0.2表示已黄色绘制，透明度为0.2。

   这种文件格式是 LINKVIEW2 专属的比对格式，可以指定绘制的颜色和透明度，文件格式为：

   seq1 start1 end1 seq2 start2 end2 [color:opacity]

Case2

1. 新建文件 alignments.txt, 内容如下：

1. 新建文件 karyotype.txt, 内容如下：

运行命令 

您将得到如下图片:

在LINKVIEW-GUI中尝试

解释：

通过 -k 参数指定了绘图的布局文件karyotype.txt，LINKVIEW2 在绘图时，有一个层级的概念，karyotype.txt文件中的 4 行则对 应了绘图结果中的 4 个层级，第一行ctg1:1:100指定绘制在第一层级绘制 ctg1 的 1 到 100 bp，第二行 ctg3:1:200 ctg2:1:100指 定在第二层级绘制 ctg3 的 1 到 200 bp 和 ctg2 的 1 到 100 bp。第三行同理。

Case3

1. 在 Case2 的基础上，我们新建一个文件 highlight.txt，内容如下：

1. 运行命令 ，您将得到如下图片：

1.  在LINKVIEW-GUI中尝试

   解释：

   通过 -hl 参数指定了高亮文件highlight.txt，该文件每一行都代表一处高亮，格式为seq start end [color]，如果不指定颜色，则默认为红色。

   通过 --style simple指定绘图风格为 simple，目前有两种绘图风格，默认是 classic。

   通过 --bezier 指定 alignments 用贝塞尔曲线的风格绘制。

Case4

1. 使用 blast 软件比对得到文件blast.out（tabular格式），如下:

1. 新建文件 highlight.txt，内容如下：

1. 准备两个 gff 文件 genome1.gff 和 genome2.gff

内容分别如下：

genome1.gff

genome2.gff

1. 运行命令 ，

您将得到如下图片：

1. 在LINKVIEW-GUI中尝试

   解释：

   可通过 参数 -g 或 --gff 指定1个或多个 gff 文件，多个 gff 文件以英文逗号分隔。指定 gff 文件后，LINKVIEW 会绘制出基因结构。

Case5

1. 新建一个文件 karyotype.txt，内容如下：

2. 新建一个文件 karyotype.txt，内容如下：

3.运行命令

您将得到图片如下：

1.  在LINKVIEW-GUI中尝试

   解释：

• ctg1 的 1bp 到 10Mb 比对到了 ctg2 的 1bp 到 10 Mb， karyotype.txt文件中指定了仅绘制 ctg1 的 1bp 到 5Mb 和 ctg2 的 3 Mb 到 10Mb，此时 LINKVIEW2 经过计算得知，应该展示的比对是 ctg1 的 3Mb 到 5Mb 对应于 ctg2 点 3Mb 到 5Mb。

• 参数 --chro_axis 说明需要绘制坐标轴。

Case6

1. 新建一个文件 alignments.txt，内容如下：

1. 新建一个文件 karyotype.txt，内容如下：

1. 运行命令

会有如下提示信息输出：

warn: ctg2 lacks start and end information. It automatically calculates that start is 3000001 and end is 7000000. warn: 'ctg3' is missing start and end information and will be ignored！

您会得到图片如下：

1.  在LINKVIEW-GUI中尝试

   解释：

   在 karyotype.txt文件中，没有指定 ctg2 和 ctg3 的绘制的起始和终止位置，LINKVIEW2 通过 alignments 推断出 ctg2 应该展示的是 3Mb 到 7Mb，而 ctg3 无法推断出应该展示哪部分区间，所以被省略了。如果确实需要展示 ctg3，请在 karyotype.txt文件中指定起始和终止位置。

Case7

1. 新建一个文件 alignments.txt，内容如下：

1. 新建一个文件 karyotype.txt，内容如下：

1. 运行命令

您将得到图片如下：

1.  在LINKVIEW-GUI中尝试

   解释：

• 在 karyotype.txt 文件中 ctg2:10000000:1 指定在第 2 层级展示 ctg2，并且展示的起始位置是 10Mb，终止位置是 1bp，这样会将 ctg2 反向地绘制出来。

• 通过参数 --align指定为 left，图中的绘制的序列都是左对齐地排列（默认是居中对齐），还可以设置为 right，即为右对齐

• 参数 --chro_axis_unit 表示绘制的坐标轴的最小刻度单元，此处设置为了 200kb，这个参数可以指定为数字，也可以是能被解析为“碱基数”的字符串，比如200kb、1Mb、500bp等。

Case8

在上述 Case7 的基础上，如果您想要实现如下效果：

• 把 ctg1 的标签向上调整一下位置，字体大小设置为25px，标签的角度设为0

• ctg1的刻度想要绘制在上面

• ctg4的标签在左边展示

• ctg1 和 ctg5 想要居中对齐

• ctg5的坐标轴最小刻度单元设置为0.5Mb

1. 那么您需要新建一个文件 parameter.txt，内容如下：

运行命令

您将得到图片如下： 

1.  在LINKVIEW-GUI中尝试

   解释：

• LINKVIEW2 提供了一组 Drawing options，这一组参数既可以在命令行中全局指定，也可以在通过 -p 指定一个 parameter 文件，在这个文件中对绘图的每一个层级分别指定不同的作图参数

• 在 parameter.txt文件中，因为我们不需要对绘图的第三层级做出额外修改，所以第三行为空

其他

上述 8 个 case，涵盖了 LINKVIEW2 这个简单做图工具的大部分功能，当然还有一些小功能，限于篇幅，不再举例说明。

• LINKVIEW2 会自动判断 alignments 的类型

• 相同的序列可以在绘图中出现多次，只需要在 karyotype 文件中多次写到即可

• 可以通过 --scale 设定比例尺，通过--show_scale 控制是否展示比例尺等

• Drawing options 中的 --gap_length 可用于调整绘制序列之间的间隔

• 提供了一组 Filter options，可用于对 alignments 进行过滤

• 提供了一组 Svg options，可调节 svg 图片对宽高等