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如何构建进化树(详细步骤)

2023-08-07 14:14 作者:不知道取什么名字砳  | 我要投稿

构建系统进化树用到的软件及使用方法

作者:WYL

 

 

一、Chromas 的使用心得

①chromas可以打开的文件格式为:.ab1

②前后保留碱基长度最好为:600bp

③测序的原理为:Sanger 法

④可通过chromas获取反向互补链:Edit →Reverse+complement

⑤文件导出的方法为:File →Export→选择格式(如:Fasta)

 

使用视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1sW4y1u7ed/?spm_id_from=333.999.0.0

 

二、Seqman 的使用心得

第一步,在Unassembled Sequences窗口拉入序列或者通过add sequnces添加序列。

第二步,双击打开序列进行剪切,删除乱峰,保留600-800bp长度。

第三步,点击Assemble(也可不用进行第二步,直接Assmble,然后手动修改错误碱基)

第四步,点击右上角Contig1,进行手动修改错误碱基,快捷查找键为:ctrl+F→

     Conflict→find next

第五步,文件保存:contig→save consensus→ single file

 

使用视频链接:

https://www.bilibili.com/video/BV1My4y1M7NF/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&;vd_source=e443d420dc3998725b6124c225fe047c

 

三、下载fasta文件(或者用自己的测序结果生成fasta文件)

或登入https://www.ezbiocloud.net/identify(该方法需要登入账号和密码)

16s-based ID→提交SEQMAN拼接合成的序列 →点第一个放大镜→下载fasta文件


或者进入NCBI下载需要的序列


或者用自己的测序结果生成一个TXT文件,然后改为fasta文件。

 

四、Mega5的使用心得

打开mega5,将下载的fasta文件导入,弹出窗口:选择align(对齐)

 

(然后,碱基翻译成蛋白:Data→Translate     注:分析16S可以省略该步骤)

先序列比对:Aligment→Align by clustalw


参数不用修改。

跑完后,需要删除多余序列:如没有属名种名的序列、过短的序列、删除前后端不对齐的序列。

 

接着导出文件:

Data →export aligment→mega format

 

最后构建进化树:(此处使用的是mega7或megaX)

Analysis→ phylogeny→NT tree

修改红线部分两个参数

 

跑完出结果图:


保存方式有两种:

①image → save as image file → pdf格式

 

②file → export current tree→ 勾选以下两项

    

最后点击保存

保存的nwk文件,可以进入网站:https://www.omicsclass.com/article/671 进行进化树美化。

 

对应视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1SL4y1c7fe/?spm_id_from=333.999.0.0

 

 

为什么要构建进化树?

https://www.bilibili.com/video/BV1iK411W74q/?spm_id_from=333.999.0.0

 

 

 


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