如何构建进化树(详细步骤)

构建系统进化树用到的软件及使用方法
作者:WYL
一、Chromas 的使用心得
①chromas可以打开的文件格式为:.ab1
②前后保留碱基长度最好为:600bp
③测序的原理为:Sanger 法
④可通过chromas获取反向互补链:Edit →Reverse+complement
⑤文件导出的方法为:File →Export→选择格式(如:Fasta)
使用视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1sW4y1u7ed/?spm_id_from=333.999.0.0
二、Seqman 的使用心得
第一步,在Unassembled Sequences窗口拉入序列或者通过add sequnces添加序列。
第二步,双击打开序列进行剪切,删除乱峰,保留600-800bp长度。
第三步,点击Assemble(也可不用进行第二步,直接Assmble,然后手动修改错误碱基)
第四步,点击右上角Contig1,进行手动修改错误碱基,快捷查找键为:ctrl+F→
Conflict→find next
第五步,文件保存:contig→save consensus→ single file
使用视频链接:
https://www.bilibili.com/video/BV1My4y1M7NF/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=e443d420dc3998725b6124c225fe047c
三、下载fasta文件(或者用自己的测序结果生成fasta文件)
或登入https://www.ezbiocloud.net/identify(该方法需要登入账号和密码)
16s-based ID→提交SEQMAN拼接合成的序列 →点第一个放大镜→下载fasta文件
或者进入NCBI下载需要的序列
或者用自己的测序结果生成一个TXT文件,然后改为fasta文件。
四、Mega5的使用心得
打开mega5,将下载的fasta文件导入,弹出窗口:选择align(对齐)

(然后,碱基翻译成蛋白:Data→Translate 注:分析16S可以省略该步骤)
先序列比对:Aligment→Align by clustalw

参数不用修改。
跑完后,需要删除多余序列:如没有属名种名的序列、过短的序列、删除前后端不对齐的序列。
接着导出文件:
Data →export aligment→mega format
最后构建进化树:(此处使用的是mega7或megaX)
Analysis→ phylogeny→NT tree

修改红线部分两个参数
跑完出结果图:

保存方式有两种:
①image → save as image file → pdf格式
②file → export current tree→ 勾选以下两项

最后点击保存
保存的nwk文件,可以进入网站:https://www.omicsclass.com/article/671 进行进化树美化。
对应视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1SL4y1c7fe/?spm_id_from=333.999.0.0
为什么要构建进化树?
https://www.bilibili.com/video/BV1iK411W74q/?spm_id_from=333.999.0.0