小云震惊！利用PyMol比对蛋白质三维结构原来如此简单！

PyMol是一款强大的分子可视化工具，可用于分子结构的可视化、编辑、分析和比对等方面。其功能包括：分子可视化、电子密度图、分子对接、分子编辑、分子动力学模拟、分子结构比对和脚本编写等。

上一期，小云教大家安装了PyMol，本期小云就带大家一起学习用PyMol进行蛋白质结构，一些基础操作可以查看官网给出的教程（start [PyMOL Documentation]）

一、在使用之前我们需要下载蛋白结构，以下是几个常用的数据库：

1.Protein Data Bank (PDB) （www.rcsb.org）：是世界上最大的蛋白质结构数据库之一，包含数万个蛋白质结构的三维坐标数据。

2.Protein Data Bank Japan (PDBj) （https://pdbj.org/?lang=zh-CN）：是日本的蛋白质结构数据库，提供了与PDB类似的蛋白质结构数据和搜索功能。

3.Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) （www.wwpdb.org）：wwPDB是一个由PDB、PDBj和欧洲蛋白质数据银行（PDBe）组成的联合数据库，提供了全球范围内的蛋白质结构数据和搜索功能。

4.Protein Model Portal（www.proteinmodelportal.org）：是一个综合性的蛋白质结构数据库，包含了来自PDB和其他数据库的数千个蛋白质结构模型。

5.SWISS-MODEL Repository（SWISS-MODEL Repository (expasy.org)）：SWISS-MODEL Repository是一个蛋白质结构模型数据库，包含了来自SWISS-MODEL和其他来源的数百万个结构模型。

二、小云下载了两个肌红蛋白（myoglobin）的pdb文件。

三、下载成功后我们在PyMol打开，可以在展示窗口看到蛋白的三维结构

四、在Pymol命令行中输入以下命令以选择需要对齐的部分，为了更直观，可以在最右侧C栏改变蛋白展示出的颜色。Name是你文件的名称

如图，两个蛋白重叠在了一起，因为都是肌红蛋白所以重叠度很高，我们可以放大查看细节。

再打开一个蛋白结构

输入align name3, name1

可以看到三个蛋白都重叠在了一起，通过点击右侧栏的蛋白名称可以隐藏其中某个或某几个蛋白

是不是很简单呢~

后记：

如果有生信分析的需要可以看看我们推出的生信云平台哦

网址：云生信  - 学生物信息学 (biocloudservice.com)