【维真知识】小白快速上手！siRNA的设计

siRNA的设计原则

1. 靶点序列长度在19-21nt左右，序列过长会导致与其他mRNA非特异性结合的概率增大。

2. 3’末端突出碱基推荐选择UU，能增强siRNA 双链复合体的稳定性。

3. siRNA序列中G/C含量在30%～52%。

4. siRNA 中应避免连续的单一碱基和反向重复序列，连续的G和C可能降低双链RNA 的内在稳定性。

5. 设置非靶向生物已知基因的序列，作为非靶向对照。

6. 考虑siRNA的热力学值，选择热力学上有利于反义siRNA与RISC结合的siRNA靶点，有助于提高基因沉默效率。

siRNA的设计步骤

siRNA设计可分为两个部分：

1. siRNA序列设计：siRNA序列设计需要遵循的原则较多，但在实际的设计过程中，会有siRNA设计网站或软件辅助设计，并根据我们的基因序列给出多个siRNA供选择，推荐选择分数较高的几个siRNA序列用于后续特异性验证。

常用的siRNA设计网站有：https://sirna.wi.mit.edu/home.php（需注册，能给出siRNA的热力学差异）；https://sfold.wadsworth.org/cgi-bin/sirna.pl（无需注册，序列要求在250bp以内）。

2. siRNA序列特异性验证：在NCBI通过BLAST验证靶向特异性，从中选择特异性较好的用于实验。

NCBI中BLAST的参数选择：BLAST首页选择nucleotide to nucleotide，BLAST参数页面输入siRNA序列，数据库选择Genomic+transcript databases，BLAST结果中siRNA靶向其它基因错配数越大，特异性越好。