生信+验证有bug？教你逆袭如何40天中稿1区8分+SCI杂志
随着生信分析的文章越来越多，杂志社也是逐年加码，返回的审稿意见让补实验的概率直接翻倍。
首先，审稿人让补实验，其实是个好事，说明心水你的paper呀，只要验证下，接收还不是分分钟的事。
但是有条件补充实验的小伙伴，往往是心有余而力不足，有时候没办法做到面面俱到，总是这里或那里出现一点bug。
其实，有bug也完全没必要摆烂，实验不完美才是科学研究的常态，关键是写SCI时如何扬长避短，拉高自己论文的level！今天给大家分享一篇生信+简单验证的文章，虽然设计不完美，但不影响人家发1区8分+的杂志呀~
（浏览全文时间有限的小伙伴，可以直接拉到文末，看精华部分的问答式总结哈~）
窥一斑而知全貌，处一隅而观全局，下面我们就从流程图中了解下文章的整体思路。（唠叨一句，一个漂亮的流程图可是高分文章的标配，有需要优化流程图的小伙伴，联系咨询哦~）
文章总共分为3个部分，分别是：
1、筛选吉非替尼耐药相关的肺腺癌差异表达基因：研究利用吉非替尼耐药细胞的GEO数据集，筛选了耐药和非耐药细胞的差异表达基因，与肺腺癌差异表达基因取交集后，即获得了吉非替尼耐药相关的肺腺癌差异表达基因。
2、构建预后模型，进行生存分析和功能分析：对以上基因进行Cox回归分析，筛选出3个预后基因（FSCN1、DDIT4和OAS3）进行预后模型构建，并对模型基因进行生存分析、药物敏感性分析、免疫表型分析、免疫浸润分析和通路富集分析等。
3、关键基因FSCN1的表达验证：HE染色验证目的基因的蛋白表达水平；构建FSCN1敲低的肺腺癌细胞，观察细胞活力、细胞增殖、侵袭、迁移等功能的变化；小鼠移植瘤模型观察FSCN1下调对肿瘤的抑制作用。
整体思路非常清晰，生信分析的部分结果也很丰满，但眼尖的小伙伴已经发现了本文实验验证部分的两个重大BUG，接下来就让我们一起来找茬，并且看下作者写作的小心思吧~
第一个问题是，研究筛选到了三个关键基因，但为什么只验证了FSCN1？
这点作者在讨论中进行了解释，说另两个基因的功能已经被研究过了，但FSCN1在肿瘤发生中的作用及其临床意义尚不清楚。因此他们进一步开展了与FSCN1敲低相关的细胞功能实验。
然而FSCN1在肺腺癌中真的没有研究吗？并不是，反而是相关研究还不少。以FSCN1和lung cancer为关键词，可以在Pubmed上检索到33个相关的研究。
给我们的提示是，选择验证基因时，被报道的越多验证出来的可能性也就更大，但是写作时，我们可以说该基因在肿瘤中的功能仍有待探索。这么说也没错，毕竟科学研究总是没有尽头的，但是却可以一定程度上掩盖设计逻辑上的小缺陷，并且体现研究的创新性。
第二个问题是，本文筛选了吉非替尼耐药相关的基因，但是最后验证时却没有用耐药细胞系。
这点可以理解，毕竟直接用现成的细胞系，比构建耐药细胞系，难度降低了一档，省时省钱又省劲。但是在写作时，要紧紧和耐药关联上。
比如本文的作者，不管是在前言还是讨论部分，都不断强调了吉非替尼耐药相关基因，以及影响吉非替尼抵抗的基因，虽然这些基因是否真的会影响耐药，并没有被验证。
此外，在讨论部分，作者也是紧扣耐药的主题，将关键预后基因、免疫微环境和耐药进行了关联，并展开了深度讨论。
给我们的提示是，写作时强化耐药相关基因的概念，虽然无法通过实验验证，但是可以重点讨论耐药相关的机制，并和生信分析的其它结果进行结合，增加候选基因耐药相关性的可信度。
问答式总结：
1、 问：纯生信让补实验怎么办？
答：想办法补，补了就是一条好汉，接收概率直线UP！
2、 问：实验经费有限，没办法验证所有基因怎么办？
答：选其中有代表性的进行验证，作为结果重点。记得阐明该基因的选择逻辑。要是实在没有选择逻辑，就借助之前已发表的文献，强调该基因在疾病研究中的未知性，同时也能体现本研究的创新性。
3、 问：实验条件有限，没办法补充复杂的机制实验怎么办？
答：不用关注目的基因别的功能，就只关注该基因在肿瘤中的表达情况，同时用不同的简单实验去反复验证。比如要验证基因的表达水平，那就qPCR、WB、HE染色全都整起来。有条件的顺便看下敲低/过表达该基因后，肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭等功能的变化。这些也都是目前实验室里常规的操作了。此外，写作时不以讨论基因的表达为重点，而是重点讨论目的基因在疾病中的机制，比如基因是耐药相关基因，就讨论基因潜在的耐药机制，并和生信分析中的其它结果进行结合。这样可以隐藏实验验证部分的不足，并且增加文章的深度。
所以说，要补实验不可怕，实验设计有bug更不可怕，可怕的是不会隐藏这些缺陷，不懂得扬长避短，而最最最可怕的是自己不会解决还不来找小编！
大家要是遇到审稿意见不会处理，或者不知道怎么完善自己的文章，都可以发给我们，让小编给你们的文章把把脉，有问题的地方及时调整理顺，或许还可以冲一冲意想不到的高分呐！
