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原创 小果 生信果

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今天在做ssGESA分析的时候发现，TCGA下载的基因ID为Ensembl ID,下载的基因集为Gene name,在做分析之前要做一下基因ID转化，代码如下：

01  安装需要的R包

install.packages(“tidyverse”)

02  导入需要的R包

library(tidyverse)

03  数据下载

在Xena数据库下载表达矩阵和ID对应表格

#表达矩阵下载

wget https://gdc-hub.s3.us-east-amazonaws.com/download/TCGA-KIRC.htseq_fpkm.tsv.gz

#基因ID转化列表

wget 

https://gdc-hub.s3.us-east-amazonaws.com/download/gencode.v22.annotation.gene.probeMap

04  代码展示

最终将Ensembl ID转化为gene name,有需要的可以借鉴学习，在这里需要注意的是多个Ensembl ID对应一个Gene name。

小果今天的分享就到这里。

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