Rosetta 蛋白抗体设计有困难？小白速看
以Rosetta软件为基础，以实例讲授和练习为主。依次讲授Rosetta软件基础、蛋白质结构viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD和MSD设计、 CartisenDDG 突变扫描、RosettaScript开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容。
第一天上午
一. 从蛋白质折叠到蛋白质设计
教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
1 蛋白质折叠与结构预测简介
1.1 主链二面角与二级结构
1.2 侧链堆积与三级结构
2 蛋白质设计简介
蛋白质设计的分类及应用
二. Rosetta基础
三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础
教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。
3 Pose/mover/scorefunction
4 LINUX 入门命令
4.1 用户属组及权限 目录文件属性
4.2 LINUX基础命令 环境变量
4.3 shell常用命令练习
4.4.conda介绍
第一天下午
四． 结构扰动与结构优化
五．序列设计
PackRotamer和FastDesign
教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。
5. Minmover, MC Mover, Fastrelax mover
5.1 Movemap
6. RosettaScript组成和要素
6.1 Filter ResidueSelector
TaskOperation
6.2 DSSP/Disulfidize Mover
第二天上午
六. 蛋白-蛋白对接基础
教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。
7.Translat和rotation mover
7.1 Low resolution的全局搜索
7.2 High resolution的精细调整
7.3 FoldTree
七. 抗体设计
教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令
8 抗体结构文件的处理
8.1 PyIgClassify
8.2 抗体抗原对接模型
8.3 CDR区优化
9.4 Framework区优化
案例实践：SSD和MSD设计任务
第二天下午
八. CartisenDDG 突变扫描
九. RosettaScript应用
教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。
9. 序列与结构设计
9.1 Input和Output flags控制输入输出
9.2 CleanAtom结构预处理
9.3 ROSETTACLASH.LOG和 RosettaCommons
9.4 ResFile等辅助文件
9.5 小改中改与大改
9.6 练习答疑
案例实践：FastDesign设计任务
https://mp.weixin.qq.com/s/Wb8hR3OEdMvZxK4FtzR5rQ
