生信紧跟社会热点— —新冠+纤维肌痛，4分+双疾病分析思路新鲜出炉，分析超简单，一起

要说，近期社会舆论热潮最中心的话题是什么？那必须是新冠后遗症和新冠康复

想必多数人都体验过了阳了以后的身体各种酸痛，只能躺在床上，靠意志硬抗（ps：小云也深刻领教了浑身酸痛的厉害，这个新冠后遗症持续了2个月，相当难熬啊），那小伙伴们有没有在体验酸痛的时候想到这个后遗症可以联合新冠做生信分析呢？

其实小云想到过类似的，就是新冠与病毒性心肌炎联合分析，这次又看到新发表的新冠与纤维肌痛的双疾病分析，是时候赶紧把这个分析方向给朋友们推荐一下了（ps：毕竟新冠最明显的两个后遗症已经做了双疾病分析，其他后遗症也得抓紧了，慢一步这个方向就可能被别人抢先发表了啊）

下面就来一起看看这个4分+的双疾病分析纯生信文章，虽然分数不是很高，但胜在思路简单好实现，很适合生信小白或不要求高分的小伙伴哦~ ~

对新冠方向生信分析或者其他方向有意向的小伙伴，欢迎留言或私信小云哦，总有一款创新性思路适合你

l 题目：血液转录组和机器学习识别新冠肺炎和纤维肌痛之间的串扰:一项初步研究

l 杂志：Clinical and Experimental Rheumatology.

l 影响因子：IF=4.862

l 发表时间：2023年2月

研究背景

由新型冠状病毒引起的新冠肺炎疫情已严重威胁人类健康。越来越多的证据表明，新冠肺炎患者康复后会持续出现纤维肌痛(FM)症状。然而，新冠肺炎和FM之间的共同分子机制仍不清楚。

数据来源

研究流程

主要结果

1. COVID-19和FM之间共享基因的识别和功能富集分析

在FM数据集中总共鉴定了2505个差异表达基因（图1A）。在COVID-19数据集中通过WGCNA分析确定了243个基因与新冠肺炎的病理过程密切相关（图1E）。随后，在新冠肺炎和FM之间筛选出50个共同基因（图1B），对这些共同基因进行功能富集分析（图1C，D）。

图1 COVID-19和FM之间共享基因的识别和功能富集分析

2. 机器学习筛选关键基因

利用随机森林算法和LASSO分析，筛选出3个诊断新冠肺炎相关FM的关键基因（图2B, D，E）。分析关键基因与FM已有诊断模型FIQR的相关性（图2 F）。利用ROC曲线评估3个关键基因整合的诊断模型对COVID-19相关的 FM的预测性能（图3A）。最后开发了一个诊断列线图来预测FM发生的风险，该图显示了良好的预测性能（图3B-D）。

图3 关键诊断基因的评价

3. 免疫浸润分析和药物预测

利用ssGSEA分析FM和健康对照组之间的免疫浸润情况（图4A），并分析关键基因与免疫细胞的Spearman相关性（图4B）。最后利用药物特征数据库DSigDB工具筛选出与关键基因相互作用的药物（表1）。

图4 免疫浸润分析

表1 潜在药物预测

文章小结

看完这篇文章有没有觉得接近5分的生信分析特别简单呀？那是因为分析方向选的好，新冠大热门加上与后遗症的双疾病分析思路，最基本的分析内容就能撑起4分+的文章，性价比相当可以了。新冠后遗症或者新冠长期症状还有味觉嗅觉丧失、睡眠障碍、脑雾、肺纤维化等等，感兴趣的小伙伴快去尝试分析一下吧！