第1章 真新镇的小智
故事发生在小智从阿罗拉回到真新镇的半年后，不喜欢剧情和CP的请勿喷哦！
在关都地区的真新镇上，有一位梦想成为宝可梦大师的少年，他的名字叫做小智。在他成为训练家的那天，他因为迟到而错过了一般训练家领取的宝可梦。留给他的只剩下一只有问题的皮卡丘，故他只好带走这只皮卡丘。
在经历过烈雀事件后小智和皮卡丘成为了好朋友，而他们的修行之旅也正式开启。这么多年下来，他们先后在关都地区、城都地区、丰缘地区、神奥地区、合众地区、卡洛斯地区旅行，后又在阿罗拉地区上学。
在修行途中小智结识了许多的伙伴。他们便是来自关都地区的小刚、小建、小霞，来自丰缘地区的小胜、小遥，来自神奥地区的小光，来自合众地区的天桐、艾莉丝，来自卡洛斯地区的莎莉娜、希特隆、柚丽嘉，来自阿罗拉地区的卡奇、玛奥、水莲、莉莉艾、马玛内。
身为一名训练家，小智也邂逅了许多的宝可梦。
在关都地区他收服到了比比鸟、臭臭泥、大钳蟹、火暴猴、杰尼龟、卡比兽、肯泰罗、绿毛虫、小火龙、长尾怪手、拉普拉斯、妙蛙种子，后来比比鸟进化成大比鸟、大钳蟹进化成巨钳蟹、绿毛虫最终进化成巴大蝶、小火龙最终进化成喷火龙。
在城都地区他收服了火球鼠、菊草叶、小锯鳄、小小象、猫头夜鹰、赫拉克罗斯，后来火球鼠进化成火岩鼠、菊草叶进化成月桂叶、小小象进化成顿甲。
在丰缘地区他收服了傲骨燕、煤炭龟、木守宫、雪童子、龙虾小兵，后来傲骨燕进化成大王燕、木守宫最终进化成蜥蜴王、雪童子进化成冰鬼护。
在神奥地区他收服天蝎、草苗龟、姆克儿、圆陆鲨、小火焰猴，后来天蝎进化成天蝎王、草苗龟最终进化成土台龟、姆克儿最终进化成姆克鹰、小火焰猴最终进化成烈焰猴。
在合众地区他收服到了虫宝包、豆豆鸽、混混鳄、蓝蟾蜍、暖暖猪、水水獭、石丸子、藤藤蛇、滑滑小子，后来虫宝包最终进化成保姆虫、豆豆鸽最终进化成了高傲雉鸡、混混鳄进化成流氓鳄、暖暖猪进化成炒炒猪、石丸子进化成地幔岩。
在卡洛斯地区他收服了嗡蝠、黏黏宝、小箭雀、呱呱泡蛙、摔角鹰人，后来嗡蝠进化成音波龙、黏黏宝最终进化成黏美龙、小箭雀最终进化成烈箭鹰、呱呱泡蛙最终进化成了甲贺忍蛙。
在阿罗拉地区他收服到了毒贝比、火斑喵、美录坦、木木枭、岩狗狗，后来火斑喵最终进化成炽焰咆哮虎、美录坦进化成美录梅塔、岩狗狗进化成鬃岩狼人。
有相遇就会有离别。每当小智结束一次修行时就会和他的伙伴分开，也会因为某些缘故而放生、借出、交换自己的宝可梦。
小智因为巴大蝶要与粉色巴大蝶越洋产卵而将巴大蝶放生、因为扇斗想要把火暴猴培养成P1冠军选手而将火暴猴交给扇斗、因为担心波波和比比鸟再遭遇烈雀与大嘴雀的攻击而将大比鸟留在常青森林保护他们。
他因为拉普拉斯要回到自己同伴身边而将拉普拉斯放生、因为杰尼龟军团需要老大而将杰尼龟交给君莎、因为长尾怪手喜欢华丽大赛而将长尾怪手和小光的泳圈鼬进行交换、因为黏美龙想要留在湿地而将黏美龙放生。
他因为基格尔德想要借助甲贺忍蛙能够看到残存于卡洛斯地区的负能量核心的能力而将甲贺忍蛙托付给基格尔德、因为毒贝比想要和其他的毒贝比以及四颚针龙守护究极世界而将毒贝比放生。
有离别也会有重逢。小刚、小霞、小建、小遥、小光先后都与小智再度相见过。杰尼龟、黏美龙、进化后的毒贝比都回来帮助过小智完成很重要的比赛。拉普拉斯和小智再次玩耍过、击败火箭队过，并且成为族群的新队长。
这一路走来，小智获得了不少的成就。
在关都地区取得了灰色徽章、蓝色徽章、橙色徽章、金色徽章、彩虹徽章、粉红徽章、深红徽章、绿色徽章后他参加了关都联盟石英大会，拿到了16强的成绩。
在城都地区取得了飞翼徽章、昆虫徽章、标准徽章、魅影徽章、打击徽章、钢铁徽章、冰冻徽章、升龙徽章后他参加了城都联盟白银大会，拿到了8强的成绩。
在丰缘地区取得了岩石徽章、拳击徽章、电力徽章、烈焰徽章、天秤徽章、白羽徽章、心灵徽章、雨滴徽章后他参加了丰缘联盟彩悠大会，拿到了8强的成绩。
在神奥地区取得了石炭徽章、森林徽章、铺石徽章、湿地徽章、遗迹徽章、矿山徽章、冰河徽章、灯塔徽章后他参加了神奥联盟铃兰大会，拿到了4强的成绩。
在合众地区取得了三元徽章、基础徽章、甲虫徽章、伏特徽章、震动徽章、喷射徽章、冰柱徽章、毒性徽章后他参加了合众联盟桧垣大会，拿到了8强的成绩。
在卡洛斯地区取得了虫子徽章、岩壁徽章、战斗徽章、植物徽章、电压徽章、妖精徽章、灵力徽章、冰山徽章后他参加了卡洛斯联盟密阿雷大会，成为了亚军。
在阿罗拉地区通过了诸岛巡礼，从考验中得到了一般Z与草Z、从大考验中得到了电Z、岩石Z、鬃岩狼人Z、钢Z。后来他参加了阿罗拉的首届联盟玛纳罗大会，并赢得了冠军。
此外，关都联盟石英大会结束后小智还去挑战了橘子群岛的南十字星，得到樱花徽章、白浪徽章、轮宝徽章、琉璃徽章后参加了橘子联盟，并成为名誉训练家。丰缘联盟彩悠大会结束后他又去挑战了关都地区的对战开拓区，最后拿到了所有的开拓象征。
此刻小智与皮卡丘正躺在真新镇的山坡上仰望天空。“总有一天，我要实现自己的梦想，成为宝可梦大师！”“皮卡！”
