多序列比对与进化树制作

系统进化树

1.找目的蛋白protein，blastp，选择其他近缘物种，导出fasta格式，导出在一个文件夹中。

2.在文件夹中建立一个txt文件，文件内容“转化格式”，fasta➡txt

3.修改后缀为“bat”，双击文件触发

4.改回后缀“txt”，修改文件内容“将所有内容合并”。文件命名为”all“

5.改后缀”bat“，双击触发，改后缀为”fasta“

6.MEGA打开fasta文件，选择”比对“align

7.data\export\mega 导出为MEGA文件

8.MEGA文件导入软件，点击TA，NJ法设计三个参数，左边编辑栏调整进化树外形

1.all.fasta文件直接导入Jalview

2.

另外CLUSTALW可以直接输入多序列

保存文件后用snapgene打开

在软件进行设计

但图片有背景，需要用其他软件优化。