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CheckCIF-PLAT210-218

2020-05-11 07:49 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

PLAT210 Type_3 Test for 'all-isotropic adp(s)

No anisotropically refined atoms in CIF ?

CIF中没有各向异性精修的原子?

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT210.html)

警告原因:CIF中没有各向异性精修的原子。

解决策略:将所有原子进行各向异性精修并重新生成CIF文件,否则需要给出合理解释。

PLAT211 Type_2 Test for NPD ADP's (1.0) in main residue(s)

This test reports on non-positive definite (i.e. complex and unrealistic) anisotropic displacement parameters in the main residue.

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT211.html)

例:PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C3 is NPD ..................... ?

警告原因:C3原子非正定。

解决策略:如果仅是个别原子不正常,检查原子类型是否定错,是否需要无序处理,或采用DELU或者ISOR限制精修;如果整体温度因子不正常,检查数据质量是否足够高,或者定错空间群。这个原子如果在结构中不甚重要,可以按各向同性处理,一般不影响发表。用ISOR命令各向同性,应该可以解决。

PLAT212 Type_2 Test for NPD ADP's in anion? & solvent ? [0, 1]

This test reports on non-positive definite (i.e. complex and unrealistic) anisotropic displacement parameters in an anion or solvent residue.

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT212.html)

例:PLAT212_ALERT_2_A ADP of Atom O27 is N.P.D. or (nearly) 2D ... Please Check

警告原因:O27原子非正定。

解决策略:如果仅是个别原子不正常,检查原子类型是否定错,是否需要无序处理,或采用delu或者isor限制精修;如果整体温度因子不正常,检查数据质量是否足够高,或者定错空间群。这个原子如果在结构中不甚重要,可以按各向同性处理,一般不影响发表。用ISOR命令各向同性,应该可以解决。

PLAT213 Type_2 Test ratio adp max/min in main residue(s)

The main axes values of the ADP(S) of the main residue(s) are determined and ordered: U1 < U2 < U3. The value of SQRT(U3/U1) main axis ADP ratio (Angstrom Units) is tested for the main residue(s). Large values may indicate unresolved disorder. Oblate criterium: U3 - U2 < U2 - U1. Prolate otherwise.

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT213.html)

例:PLAT213_ALERT_2_A Atom O1# has ADP max/min Ratio ..... 8.30 prola

警告原因:O1热椭球畸变。

解决策略:如果仅是个别原子不正常,检查原子类型是否定错,是否需要无序处理,或采用DELU或者ISOR限制精修;如果整体温度因子不正常,检查数据质量是否足够高,或者定错空间群。这个原子如果在结构中不甚重要,可以按各向同性处理,一般不影响发表。用ISOR命令各向同性,应该可以解决。

PLAT214 Type_2 Test ratio adp max/min in anion ? or solvent ?

The main axes values of the ADP(S) of the minor residue(s) are determined and ordered: U1 < U2 < U3. The value of SQRT(U3/U1) main axis ADP ratio (Angstrom Units) is tested for the main residue(s). Large values may indicate unresolved disorder. Oblate criterium: U3 - U2 < U2 - U1. Prolate otherwise.

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT214.html)

例:PLAT214_ALERT_2_A Atom O3 (Anion/Solvent) ADP max/min Ratio 7.2 prolat

警告原因:O3原子非正定。

解决策略:如果仅是个别原子不正常,检查原子类型是否定错,是否需要无序处理,或采用DELU或者ISOR限制精修;如果整体温度因子不正常,检查数据质量是否足够高,或者定错空间群。这个原子如果在结构中不甚重要,可以按各向同性处理,一般不影响发表。用ISOR命令各向同性,应该可以解决。

PLAT215 Type_3 Test for unusual disordered atom ADP in main residue

The maximum and minimum main axis ADP ratio (Angstrom Units) is tested for the main residue. Large values may indicate unresolved disorder.

检查主要残基的最大与最小主轴的原子位移参数(ADP)的比值(单位为埃)。较大的数值可能表示由未解决的无序。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT215.html)

警告原因:结构中可能存在无序。

解决策略:如果仅是个别原子不正常,检查原子类型是否定错,是否需要无序处理,或采用DELU或者ISOR限制精修;如果整体温度因子不正常,检查数据质量是否足够高,或者定错空间群。这个原子如果在结构中不甚重要,可以按各向同性处理,一般不影响发表。用ISOR命令各向同性,应该可以解决。

PLAT216 Type_3 Test for unusual disordered atom ADP in minor residue

The maximum and minimum main axis ADP ratio (Angstrom Units) is tested for the minor residue(s). Large values may indicate unresolved disorder.

检查次要残基的最大与最小主轴的原子位移参数(ADP)的比值(单位为埃)。较大的数值可能表示由未解决的无序。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT216.html)

警告原因:结构中可能存在无序。

解决策略:如果仅是个别原子不正常,检查原子类型是否定错,是否需要无序处理,或采用DELU或者ISOR限制精修;如果整体温度因子不正常,检查数据质量是否足够高,或者定错空间群。这个原子如果在结构中不甚重要,可以按各向同性处理,一般不影响发表。用ISOR命令各向同性,应该可以解决。

PLAT217 Type_1 Test for Incomplete UIJ data

Check & Correct U(aniso) data for completeness etc. Do not use SHELX style '=' continuation line

检查并更正U(aniso)数据的完整度等。不要使用SHELXL格式的'='续行符。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT217.html)

警告原因:U(aniso)数据不完整。

解决策略:一般不会出现,重新精修生成CIF文件即可。

PLAT218 Type_3 Test for Constrained Uij's

Uij components have been constrained (i.e. without s.u.) in the refinement.

Uij组分在精修中被限制(即没有标准偏差(s.u.))。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT218.html)

警告原因:Uij组分在精修中被限制。

解决策略:一般无需处理,给出合理解释即可。


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