转录因子与靶基因启动子验证预测方法

在前面小编带大家了解了转录因子与启动子相互作用的研究策略，相信大家已经对相关实验设计和方法已经有所认识。在实验设计的过程中，可行性依据是重点要考虑的因素之一，转录因子与启动子结合位点预测则是验证前的重要依据。即当确定好待验证的转录因子和靶基因启动子后，首先要获取靶基因启动子，然后通过数据库去预测二者结合的可能性及作用位点。下面给大家分享下具体的预测操作过程。

1.       获取靶基因启动子

这里我们主要使用NCBI数据库查找基因启动子序列，一般认为启动子位于基因转录起始位点上游2000bp的范围，这里以人源的CD274为例，查询操作如下：

在NCBI搜索CD274的基因信息。

点进去后下拉到“genomic context”看到CD274在基因组中的方向为正向。这里需要注意基因转录方向是正向还是反向，这一点与启动子序列的查询正确与否直接相关。

然后点击进入“FASTA”或“GenBank”，即可按照下面的方法计算查找启动子序列信息：

正向：from：起始位点（较小数值）-2000；to：起始位点（较小数值）-1；

反向：from：起始位点（较大数值）+1；to：起始位点（较大数值）+2000；

2.       转录因子与靶基因启动子结合预测

JASPAR是目前比较常用的转录因子与启动子结合预测数据库，我们以转录因子STAT3为例，预测人源STAT3与CD274基因启动子的结合位点。操作如下：

在JASPAR首页查询STAT3，然后勾选相应的物种（homo sapiens）。

   点击右侧的“Scan”，即会展开一个框框，把前面查询到的启动子序列的fasta格式复制进去，再点击右下角的“Scan”即可获取预测结果。

不同的预测位点会有相应的评分“Score”，评分越高，转录因子与预测位点结合可能性越大。结果中的“-”表示反向互补序列，需要先把反向互补的序列写出来，再与靶序列比对匹配。

以上便是转录因子与靶基因启动子结合位点预测的基本操作及数据库，大家get到方法了吗？关注汉恒生物，可为大家提供转录因子与启动子结合验证服务，欢迎咨询！