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尔云间生信代码|深度学习-人工神经网络(ANN)的构建

2022-07-12 14:00 作者:尔云间  | 我要投稿

神经网络被广泛用于诸如分类、聚类、预测等诸多领域。ANN优势:1.可以检测因变量与自变量之间的非线性关系;2.可以利用算法并行化实现对大数据的高效训练;3.属于无参模型,能够避免参数估计过程中产生的错误。

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神经网络由一组互联的结点组成,这些节点分别负责网络的输入,连接,处理以及输出。神经网络被广泛用于诸如分类、聚类、预测等诸多领域。借助neuralnet训练得到神经网络模型。视频版请见深度学习-人工神经网络(ANN)的构建/生物信息/人工智能/R语言

人工神经网络(ANN)是一种运算模型,由大量的节点(或称神经元)之间相互联接构成。每个节点代表一种特定的输出函数,称为激励函数(activation function)。每两个节点间的连接都代表一个对于通过该连接信号的加权值,称之为权重,这相当于人工神经网络的记忆。网络的输出则依网络的连接方式,权重值和激励函数的不同而不同。而网络自身通常都是对自然界某种算法或者函数的逼近,也可能是对一种逻辑策略的表达。

ANN的优势:

1.可以检测因变量与自变量之间的非线性关系

2.可以利用算法并行化实现对大数据的高效训练

3.属于无参模型,能够避免参数估计过程中产生的错误

小编最近发现已有部分研究将深度学习-ANN模型应用于生信文章,如下图。这篇影响因子 > 5分简单纯生信文章。 

但是具体要如何实现??? 今天,小云以代码提供的数据为例进行说明。

代码具体包括:

Step1 输入数据并构建ANN网络

Step2连接权重计算及其gwplot函数可视化

Step3 重要变量的ROC曲线和AUC值计算

下面是代码中附带数据逐步分析结果

ANN 网路图

Weights  权重结果
ROC  曲线

神奇吧,就是如此简单,我们用的都是入门级函数,稍微懂点R语言就能实现。

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