病理分析与生信强强联手，单基因分析+免疫分析直达5.7分+，创新性绝绝子，不怕思路撞

生信分析发展到现在，内卷的现状确实是亟待解决的···

走在发文第一线的小云也是一直在找各种突破口，常规生信的突破点一个是思路创新，一个是加验证实验；非常规生信可以做临床公共数据挖掘+分析（比如SEER和NHANES数据库），或者孟德尔随机化来实现换道超车（ps：小云前面已经分享过了临床公共数据分析和孟德尔随机化相关文献解读，感兴趣的小伙伴欢迎进入公众号搜索或点击文末链接观看哦）

这次推荐一个不怕思路撞车的新路子——病理分析联合生信！既包含了实验部分（可以堵住部分不接受纯生信杂志的嘴），又实现了思路创新，直接两个突破口都占全了，一举两得预定高质量文章~ ~

具体怎么操作？下面上实例！这个接近6分的文章是利用病理联合生信来分析免疫相关单基因，分析思路很简单，但创新性确实杠杠的！手握目标基因想做生信创新思路的朋友快上车，高分文章在向你招手啦！

l 题目：LILRB1+免疫细胞浸润识别免疫抑制微环境和卵巢癌患者的不良预后

l 杂志：International Immunopharmacology

l 影响因子：IF=5.714

l 发表时间：2023年4月

研究背景

免疫检查点抑制剂常用于各种类型的癌症，但其在卵巢癌(OC)中的疗效有限。因此，识别新的免疫相关治疗靶点至关重要。白细胞免疫球蛋白样受体亚家族B1 (LILRB1)是人类白细胞抗原G (HLA-G)的关键受体，参与免疫耐受，但其在肿瘤免疫中的作用尚不清楚。

数据来源

研究思路

首先在自有队列中用IHC检测了LILRB1在卵巢癌和正常组织中的表达，然后分析其在肿瘤细胞（TC）和免疫细胞（IC）上的表达，并探索LILRB1表达和OC患者临床病理特征之间的相关关系。利用TIMER数据库分析LILRB1表达与肿瘤浸润免疫细胞的相关性。在TCGA队列中分析LILRB1表达高组和低组之间22种肿瘤浸润性免疫细胞水平的差异，以及免疫抑制分子表达差异。进一步分析LILRB1表达与特异性免疫细胞亚型表面标记和分泌因子的相关性。在TCGA队列和自有队列中进行KM生存分析评估LILRB1和OC患者预后结果之间的关系。最后利用IHC分析LILRB1和CD8+T细胞的相关性，并评估LILRB1和CD8组合的预后价值。

主要结果

1. ICs和TCs上LILRB1表达与临床病理参数相关性分析

首先在自有队列中用IHC检测了LILRB1在卵巢癌和正常组织中的表达（图1A），LILRB1在OC中显著高表达。然后分析LILRB1在TC和IC中的表达情况，利用免疫荧光检测LILRB1和免疫细胞标记CD45以及肿瘤细胞标记pan-CK的共定位，结果表明LILRB1在TCs和ICs上均有表达（图1D-F）。接下来探索LILRB1表达和OC患者临床病理特征之间的相关关系（表1）。

表1 LILRB1表达和OC患者临床病理特征之间的相关性分析

2. LILRB1表达与肿瘤微环境的相关性分析

作者利用TIMER数据库分析LILRB1表达与肿瘤浸润免疫细胞的相关性（图2A）。在TCGA队列中分析LILRB1表达高组和低组之间22种肿瘤浸润性免疫细胞水平的差异（图2B），以及免疫抑制分子表达差异（图2C），进一步分析LILRB1表达与免疫抑制基因特征之间的相关性（图2D）。结果显示，较高的LILRB1表达水平有助于建立免疫抑制肿瘤微环境。接下来，作者分析了LILRB1表达与巨噬细胞、DC细胞和细胞毒性T细胞中一系列免疫细胞表面标记物和细胞因子之间的相关性（图3A, B），分析显示LILRB1的高表达水平与免疫抑制表型正相关。（ps：各种免疫浸润分析也可以用小云新开发的零代码生信分析小工具实现，云生信分析工具平台包含超多零代码小工具，上传数据一键出图，感兴趣的小伙伴欢迎来参观哟，网址：http://www.biocloudservice.com/home.html）。 

图3 LILRB1表达与特异性免疫细胞亚型的相关性分析

3. LILRB1表达与预后的相关性分析

基于TCGA数据，使用KM曲线分析LILRB1高、低表达组间的OS和PFS预后差异（图4A, B），发现LILRB1高表达仅与不良PFS相关，与不良OS无关。然后对ICs、TCs和all细胞上的LILRB1表达进行了进一步KM生存分析，IC 上LILRB1过表达与较差的OS和PFS显著相关（图4 C, D）。根据肿瘤复发/进展是否发生在小于或大于6个月，患者被分为铂类敏感或耐药，比较铂类敏感或耐药患者ICs、TCs和all细胞上的LILRB1表达差异（图4E），结果显示在铂耐药患者的ICs上观察到更高的LILRB1表达。

图4 LILRB1表达与预后的相关性分析

4. LILRB1表达与CD8+T细胞浸润的相关性分析及其组合的预后价值评估

上述结果表明LILRB1高表达与免疫抑制相关，所以作者推测LILRB1+ICs可能抑制抗肿瘤CD8+ T细胞功能，通过IHC染色比较低和高水平LILRB1+ ICs的患者亚组中的CD8+ T细胞浸润水平（图5A），并分析LILRB1+ ICs的数量和CD8+ T细胞浸润之间的相关性（图5B）。然后根据LILRB1+ IC和CD8+ T细胞浸润将OC患者分为四个亚组，并利用KM曲线比较4个亚组的生存结果（图4C），结果表明，具有高CD8+ T细胞浸润和低LILRB1+ IC水平的患者的预后比其他患者亚组好。通过IHC进一步研究了接受抗PD-1/PD-L1治疗的复发性OC患者样本中的LILRB1+ IC和CD8+ T细胞浸润（图5D），结果显示对免疫疗法有反应的患者表现出高水平的CD8+ T细胞浸润和低水平的LILRB1+ IC浸润。（ps：KM曲线绘制也可以用云生信平台分析工具实现哦，网址：http://www.biocloudservice.com/home.html，欢迎朋友们来探索~ ~）

图5 LILRB1表达与CD8+T细胞浸润的相关性分析

文章小结

这个文章针对单个基因进行IHC分析和生信分析，病理与生信两者联合在文章中非常加分，是个大亮点。文章整体基调定位与免疫方向，也是生信大热点，创新性再次叠加，直接拿下5.7分+，很赞哦！手握目标基因，想做创新性分析的小伙伴，不要犹豫啦，用上这个思路行动起来吧！