5张图拿下6分+纯生信，单基因超值思路来袭！转录+蛋白+表观多组学分析+免疫分析，创新

话说，最容易上手的生信分析是什么？

那必须是生信分析的底牌——单基因生信分析呀！

只要你找到感兴趣的基因都可以做单基因分析，不管是生信分析单独成文，还是跟实验课题相结合，它都能游刃有余~ ~（ps：小云发现，现在很多高分实验类文章都开始见缝插针的应用生信分析了，用的最多的就是单基因分析，绝对是省钱产图神器，赶紧学起来吧！）

当然，单基因生信分析单独成文肯定还是最简单、性价比最高的途径！

不过，千万不要以为是生信底牌，入门级生信思路就给它打上简单、低分的标签哦，单基因生信分析的花样也很多、发高分的也很多（ps：小云前面也分享过一些单基因思路，感兴趣的小伙伴可以移步公众号搜索或点击文末链接观看哦），这次小云又带来了一个超值思路——单基因转录+蛋白+表观多组学分析+免疫分析，纯生信即可发到6分+，可见这创新性杠杠的呀！手握目标基因想做生信的朋友快上车，这么简单、超值的纯生信思路可不多见啦！一起来看文章~ ~

l 题目：ALDH2作为肺腺癌中潜在的干细胞相关生物标志物:综合多组学分析

l 杂志：Comput Struct Biotechnol J.

l 影响因子：IF=6.155

l 发表时间：2023年2月

研究背景

乙醛脱氢酶2 (ALDH2)是乙醛脱氢酶基因(ALDH)超家族的成员，其编码对乙醛具有最高亲和力的线粒体ALDH，在乙醇代谢中至关重要。多种研究表明ALDH2在肺癌中的重要性，但导致ALDH2在LUAD中异常表达的表观遗传学特征和信号通路仍然知之甚少。

数据来源

研究思路

首先分析LUAD患者中ALDH2基因和蛋白的表达，KM生存分析评估不同临床病理因素下ALDH2的预后价值。随后研究了ALDH2的DNA甲基化状态和参与ALDH2激活的信号通路。最后分析ALDH2活性与干细胞相关因子和免疫细胞的相关性。

主要结果

1. ALDH2的基因和蛋白表达分析

利用UALCAN分析ALDH2在24种不同癌症类型中的表达（图1A）。在TCGA-LUAD队列分析ALDH2在正常和LUAD样本中的差异表达（图1B）。使用CPTAC-LUAD数据集并通过UALCAN分析 ALDH2蛋白在LUAD组织中的表达（图2A）。从HPA数据库收集LUAD组织中ALDH2的IHC图像和蛋白质谱，分析ALHD2蛋白在LUAD中表达强弱（图2B, C）。（ps：多组学分析中利用CPTAC数据做蛋白组分析的比较少，是个亮点，CPTAC数据库是NCI建立的蛋白组数据库，需要做多组学或表达验证的小伙伴可以用起来啦）

图1 ALDH2的基因表达分析

图2 ALDH2的蛋白表达分析

2. LUAD中ALDH2表达与预后价值的相关性分析

KM生存曲线分析不同临床病理因素LUAD患者ALDH2 mRNA表达与临床预后的相关性（表2），结果显示，ALDH2的低表达显著影响患者的存活率，并且ALDH2表达与LUAD患者生存时间之间的关系与各种临床病理因素（癌症分期、吸烟习惯、性别和治疗策略）相关。（ps：生存分析也可以用小云新开发的零代码生信分析小工具实现，云生信分析工具平台包含超多零代码小工具，上传数据一键出图，感兴趣的小伙伴欢迎来参观哟，网址：http://www.biocloudservice.com/home.html）。 

表2 预后分析

3. ALDH2基因甲基化分析和参与通路分析

基于TCGA数据，使用SMART首先进行了基因甲基化水平泛癌分析（图3B），然后比较LUAD肿瘤和正常组织之间的ALDH2各探针的甲基化和聚集水平差异（图3C）。基于CPTAC-LUAD数据集，利用UALCAN研究了LUAD中潜在的ALDH2信号通路（图3D），结果显示ALDH2蛋白质组表达与HIPPO途径、mTOR途径、MYC/MYCN途径、RTK途径和SWI-SNF复合体之间有很强的相关性。

图3 ALDH2基因甲基化分析和参与通路分析

4. ALDH2与干细胞因子和免疫细胞的相关性分析

由于ALDH2表达在两个关键的干细胞相关途径(WNT途径和p53途径)中显著下调，所以使用TIMER数据库分析LUAD中ALDH2水平与干细胞因子（包括TP53和APC）的相关性（图4A）。并使用TIMER评估了ALDH2和各种免疫细胞活性之间的相关性（图4C），结果表明， LUAD中ALDH2与B和T细胞活性相关。（ps：免疫浸润分析也可以用云生信平台分析工具实现哦，网址：http://www.biocloudservice.com/home.html，欢迎朋友们来探索~ ~）

图4 ALDH2与干细胞因子和免疫细胞的相关性分析

文章小结

这个文章对单个基因ALDH2进行转录+蛋白+表观多组学分析，蛋白组学分析在文章中非常加分，是个大亮点（ps：文中用的蛋白组学数据库——CPTAC非常适合做多组学分析或表达验证，建议小伙伴们也用起来哦）。最后进行干细胞和免疫细胞相关性分析，创新性叠加，纯生信就能直接拿下6分+，太超值了！手握目标基因，想做单基因分析的小伙伴，不要犹豫啦，用上这个思路行动起来吧！