欢迎光临散文网 会员登陆 & 注册

实用干货 | 如何便捷获取PBMC测试数据?

2023-07-05 09:46 作者:百奥益康  | 我要投稿

在学习/测试新方法时,起步常需要一些测试数据。如果手边没有自测的数据,或者不便使用时,可以考虑使用一些开源的测试数据。比如单细胞测序中比较经典的PBMC数据,在 10x Genomics 公司在其官网上可以简单注册后直接获取:

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets/1.1.0/pbmc3k

当然,如果是想尽可能的节省人为操作,或者后续在R中进行数据分析,则可以考虑使用开源的R包直接完成数据获取,SeuratData 包提供了更为便捷的 seurat 对象数据:

https://github.com/satijalab/seurat-data

以 pbmc3k 为例,需要先进行数据的安装加载:

An object of class Seurat
13714 features across 2700 samples within 1 assay
Active assay: RNA (13714 features, 0 variable features)

后续可以直接使用 pbmc3k 接 seurat 的标准流程,并且为了方便使用,还贴心的内置了细胞注释信息,如下 seurat_annotations 列:

其他可用数据集:

AvailableData()

记录的信息较为详细,包括版本、来源物种、组织类型、细胞数、测序技术等。数据的安装可以参照上文 pbmc3k 的安装方式,即使用InstallData()函数,参数设置为目标 Dataset 名。

对于各数据集,如pbmc3k,还可以使用 help(pbmc3k) 查看其具体信息!

 ————关于百奥益康————


北京百奥益康医药科技有限公司致力于提供前沿的单细胞及空间组学全套解决方案,相关研发和服务团队位于北京亦庄。百奥益康现有管理和技术团队具有丰富的单细胞及空间组学服务和研发经验,在该研究领域深耕7年,累积了150余种不同组织类型、10,000+个样本的服务经验,服务客户发文超百篇,影响因子超千分(包括CNS顶级期刊)。

百奥益康技术团队已累积经验的消化组织类型(人)

 

 

百奥益康技术团队已累积经验的消化组织类型(小鼠)


实用干货 | 如何便捷获取PBMC测试数据?的评论 (共 条)

分享到微博请遵守国家法律