R语言画ROC曲线总结
原文链接：http://tecdat.cn/?p=10963
在本文中，我描述了如何在CRAN中搜索用于绘制ROC曲线的包，并重点介绍了六个有用的包。
我使用pkgsearch来搜索CRAN并查看其中的内容。该package_search()函数将文本字符串作为输入，并使用基本的文本挖掘技术来搜索所有CRAN。
经过一番尝试和错误之后，我确定了以下查询，其中包括许多与ROC相关的有趣软件包。
rocPkg <- pkg_search(query="ROC",size=200)
rocPkgShort <- rocPkg %>%filter(maintainer_name != "ORPHANED", score > 190) %>%select(score, package, downloads_last_month) %>%arrange(desc(downloads_last_month))head(rocPkgShort)
## # A tibble: 6 x 3
## score package downloads_last_month
## <dbl> <chr> <int>
## 1 690. ROCR 56356
## 2 7938. pROC 39584
## 3 1328. PRROC 9058
## 4 833. sROC 4236
## 5 266. hmeasure 1946
## 6 1021. plotROC 1672
下图使用了Guangchuang Yu的dlstats软件包，查看我选择分析的六个软件包的下载历史记录。
library(dlstats)shortList <- c("pROC","precrec","ROCit", "PRROC","ROCR","plotROC")downloads <- cran_stats(shortList)ggplot(downloads, aes(end, downloads, group=package, color=package)) +geom_line() + geom_point(aes(shape=package)) +scale_y_continuous(trans = 'log2')
2005年
以下代码ROCR使用包随附的综合数据集设置并绘制默认的ROC曲线。在整个文章中，我将使用相同的数据集。
library(ROCR)## Loading required package: gplots#### Attaching package: 'gplots'## The following object is masked from 'package:stats':#### lowess# 为单个预测绘制ROC曲线，并对曲线进行着色。data(ROCR.simple)df <- data.frame(ROCR.simple)pred <- prediction(df$predictions, df$labels)perf <- performance(pred,"tpr","fpr")plot(perf,colorize=TRUE)
2010
pROC在图中绘制曲线下面积（AUC）的置信区间非常容易。
2014年
roc.curve()函数会绘制出干净整齐的ROC曲线 。
2014年
该软件包提供了许多功能丰富的ggplot()几何图形 。
2015年
precrec 是另一个用于绘制ROC的库。
evalmod()函数可以很容易地生成各种模型特征的基本图。
2019
ROCit是一个用于绘制ROC曲线和其他二进制分类可视化效果的新程序包 ，并且正在迅速普及。
下图显示了CDF累积密度。KS统计数据显示两条曲线之间的最大距离。
ksplot(ROCit_obj)
最受欢迎的见解
1.R语言绘制生存曲线估计|生存分析|如何R作生存曲线图
2.R语言生存分析可视化分析
3.R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标
4.r语言中使用Bioconductor 分析芯片数据
5.R语言生存分析数据分析可视化案例
6.r语言ggplot2误差棒图快速指南
7.R 语言绘制功能富集泡泡图
8.R语言如何找到患者数据中具有差异的指标？（PLS—DA分析）
9.R语言中的生存分析Survival analysis晚期肺癌患者4例
