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一步到位?R代码构建列线图

2023-01-18 09:14 作者:小云爱生信  | 我要投稿

尔云间  一个专门做科研的团队

原创 小果 生信果

小伙伴们,大家好呀,很高兴和大家见面,最近看到有伙伴提问关于列线图分析的问题,为了解决这个问题,小果特地带来使用R代码进行列线图分析,接下来就上干货了哦,小伙伴们可要别眨眼啊。

其中行为样本名称,列为临床信息,分组情况。小果在这里为了给小伙伴做演示,就只展示了部分样本的信息,实际情况中往往样本量较大,小伙伴注意具体问题具体分析。


2. 把我们的代码.txt和input.txt文件放到同一个文件夹。


3. 打开Rstudio,运行前需要设置工作目录,这里建议工作路径设置为存放输入文件和代码的文件路径,是运行代码,执行过程如下:


得到如下结果


代码如下:

library(rms)
input <- read.table(file = "input.txt",header = T,sep = "\t",row.names = 1)
注意此处开始需要隐藏
dd <- datadist(input)
options(datadist="dd")
f <- cph(Surv(time, status) ~ Age+RiskScore, x=T, y=T, surv=T, data=data3,
         time.inc=1)#time.inc为时间增量
surv <- Survival(f)
nom <- nomogram(f, fun=list(function(x) surv(1, x), function(x) surv(2, x), function(x) surv(3, x)),
                lp=F, funlabel=c("1-year survival", "2-year survival", "3-year survival"), maxscale=100,
                fun.at=c(0.99,0.98,0.95, 0.9, 0.8, 0.7, 0.6, 0.5,0.4,0.3,0.2,0.1))


至此,分析就结束了,小伙伴快去试试吧。


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