小果教你如何计算免疫治疗标志物CYT评分

尔云间  一个专门做科研的团队

原创 小果 生信果

小伙伴们，大家好呀，很高兴和大家见面，小果最近看到有伙伴提问在做免疫治疗预测标志物时，需要如何计算CYT评分，正好小果前两天刚做过，想到这里就迫不及待地想要分享给小伙伴们，这样小伙伴们就不会因为计算CYT评分而苦恼了，接下来小果就上干货了，小伙伴们可别眨眼啊，今天的分享分两步，第一步简单了解CYT是什么，第二步，计算CYT演示。

一、简单了解CYT

CYT是免疫细胞溶解活性，它是一种测量炎症的指标。它是通过计算GZMA 和PRF1表达(TPM 值)的几何平均的来评估，简单来说就是GZMA 和PRF1表达的平均值。

二、计算CYT演示

1.在表达矩阵中提取GZMA 和PRF1表达的值，这里呢因为不是批量提取，小云就使用简单的查找方法得到了两个基因的表达值。当然小伙伴在实际应用中遇到的样本少说几十个，多则上百，这里小云就为了演示，选取了四个样本。

2.使用AVERAGE公式计算每个样本的GZMA 和PRF1基因的均值，比如我们要计算sample1样本的CYT评分，首先在PRF1下添加CYT, sample1计算得分方法为AVERAGE（B2:B3）,依此类推得到其它样本的结果即为CYT评分。结果如下所示。

以上就是CYT评分计算方法，是不是特别简单呢，小果今天的分享就结束了，小伙伴们快去试试吧。