【网络药理学】五、GO和KEGG分析

五、GO和KEGG分析
1.DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)

(2)将药物-疾病靶点交集复制进“A:Paste a list”,“Step 2:Select Identifier”项下选择“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”,“Step 2a:Select species”项下选择“Homo sapiens”,“Step 3:List Type”项下选择“Gene List”,点击“Submit List”。

(3)展开“Gene_Ontology”,点击“GOTERM_BP_DIRECT”后的“Chart”。

(4)右键“Download File”,点击“将链接另存为”,选择保存位置,命名文件,点击“保存”。

(5)“GOTERM_CC_DIRECT”“GOTERM_MF_DIRECT”同上。
(6)展开“Pathways”,“KEGG_PATHWAY”同上。

(7)打开下载的文件,复制到EXCEL。(若复制完只有一列,则选择分列时只勾选“Tab键”,若有多列但分列混乱,则点击“文件”→“打开”→选择下载的文件→“打开”→“下一步”,只勾选“Tab键”即可。)


(8)选中“Count”一列,右键选择“插入”。

(9)复制“Term”栏目下“GO:0008284~positive regulation of cell proliferation”中的“~”。注:KEGG为复制冒号。

(10)选中“Term”栏,点击“数据”→“分列”。

(11)点击“下一步”,勾选“其他”,在后面粘贴上之前复制的“~”,点击“下一步”,点击“完成”。



(12)将新分列出的一列前20个数据复制到新EXCEL表格中。

(13)将表格中“PValue”、“Count”的前20项复制到新EXCEL,并按下图排列。其中“GeneRatio”数据为“Count”除以“List Total”。CC、MF、KEGG同上。

2.微生信(https://www.bioinformatics.com.cn/)
(1)注册登录后,点击“富集气泡图”。

(2)将上一步整理好的BP数据复制进“绘图数据”。
①调整“图像大小”项下的“图片宽度”为合适大小;
②在“图标题”处输入“BP”;
③“X轴说明”处输入“GeneRatio”;
④“颜色”选项下选择“颜色代表的p值进行-log10转化”,并选择合适的颜色;
⑤“字体”选择“Times New Roman”;
⑥点击“提交”。


(3)点击“PNG(300 dpi)”,下载保存即可,CC、MF、KEGG同上。
