盯着双硫死亡的同时别忘了“失巢凋亡”这一热点！还有二次聚类分析思路助力6分+纯生信

怕双硫死亡太卷？

不如看看其他的细胞死亡类型？

比如失巢凋亡~

2023年开年就来了个细胞死亡的新热点-双硫死亡，遵循着铁死亡和铜死亡的发文规律，第一波发表的肯定是生信分析文章，因为周期短呀~

但也有小伙伴跑来跟小云诉苦：我这边现有的课题还没搞明白呢，还要再去卷双硫死亡吗？真的有点卷不动了…（ps：小云觉得实在没精力，可以找小云来帮忙做分析，你安心做你的实验，生信我来帮你搞定，可好？）

而且也不必每出一个新热点都要跟，何况细胞死亡的类型那么多，选选不那么内卷的方向也行呀~

比如小云之前给大家介绍的“失巢凋亡”，今天就给大家分享一篇性价比很高的失巢凋亡生信文章，热点方向+创新分析思路（二次聚类），轻松发表6分+纯生信，而且1个月就接收！赶快来看看吧~

题目：肝细胞癌失巢凋亡相关亚群的鉴定及预后模型

杂志：International journal of molecular sciences

影响因子：6.208

发表时间：2023年2月

数据信息

研究思路

分析肝癌中差异表达的失巢凋亡相关基因，使用无监督聚类算法对TCGA样本进行分类。然后，采用WGCNA来识别高相关基因，并进行第二次聚类分析。进一步基于单变量Cox比例风险回归构建预后风险模型。该模型使用来自ICGC和GEO的外部数据集进行了验证。最后，使用CIBERSORT算法来研究风险评分与免疫浸润之间的相关性。

主要研究结果

1. 第一次聚类分析，鉴定失巢凋亡相关亚群

分析TCGA数据中的差异表达基因(DEGs)。与GeneCards数据库中的448个失巢凋亡相关基因取交集，最终筛选出168个差异表达的失巢凋亡相关基因 (图1A)。

使用共识聚类算法在TCGA-LIHC数据集中进行无监督聚类，获得两个聚类：Subgroup A和B，亚组A的生存概率低于亚组B(图1C)。

进行基因集变异分析(GSVA)确定两个亚组内不同的KEGG通路和Reactome通路 (图1E)。应用ssGSEA算法来探索两个亚组之间的免疫浸润水平(图1G)。结果表明，两个亚组在KEGG途径、Reactome途径和免疫浸润水平上具有不同的特征。

图1.第一次聚类分析，鉴定失巢凋亡相关亚群

2. WCGNA鉴定高相关基因模块

WCGNA识别出三个基因模块:蓝绿色模块、棕色模块和蓝色模块。其中，肿瘤发生与绿松石模块有很强的相关性(图2D)。从绿松石模块中提取75个基因进行GO和KEGG通路富集分析(图2F-G)。结果表明，绿松石模块中的基因与肝细胞癌的发生、转移和发展高度相关。

（ps：WGCNA可以用小云新开发的零代码生信分析小工具实现，云生信分析工具平台包含超多零代码分析和绘图小工具，上传数据一键出图，感兴趣的小伙伴欢迎来尝试哟，网址：http://www.biocloudservice.com/home.html ）。

图2. WGCNA鉴定高相关基因模块

3. 第二次聚类分析，确定失巢凋亡相关基因簇

根据绿松石模块中高度相关的基因鉴定出失巢凋亡相关基因簇，分为3个聚类：Cluster A、B、C，Cluster A的生存概率低于Cluster B和C(图3C)。基因表达的热图显示了三个Cluster之间的差异(图3D)。

图3. 鉴定失巢凋亡相关基因簇

4. 失巢凋亡相关预后风险模型的构建

使用单因素Cox比例风险回归分析筛选候选预后基因，然后将这些基因应用于LASSO回归，筛选出5个基因(图4A,B)。计算风险评分，根据风险评分的中位数将患者分为两组。高风险评分的患者比低风险评分的患者生存概率更低，死亡时间更早(图4D)。

图4. 构建与失巢凋亡相关的预后风险模型

5. 构建预测总生存率的Nomogram，以及预后风险模型的验证

基于风险评分、年龄、性别、阶段等各因素构建Nomogram，根据“总分”推断1-5年的总生存率（图5C）。

应用ICGC和GEO数据集验证失巢凋亡相关预后风险模型的性能（图5E）。结果与TCGA数据集中的结果相似，表明与anoikis相关的预后风险模型在预测总生存率方面具有很强的性能。

图5.构建Nomogram和预后风险模型的验证

6. 两组危险人群免疫细胞浸润的不同特征

分析2个亚群、3个基因簇、2个风险组和2个临床结局的分布和关系(图6A)，发现两个亚组和三个基因簇在风险评分上存在显著差异(图6B,C)。接下来，使用CIBERSORT算法来探索浸润免疫细胞与高危人群的相关性(图6D-E)。关键预后基因也与大多数免疫细胞高度相关(图6H)。

图6. 免疫浸润分析

总结

这篇文章的创新点就是基于失巢凋亡相关基因进行了疾病分型，之后的预后模型、构建风险评分、分析不同风险组患者免疫浸润、构建nomogram等均为常规分析。

值得借鉴的作者运用了“二次聚类”分析，新颖的分析思路也是亮点之一。

热点方向+思路创新，直接拿下6分+纯生信文章，而且接收很快，性价比如此之高，你还不心动吗？

如果你还苦恼于生信分析没有思路，或者嫌分析方法太过简单、太过老套，想要创新思路的，或者对失巢凋亡等热点方向感兴趣的小伙伴快来联系小云吧！