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科研代码大全|根据肿瘤突变负荷TMB进行KM生存分析寻找最佳的cutoff

2022-05-27 16:49 作者:尔云间  | 我要投稿


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真香提示:文末可以知道如何获取代码~   

肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)被定义为每百万碱基中被检测出的,体细胞基因编码错误、碱基替换、基因插入或缺失错误的总数,它反映了肿瘤细胞所携带的突变总数。

很多时候,当我们对关心的变量(比如单个基因表达量、样本风险值riskScore、肿瘤突变负荷TMB)在用中位数为截点时,生存分析往往没有差异。当我们关心的变量KM曲线差异不显著时,应该怎么办?这个时候常常需要找到一个最佳截点使得生存分析有差异,我们的分析才有实际意义。

这些都是基于survminer 包的surv_cutpoint()函数完成的,surv_cutpoint计算的统计量是基于maxstat包的maxstat.text函数计算出的Maximally selected rank statistics,通过这个R包,可以获得直接用于文章中的最佳截断值选取图、生存差图,以及分组信息。

1.      使用surv_cutpoint()函数找到最优的cutoff值:

2.      生存差异分析:

3.      分组结果文件:

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