科研代码分享|R可视化：高分文章绘图之基于RCircos包的多类型圈图绘制

高分文章中的图为什么都那么美观？今天小云教你用代码一键生成展示信息量大、图形复杂且美观的Circos图。

科研有捷径，输入代码，一键获取科研成果！就是这么省事，来具体看下有多方便！

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Circos图是在基因组相关的分析结果展示中非常常见的一类图型。由于Circos图中展示的信息量大，图形复杂且美观，很多高分文章中都会绘制类似的图形。今天我们来一步步解析下该图形的内容，Circos图实际是将多个类型的图片，包括散点图、直方图、折线图、热图等，经过变形以后叠加显示在染色体上。本质上是多个图形的组合。

本期我们将分享如何通过R包Circos来绘制这个基因组分布复杂圈图，示例数据用的是R包内置数据，如果大家要用自己的数据绘图的话，可将自己的数据格式整理成和示例一致即可作图。具体数据格式和每步出图如下：

数据格式介绍：

RCircos.Gene.Label.Data：

# 第一列 染色体编号，需要与第一步导入的染色体数据一致;

# 第二列 基因在染色体片段起始位点;

# 第三列 基因在染色体片段结束位点;

# 第四列 基因名。

RCircos.Heatmap.Data：

# 这个数据集中是6个不同样本的基因表达量数据,

# 第一列 染色体编号，需要与第一步导入的染色体数据一致;

# 第二列 基因在染色体片段起始位点;

# 第三列 基因在染色体片段结束位点;

# 第四列 基因名;

# 第五列及以后 基因在不同样本中的表达量

# 指定以第6列数据生成热图

RCircos.Scatter.Data：

# 拷贝数变异的数据第一列染色体编号；

# 第二列 突变位点在染色体片段起始位点；

# 第三列 突变位点在染色体片段结束位点；

# 第四列 突变位点拷贝数；

# 第五列 突变平均置信度

RCircos.Line.Data：格式与上述一致

RCircos.Histogram.Data：

# 这个数据集是染色体片段突变频率的数据

# 第一列 染色体编号；

# 第二列 染色体片段起始位点；

# 第三列 染色体片段结束位点；

# 第四列 染色体片段突变频率；

# 指定以第4列数据做为图形中直方的纵坐标

RCircos.Tile.Data：

# 第一列 染色体编号；

# 第二列 需要绘制的网格在染色体片段的起始位点；

# 第三列 需要绘制的网格在染色体片段的结束位点

# 指定图形在第9个环形生成

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