FLO根据不同的贸易主体，提出了生产者标准、贸易者标准和产品标准。企业向FLO申请产品的公平贸易认证，FLO的认证机构FLO-CERT对照FLO提出的公平贸易标准，审计确认申请者是否能够进行认证。

对申请者的审计主要分为两部分，一是现场进行审计，由当地的审计员进行；二是FLO对申请者的相关文书进行审计。

获得公平贸易标签认证的生产者和贸易者，FLO会在其首次获得公平贸易标签的三年内进行两次不定期审计。此外，FLO还会进行不事先通知的审计，确保他们有切实遵守公平贸易标准。

国际公平贸易标签组织（FLO）根据不同的贸易主体提出了不同的公平贸易标准，以下是简要的经济、环境和社会标准概述。

经济标准

• 企业需向生产商支付公平贸易价格，即最低收购价格，公平贸易价格指的是企业需支付给从发展中国家进口某些农产品的最低收购价格。这些最低收购价能够减少农民所承受的风险，免受价格波动的影响，维持生计，同时也不会为了增加收入，使用破坏环境的方式过度生产。但是当市场价格高于最低收购价时，企业必须支付市场价格给农民。

• 企业需向合作社支付公平贸易溢价（Fairtrade Premium），这笔公平贸易溢价会进入工人和农民的公共基金，由农民在合作社民主选举代表来决定如何使用才能改善他们的社会、经济和环境条件。公平贸易溢价不是一成不变的，而是根据产品销售量的百分比来计算的，合作社所获得的补贴根据地域、产品的不同也是不一样的，同时，公平贸易溢价会在3-4年重新进行审查。

• 公平贸易强调长期的贸易合作伙伴关系，并要求买方向生产者预先给一部分钱，从而使生产者能够进行稳定运营。

环境标准

• 公平贸易强调生态和农业上进行种植时，不能以破坏坏境的方式进行生产，包括负责任的水和废弃物管理、保护生物多样性和土壤肥力、尽量少使用农药和农用化学品等。

• 公平贸易禁止使用几种有害物质和转基因作物（GMOs）。

• 公平贸易不要求农民获得有机认证，但是对于有机种植物会获得更高的最低收购价格。

社会标准

• 公平贸易对小规模生产者的社会标准主要包括自行组成一个民主的组织（通常是合作社形式）、参与性决策、公开透明以及不歧视（包括性别平等）。

• 在种植园中，主要以雇佣劳动为主。因此公平贸易的标准要求种植园企业在运营过程中无歧视性雇佣、支付工资需要与法律要求或地区最低工资相同或高于法律要求或地区最低工资、结社自由、工人的集体谈判权、工人安全与健康保障、工人能够管理公平贸易溢价的条件。

• 公平贸易标准禁止强迫劳动和童工。