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蛋白的关系我知道,蛋白互作网络分析

2023-05-17 09:28 作者:小云爱生信  | 我要投稿

尔云间  一个专门做科研的团队

生信果



小果今天遇到了蛋白互作网络分析的任务,这个任务其实还挺常见的,小果今天就带大家来看看小果是怎么做的吧。


首先是准备要分析的蛋白,一般是直接输入基因symbol就可以了。然后找到分析的网站。

https://cn.string-db.org/

这个网站长这样

这里我们要做的是蛋白之间的互作关系的分析,所以要选择多重蛋白这一条,然后把准备好的蛋白名粘贴进去。

下面物种选择人,点击search就可以进行分析了。

之后是下面这个页面,没有特别要求的话,点继续就可以了。

然后就能看到分析结果了。

整个图比较长,这里只展示了部分内容,图片下面有一些设置的内容。

Settings里有设置调整的内容,不过因为我们有更专业的调整工具,所以这里就直接导出了,这里选择第一个tsv,单向的关系线。

下面就轮到我们的另一个主角了,这是一个软件,叫做Cytoscape,打开之后界面如下

左上角有一个箭头,节点和线段的图标,点一下,就可以导入之前保存的tsv文件

选择打开就可以了,不过有一点要注意一下,打开的时候有很多列,这里选择前面的两列,后面都使用禁止符号就可以了。

刚打开之后,界面如下

左上角选择style进行调整

小伙伴们选择自己的style就好了,下面是小云设置的参数

做出来的效果如下

这些节点线段都是可以拖动的,小伙伴们可以自由调节。


好了,今天的内容就是这些了,小伙伴们有什么问题欢迎来和小果讨论啊。



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