小果教你用blast批量比对蛋白核酸，不费劲
尔云间 一个专门做科研的团队
接触序列的小伙伴基本都会遇到比对问题，比对的话基本就离不开blast这个软件了，但网页的和本地的都只能做单个的比对，想要批量比对一般就要进linux系统，使用命令行进行操作，小果今天就给大家讲一下如何使用命令行进行blast比对。
要进行比对的话就要先建立索引，建立索引的方法如下：
makeblastdb -in transcript.fa -input_type fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out transcript.fa
makeblastdb是建所以要用到的工具。-in这个参数后面要跟着输入文件，相对的，-out后面要跟着输出文件，这里输入和输出文件可以是同一个文件，-input_type是输入文件的格式，这里是fasta格式。-dbtype nucl表示要建立核酸序列的索引，如果是要建立蛋白序列的索引，就要把nucl换成prot，这个一定要记得换哦，小果就曾经因为忘了换折腾了一下午才反应过来，可要命了。
运行会显示如下界面:
生成索引后会出现一堆文件:
如果是建蛋白索引，索引文件的后缀里的第一个n会变成p比对的话一个命令就行了
蛋白比对要使用blastp，要注意确保蛋白索引在场。
比对结果就是输出文件，这里是RALF_seq.blast，结果主要看前三列，第一列是目标序列，第二列是转录本或蛋白序列文件中比对到的序列ID，第三列是比对分数，分数越高说明比对结果越好。
好了，这就是今天的主要内容了，小伙伴们有什么问题欢迎来和小果分享讨论哦。
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