无论如何不能再错过了，FerrDb铁死亡数据库重大升级1001个调节因子供您选择
各位小云朵们（我给各位粉丝朋友的新称呼，大家都很喜欢吧）：
铁死亡，ta又来了。可不是小云我偷懒，逮住一只羊薅，实在是ta关注度太高了，无法让人拒绝。
恰巧看见FerrDb铁死亡数据库更新出了2.0版本，这就赶紧火急火燎的写出这篇文章，把这个好消息告诉各位小云朵们，帮助大家的赶个创新点，助力文章发表。看到了吧，在这个世上，除了大家自己和导师，小云就是最关心您文章的那个人了吧。（如果没有分析思路或者文献复现有困难，可以找小云，超多创新性高的分析思路和分析服务供你选择！）
言归正传，FerrDb铁死亡数据库自从2020年底报道出来后，累计101篇使用了这个数据库，今年目前已达到70篇（见下左图，数据源自pubmed）。在这2年时间里，铁死亡领域的研究已日新月异，已由去年的1736篇，增长为目前的2720篇（见下右图，数据源自pubmed），从文章数量和增长幅度上看，都让人叹为观止。
V2版本中，与铁死亡相关基因已经增加到了621个（包含264个促进基因、238个抑制基因、9个biomarker基因以及110个未定义基因）和201个铁死亡激活剂与179个抑制剂，这比V1版提高了近2倍。环状RNA和假基因也被首次收录进来，非编码RNA的占比由7.3%增加到了13.6%。这也意味着，以前的分析遗漏了很多内容，一些无相关性的疾病，现在可能结果会更加显著。FerrDb V2也整合了来自公共数据库的资源（如GTEx、TCGA、DepMap、GEN等），能更加方便的对目标基因进行多层次多角度的关联分析。因此，大家不论是以前做过铁死亡分析，还是尚未做过，现在都是一个复现的好机会。
这网站如何用了？
1，基因和化合物的查看：网站共包括6类基因和化合物，其分类均标示在下图中：
2，基因和化合物的下载：网站共包括6类基因和化合物，其下载方式均标示在下图中：
那么既然有了更多的铁死亡相关基因，那么相关的生信思路也就是顺理成章的了！
于是小云搜索后，发现了一篇最近发表的文章已经使用了FerrDb V2版数据库：
题目：急性心肌梗死中铁死亡相关基因的表达模式及诊断价值研究
杂志：Front Cardiovasc Med
影响因子：IF=5.8
发表时间：2022年11月
数据集/队列 数据库 数据类型 样本信息
GSE66360 GEO 芯片数据 49个AMI和50个健康对照
GSE61144 GEO 芯片数据 7个AMI和10个健康对照
GSE60993 GEO 芯片数据 7个AMI和7个健康对照
铁死亡调节基因 FerrDB V2 基因 431个铁死亡调节基因与AMI差异基因取交集
研究思路
基于GEO数据集，分析急性心肌梗死（AMI）和健康对照血液中铁死亡相关基因表达差异。基于AMI相关微阵列数据集GSE66360和GSE61144显著差异表达基因（CoDEG）进行GO注释、KEGG途径富集分析和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析。铁死亡相关基因（FRG）从FerrDb V2获得，差异表达的FRG用于通过ROC分析来识别潜在的生物标志物。使用外部数据集GSE60993验证这些FRG的表达。最后，在心肌缺氧模型中进一步验证这些FRGs的表达。分析结果部分较为常规，就暂不详细提供，感兴趣的小云朵们可以从原文观看。
总结
实际上，FerrDb V2数据库的更新，更多是扩增分析结果，给出更多的可能基因，具体的生信分析方法和内容，并未有太大的变化，可以说一脉相承即可完成分析。
所以以前做过铁死亡分析的，现在也可以做补充分析，也许当时分析结果是阴性，那现在可能会有符合预期的基因。暂时还未做铁死亡分析的，那么目前刚好是最好时机，可以抓紧复现。
如果你还苦恼于生信没有思路，或者嫌分析方法太过简单、太过老套，想要创新思路的，或者对新的热点方向感兴趣的小伙伴快来联系小云吧。
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