R脚本的传参
尔云间 一个专门做科研的团队
今天小果为大家带来的是R脚本的传参。一个R脚本要在linux上运行时不可避免的要使用到参数传递这一功能。坦率得讲，R语言自带的commandArgs()函数完全可以胜任大多数的参数传递任务，但是为了更方便观察更推荐使用getopt包。
函数commandArgs()的使用：
例如，脚本文件名为foot.R, 可以这样写：
arg=commandArgs(T)
input1<-arg[1]
Input2<-arg[2]
...
函数中有一个布尔型参数TRUE，这个意思是让函数可以将接收到的所有输入依次存储进arg列表中。那么参数是如何传入脚本的呢？
在使用commandArgs()函数时，参数是没有名字的，只需：
Rscript foot.R 1 2
即可将1与2传入脚本，按照顺序1将被存入arg[1]，2将被存入arg[2]那么如果检验输入参数的数目呢？可以这样写：
If(length(arg)!=2){
cat(“you shoudl in put 1. input2 2.input2”)
break
}
但是，这种写法有两个弊端：
一是如果你需要的是一个字符串1，那么很幸运直接用就可以。但如果你需要的是一个数值型的1，那你是无法直接传入的，需要在脚本中转化才行，很不方便。
二是如果我输入了，但是输错了，你需要的是数字，但我输入的是一个苹果和一个栗子，函数会照单全收全部吃进arg列表中，这也会带来麻烦。所以，我们有一个单独用来传参的getopt包可以使用，更方便。
library(getopt)
首先创建一个列数为5的矩阵。第一列参数名；第二列参数名简写；第三列0，1或2依次表示不接收变量，可以接收变量与必须接受变量；第四列为变量的类型又logical、integer、double、complex、character、numeric可供选择；第5列为变量的说明。而矩阵的每一行就是一个参数。
spec <- matrix(
c("expr", "e", 1, "character", "This is path of gene expr!",
"help", "h", 0, "logical", "This is Help!"),
byrow=TRUE, ncol=5)
opt <- getopt(spec=spec)
这里的opt存储了输入的全部的参数，若要调用只需opt$参数名即可
if( !is.null(opt$help) || is.null(opt$expr) ){
cat(paste(getopt(spec=spec, usage = T), "\n"))
quit()
}
这一个检验参数的步骤，如果想偷懒的话，蓝字不用变，只要根据自己的参数数量对is.null部分进行增改就可以。
使用时只需这样写命令：Rscript foot.R --expr 文件的路径 或Rscript foot.R -e 文件的路径。
今天的分享就到这里，小果祝大家生活愉快。
推荐阅读
关注小果，小果将会持续为你带来更多生信干货哦。
“生信果”，生信入门、R语言、生信图解读与绘制、软件操作、代码复现、生信硬核知识技能、服务器、生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化等原创内容，一起见证小白和大佬的成长。
