文章速递 | 博奥晶典近期农学领域单细胞组学项目文章分享

近年来，单细胞测序技术在医学领域研究中已有广泛应用，但在农学方向，部分物种已知 Maker 基因较少不能准确鉴定细胞类型；某些物种缺少参考基因组、或同一物种有多个参考基因组很难选定；植物样本原生质体制备困难等也是影响农学单细胞组学研究进展的主要因素。

针对这一系列难题，博奥晶典首先对不同物种的多种组织类型开发了特有的解离方法，已成功完成了拟南芥、水稻、油菜、白菜、橄榄、苜蓿、苹果、菠菜等多物种多部位的原生质体制备，项目经验丰富。此外，在数据分析方面，博奥晶典自主搭建了 SingleCellBase 细胞注释数据库，该数据库整合 2000+ 篇高分单细胞文献数据，纳入了多个物种（包括鱼、鸡、猴子、猪、拟南芥等 33 个物种）和组织的细胞类型 Markers，实现了各类物种各类组织的细胞类型精准注释。

目前博奥晶典已助力研究人员发表 20+ 篇农学领域新成果，影响因子超 170 分。接下来跟小编一起回顾近期博奥晶典支持发表的 3 篇农学领域优秀文章吧！

Differentiation trajectories and biofunctions of symbiotic and un-symbiotic fate cells in root nodules of Medicago truncatula

研究主题：截短苜蓿根瘤共生和非共生命运细胞的分化轨迹和生物功能

发表期刊：Molecular Plant

影响因子：21.95

发表单位：中国农业大学

文章研究团队攻克了分离根瘤单细胞的技术难关，报道了以截形苜蓿为代表的不定型根瘤单细胞转录组图谱，揭示了成熟的不定型根瘤中不同转录表达模式的细胞类群，以及共生细胞类型和非共生细胞类型的分化轨迹和生物学功能，发现了共生固氮新机制：固氮细胞将氮同化为谷氨酰胺，非固氮细胞将谷氨酰胺转化为天冬酰胺供植物生长发育的新机制。

Integration of single-cell transcriptome and chromatin accessibility of early gonads development among goats, pigs, macaques, and humans

研究主题：山羊、猪、猕猴和人类性腺发育早期单细胞转录组和染色质可及性的整合

发表期刊：Cell Reports

影响因子：9.995

发表单位：中国科学院动物研究所

哺乳动物的早期性腺包含原始生殖细胞（PGCs）和体细胞前体，它们对性别决定和配子形成至关重要。研究者整合了单细胞转录组和染色质可及性分析，以识别山羊、猪、猕猴和人类早期生殖腺中 PGCs 和体细胞的调控特征；确定了进化保守和物种特定的事件，包括基因表达、信号通路和细胞-细胞相互作用；还发现了潜在的顺式调控元件和关键转录因子在 PGCs 和体细胞；更好的解释了哺乳动物 PGCs 和性腺体细胞发育的进化程序。

Single-cell transcriptome of Nepeta tenuifolia leaves reveal differentiation trajectories in glandular trichomes

研究主题：细叶猪笼草叶片的单细胞转录组揭示腺毛的分化轨迹

发表期刊：Frontiers in Plant Science

影响因子：6.627

发表单位：南京中医药大学

细叶猪笼草叶片上的盾状腺毛（PGTs）可以分泌和储存具有生物活性的精油。用富含 PGT 的叶片分离原生质体，成功捕获了 33,254 个原生质体用于单细胞转录组测序。细胞类型注释将所有细胞划分为 6 种类型，19 个亚型。基于毛状体特异性基因、单萜生物合成基因的表达模式和 PGT 分泌物的代谢分析，鉴定出来自 PGT 的细胞。通过拟时序分析描绘了 PGT 的发育轨迹。对细叶猪笼草叶片和拟南芥茎单细胞转录组数据的综合分析表明，PGTs 对细叶猪笼草具有特异性。文章为探索植物细胞的发育和分化，特别是腺毛的起始和发育提供了新思路。

为鼓励广大研究人员利用单细胞及空间组学技术更多地探索农学领域，博奥晶典已推出“农学单细胞&空间研究激励计划”。更多详情请点击查看往期，快来参与吧！

另外由北京博奥晶典生物技术有限公司主办的“首届农学单细胞空间组学技术研讨会”将于5月12日在北京拉开帷幕，敬请期待！