自上而下、自中而下和自下而上分析法比较

自下而上蛋白质组学策略是一种将蛋白质/酶的大片段混合物分解成小片段肽以进行分析的传统蛋白质组学分析策略。广泛应用于蛋白质组学研究的质谱技术。

自中而下蛋白质组学策略使用不同的酶来获得较长的肽。它可以分析和识别较长的肽链上同时发生的几种翻译后修饰。与自下而上的方法相比，它可以分析的肽的长度范围更大。

自上而下的蛋白质组学策略不需要酶水解的过程，而是直接分析完整的蛋白质。该技术可以提供更准确和更丰富的完整蛋白质的生物学信息。

自下而上

1. 将蛋白质水解成肽段；

2. 成熟的蛋白质定量方法；

3. 通量更高；

4. 自然信息丢失导致无法识别蛋白质变异；

5. 无法正确分析PTMs之间的关系。

自中而下

1. 该法针对通过有限的蛋白质酶解产生的分子量为5-20kDa的多肽；

2. 可分析并鉴定较长多肽链上同时存在的几种翻译后修饰。与自下而上法相比，该法可分析更长的肽段。；

3. 组蛋白翻译后修饰鉴定。

自上而下

1. 无需化学消化或酶水解；

2. 100%序列覆盖率，可获得蛋白质的完整形态特征；

3. 整个蛋白质通过质谱分析，可获得最佳PTM特征；

4. 通量较低。