使用R分析qPCR结果

最近开始做qPCR实验了，为了搞懂ddCt（Livak）法的原理，以及通过复现qPCR仪自带软件来锻炼自己的能力，而且软件好像只能分析一个96孔板的数据，多板数据合并分析的话不行，就写了一下程序。

首先声明，水平有限，欢迎指正与改进。

原始数据格式如下：

数据直接来源于仪器生成的文件。

需含Sample name,Sample type,GOI,Reference gene,Ct GOI,Ct Ref. gene等6列。GOI即gene of interest，即目标基因

注意Ct Ref. gene这里是Ct空格Ref点空格gene，到了R里面会自动识别成Ct.Ref..gene，其余同理。

Sample name列中，命名格式为材料（如NIL-A或NIL-B）-处理时间（0/8/16h）-生物重复序号（1/2/3），如A82即表示NIL-A的8小时取样的三分材料中的第二份。

各列名直接继承自软件，为了方便就没有更改，大家若有需要可以直接在代码中更改，以适配自己的数据列名。

> sample_groups

[1] "Calibrator" "A0"         "B0"         "A8"         "B8"         "A16"        "B16"   

即将样品划分为了以上7种，根据自己需要调节

出图如下：

很不幸，没有啥大差别，而且重复性很不好。图和仪器软件出的图一样。

如果样品重复性好的话，就可以合并生物重复，比较处理之间有没有差异了

注意：以上程序仅适用于一个内参和一个目标基因的情况。因为我也就只是做了一个目标基因，那么如果有多个目标基因怎么办呢？

我的思路是先每个目标基因都筛选原数据集使得只剩单一目标基因与内参基因，然后经过上述过程，获得ddCt_all，然后再新增一列基因名以作区分，或者其他的操作，反正ddCt已经算出来了，剩下绘图的应该不难。

啊，我何时才能定位到基因啊。