「青莲聚焦」微量细胞蛋白质组学（从星系到星球）

        生命，从单细胞的草履虫到“万物之灵”的人类，都是由细胞组成的。拥有相同基因组的细胞，通过不同的基因表达，造就了不同类型的细胞。同时，每个细胞又在不同的时间、不同的位置，与其它细胞共同协作，从而构成了有机生命体。要了解生命活动的本质，就需要将研究的“分辨率”提高到“单细胞”的水平。现在大部分的组学，测的是某一块组织或者血液中成千上万细胞共同表达的结果，分辨率很低，而所有研究者都喜欢高分辨率的结果。

       在单细胞测序技术发展的短短10年时间，已经涌现出众多的技术。总体趋势正在从单个或者少量细胞的研究，向整个组织中所有细胞类型的研究发展。

        实验室每天可以产生大量的单细胞的转录组和基因组的数据，但是高通量的单细胞蛋白质组还是不能实现。单细胞蛋白质组学一直是蛋白质组学人的一个梦想。

        单细胞的蛋白质定性可以追溯到20年前，Pacific Northwest National Laboratory 用质谱的技术从单个红细胞中鉴定到了血红蛋白，这是单细胞蛋白质组定性的开始，单细胞蛋白质组学的技术手段有很多如：荧光标记，亲和检测、流式细胞、液质联用等；

        2018年成立的Erisyon，通过单肽段分子标记荧光并进行埃德曼降解进行序列的定性，通过荧光信号进行定量，此技术需要极少的样本量，但是现在稳定性受限，但是未来可期，可以实现单细胞蛋白质组学定性定量(Marx 2019)。

       当然通过抗体方式的IsoPlexis公司，可以靶向检测单细胞的分泌蛋白以及胞内蛋白，以及10x genomics 公司的免疫组库可以靶向检测单个细胞的表面抗原；

        基于亲和检测的蛋白质组学具有靶向性，主要利用抗体结合或者配体结合进行定性和定量。只能检测固定目标蛋白的特定序列区域，因此无法发现全新的蛋白或者肽段标志物。 

       质谱作为研究蛋白质组学的一种常规方式，也是现阶段研究蛋白质组学最普遍的方式，与免疫方式相比较有众多优点：其灵敏度高、特异性高、通量高、可分析蛋白及其PTM、相互作用等；

       基于质谱的单细胞蛋白质组学主要有两个方向，依赖标记试剂的标记定量蛋白质组学，主要以TMT试剂标记为主，现有标记试剂可以扩展到18个标签，标记定量优点是可以进行高通量的单细胞分析(Singh 2021)。

        另外不依赖标记试剂的DIA（data-independent acquisition）定量蛋白质组学也是单细胞蛋白质组学的开发方向，无标定量记优点是样本前处理的步骤简化，可以更好的将自动化和质谱结合，减少处理过程中的损失(Gebreyesus et al. 2022)。

        青莲百奥深耕蛋白质组学多年，在单细胞蛋白质学样本前处理，质谱条件优化，经验丰富，提供一站式解决方案；

         从组织到细胞，只需提供原始样本，从细胞悬液到单细胞，从单细胞到数据解析。

送样本标准

Gebreyesus, Sofani Tafesse et al. 2022. “Streamlined Single-Cell Proteomics by an Integrated Microfluidic Chip and Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry.” Nature Communications 13(1).Marx, Vivien. 2019. “A Dream of Single-Cell Proteomics.” Nature Methods 16(9): 809–12.

Singh, Arunima. 2021. “Towards Resolving Proteomes in Single Cells.” Nature Methods 18(8): 856.