【20230709】Bonsai分析瞳孔尺寸
这块内容首次发在网页端,随缘改进,暂不排版。
特别鸣谢:


以下是正文:
软件版本:Bonsai 2.7.2
下载地址:https://wwxr.lanzoum.com/b04e7vugd 密码:i8ke
更多内容详见官网:http://bonsai-rx.org/
安装并运行Bonsai,选择已经设置好的Workflow《pupil size.bonsai》。


首次运行软件时需安装指定功能包。


模块概述

序号
0:运行流程
1:导入视频
2:裁剪画面(可选)
3:BGR色彩模式转黑白模式(可选)
4:黑白转回BGR(可选)
5:BGR转HSV
6:设置HSV阈值范围
7:查找符合阈值范围的区域
8:分析这些区域的大小
9:选取其中最大的一个区域(应为孔径)
10:逐帧分析该区域的最长径和最短径
11:导出孔径数据。
模块1、11:
选择模块1导入需要分析的视频;选择模块11预设结果导出路径。


模块1:
运行流程前双击模块1可导入视频,运行后双击可播放视频,播放完毕流程会自动停止。
为了能有充分的时间设置参数,默认开启loop功能,设置完参数后建议关闭loop。


模块2、3、4:
默认不启用,视情况手动选择是否开启。

模块2:
用于在固定位置剪裁视频。
在运行状态下双击模块2,按图示选取要截取的区域。四个数字分别代表:(红色截取区域与窗口左边界的距离、与上边界的距离、区域长、区域宽)。


模块3、4:
个别视频拍到的瞳孔边界不够清晰,可通过模块3将原视频画面从BGR色彩模式转为Gray模式,再通过模块4令Gray模式重新转为BGR模式,此时瞳孔边界也许能清晰一些。
但这种方法不一定有用,且会造成画面色彩丢失降低分析效果。拍摄清晰的原始视频对后期的数据分析非常重要。

模块5:
用于将画面从BGR色彩模式转为HSV模式,可以查看视频画面的HSV色值(图中省略了模块2、3、4,不影响运行)。

模块6:
用于设置瞳孔所在区域的HSV数值范围,不同视频的HSV阈值不同,此处仅为举例。
由于该值会影响最终结果,且数值的确定受分析者的主观影响较大,建议记下每个视频分析使用的HSV阈值范围。

模块7、8、9、10:
这四个模块无需额外操作,功能参考3.流程概述。确认捕捉到良好的瞳孔画面后重启流程,运行结束即可在模块11的预设目录查看孔径数据。
若没开loop,软件会在后台播放完一轮视频便自动停止,并生成该轮视频中孔径变化数据的csv文件;若打开loop,则需手动停止,并生成与实际循环播放时间相同的孔径变化数据。

最终获得的数据参考:
第一列为LargestBinaryRegion视频中蓝色线条(MajorAxisLength)的长度,单位为像素(pixel);
第二列为LargestBinaryRegion视频中红色线条(MinorAxisLength)的长度,单位为像素(pixel);
行数为FileCapture视频中画面的帧数(Frame)。
