使用GEO数据库进行简单查询
尔云间 一个专门做科研的团队

初识GEO数据库,日常工作避免不了需要查询一些数据,下面就是对GEO数据库简单使用的介绍
01登录GEO数据
网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds

02在红色框住的搜索框中输入需要查询的疾病名称,这里我们以
妊娠期糖尿病为例:gestational diabetes and GEO,搜索
得到的结果如下:

03筛选所需要的结果,如果想查询人的结果,可以点击
TOP Organisms下的Homo sapiens

此时就会出现在人种中所有与妊娠期糖尿病的查询结果,并且会显示有多少个结果,可以根据自己的需求选择不同条目去查询自己想要的信息,这里我们点击红色方框圈住的条目查看。

04点击红色方框后,就进入我们想要查询的相关疾病具体的GEO
数据界面,如下图:

GSE141065:表示我们查询的GEO数据集的编号
Organism:该数据集的研究的物种是人
Experiment type:表示该数据集产生的是甲基化的数据
Overall design:说明该项研究的实验设计思路
Platforms:表示该数据集产生的平台是GPL21145
Samples:代表该数据集中的样本数目
当然也可以点击蓝色的Analyze with GEO2按钮,该按钮是在线数据分析工具,同时也具有统计样本数目的功能。

05利用自定义分组对样本进行统计,自定义C和T组,然后点击
对应的样本,这样就完成了样本数目统计,可以看到自定义的
C组样本数目还为99个。

关于GEO数据库的高级使用还有好多,以上只是简单基础的工作,如何利用好GEO数据库还需要我们不断加强地学习。
推荐阅读
关注小果,小果将会持续为你带来更多生信干货哦。

“生信果”,生信入门、R语言、生信图解读与绘制、软件操作、代码复现、生信硬核知识技能、服务器、生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化等原创内容,一起见证小白和大佬的成长。