RNA甲基化做实验太难？来做生信呀！m7G非肿瘤诊断模型构建+二次聚类分型分析=7分+，性

提到 “RNA甲基化”，小伙伴们的第一反应估计是“m6A甲基化”

下一步反应大概率是：感觉它很难！

再下一步，直接望而却步了···

确实，作为机制实验，它的确不简单，实验操作比较复杂（有些还需要做测序），新兴的机制实验嘛，风险比较高也比较烧钱

但千万不要被它吓退啦，“RNA甲基化”也不止实验一条路可走嘛！转过头来做生信也不错哦，它可是个做生信的好苗子～～

比如“RNA甲基化”的当家花旦m6A，小云之前推荐过很多m6A相关生信思路，性价比都很高！（ps：感兴趣的小伙伴可以去小云公众号主页搜索看看哦！）

除了m6A，还有后面涌出的m5C、m7G···这次就分享一个m7G的生信思路，m7G非肿瘤诊断模型构建+二次聚类分型分析，数据量满满，名副其实的7分+！并且这7分+的生信可比7分的实验简单多了，还很容易复现哦，有兴趣的朋友抓紧上车啦！！ 

l 题目：心力衰竭患者m7G调节因子介导的RNA甲基化修饰模式及相关免疫微环境调节特征的鉴定

l 杂志：Clin Epigenetics

l 影响因子：IF=7.259

l 发表时间：2023年2月

研究背景

心力衰竭（HF）是一种复杂的临床综合征，是各种心血管疾病的终末期，尽管目前在药物治疗和介入治疗方面取得了进展，心力衰竭患者的预后仍然很差。炎症激活和免疫浸润与心力衰竭的发病、进展和预后密切相关，因此研究心力衰竭发生发展中的免疫微环境改变和关键调控因子，可能为心力衰竭的准确诊断、早期干预和精确治疗提供新的方向。 m7G修饰在多种病理生理过程中调节RNA表达。然而，对其在心力衰竭(HF)中的作用和与免疫微环境的关系知之甚少。

数据来源

研究思路

29 个m7G RNA甲基化调控因子来自MsigDB数据库，基于六个公开可用的HF微阵列数据集评估m7G基因的差异表达。通过三种机器学习算法的交叉组合，建立一种基于五个m7G调节因子的诊断模型，进行模型评估和验证，分析m7G调节因子与免疫浸润的相关性。基于14个差异表达的m7G调节因子，进行共识聚类分析，分为2个亚型。分析两亚型间的差异基因，并基于DEGs进行二次聚类为2个基因亚型，WGCNA和PPI网络筛选hub基因。

主要结果

1. 基于m7G调节因子的诊断模型的开发和验证

在6个HF数据集中分析29个m7G调节因子在心力衰竭患者和非功能性心力衰竭患者心脏样本中差异表达，获得14个差异表达m7G基因（图1D, E）。应用了三种具有特征选择的机器学习算法（BSR分析、岭回归和RF算法）筛选出5个诊断基因（图1J），构建了一个逻辑回归模型和列线图（图1A, B）。ROC曲线评估诊断模型的准确性（图1C），在外部验证集（图1F）和临床样本中验证5个诊断基因的表达（图1G）。（ps：差异基因分析、火山图、模型构建、ROC曲线分析也可以用小云新开发的零代码生信分析小工具实现，云生信分析工具平台包含超多零代码分析和绘图小工具，上传数据一键出图，感兴趣的小伙伴欢迎来尝试哟，网址：http://www.biocloudservice.com/home.html）。 

图1 m7G诊断模型的开发和验证

2. m7G调节因子与心力衰竭免疫特征的相关性分析

采用ssGSEA方法分析心力衰竭患者和非功能性心力衰竭患者29项免疫特征(16种免疫细胞类型和13种免疫相关功能)的不同浸润程度（图2A, B）。并分析免疫浸润细胞与m7G调节因子之间的相关性（图2C）。

图2 免疫浸润分析

3. m7G分型分析和免疫浸润分析

基于14个差异表达的m7G调节因子进行无监督聚类分析，HF患者被准确地分成两个亚型（图3D, E）。使用ssGSEA算法比较了两亚型在浸润免疫细胞的丰度和免疫相关功能的活性方面的差异（图3B, C）。

图3 m7G分型分析和免疫浸润分析

4. m7G二次聚类分型和免疫浸润分析

两个m7G亚型间进行差异基因分析，获得243个m7G亚型相关DEGs，进行二次聚类，将心力衰竭患者分为两个基因亚组（图4C, D）。分析m7G调节因子在两个基因亚组中的差异表达（图4F）。使用ssGSEA算法比较了两基因亚组在浸润免疫细胞的丰度和免疫相关功能的活性方面的差异（图4G, H）。

图4 二次聚类分型和免疫浸润分析

5. m7G相关hub基因的鉴定及其与心功能的临床相关性分析

在两个基因亚组中进行WGCNA分析，鉴定与A基因亚组最相关的MEblue模块为关键模块（图5E），使用MEblue模块中的158个基因构建PPI网络，利用cytoHubba筛选了10个hub基因（图5G）。应用Pearson相关分析GSE46224 数据集15例HF患者中10个hub基因的表达与左室射血分数(LVEF)的相关性（图5A-E）。

图5 m7G相关hub基因的鉴定及其与心功能的临床相关性分析

这篇文章利用m7G调节因子构建非肿瘤诊断模型，并进行两次聚类分型分析，这个思路在非肿瘤疾病中的创新性还是很高的，再加上简单的临床样本表达验证，发到7分+妥妥的！m7G方向的生信文章并不多，尤其是在非肿瘤疾病中，发文空间还是相当大的，再加上思路创新和干湿结合，直接预订高分文章！小云已准备好m7G基因集，用上这个思路，换个疾病或肿瘤就能直接复现啦！