铁死亡非编码RNA数据库新鲜出炉!借此东风能否迎来生信分析第二春?解决临床问题才是

除了FerrDb还有第二个铁死亡数据库?
铁死亡非编码RNA的数据库ncFO能做什么?
新数据库的出现能否让研究铁死亡非编码RNA的热情再度高涨?

要说铁死亡的火爆程度,大家都是有目共睹的,包括文章的发表数量和国自然中标数量都是不断上涨。并且预测新晋的铜死亡可能会追随铁死亡的步伐向前迈进!
研究的人多了就会出现数据库,小云之前跟你们分享过铁死亡数据库(FerrDb)的操作方法。
没想到在铁死亡的热度稍稍消退的时候,又出现了第二个铁死亡数据库,即铁死亡非编码RNA(ncRNA)的数据库--ncFO。


数据库的页面风格属于小清新,符合小云的少女心,个人是比较喜欢的
小云简单操作了一下,主要有搜索板块,可以搜索铁死亡相关ncRNA:


还有预测板块,可以预测与铁死亡相关的ncRNA,还能在线对ncRNA进行表达水平、生存曲线、疾病分期、与靶基因相关性的分析:



可以输入铁死亡相关基因,基于共表达分析预测ncRNA:


还可以在submit中向ncFO数据库提交新发现的铁死亡相关的ncRNA。在“download”中,可以下载所有实验验证和预测的与铁死亡相关的ncRNA数据。

那么随着这个铁死亡非编码RNA数据库的出现,能否迎来铁死亡相关lncRNA生信分析的第二春呢?
小云觉的不管出现什么数据库,创新性才是生信分析的关键,而用生信解决临床问题才是buff加持!

发表时间:2022年2月
发表杂志:Frontiers in cell and developmental biology
影响因子:IF=6.081
文章题目:接受根治性放疗的前列腺癌患者的铁死亡相关基因预后指数与生化复发(BCR)和辐射抵抗相关

数据信息

研究思路
构建一种铁死亡相关基因预后指数(FGPI)来预测接受根治性放疗(RRT)的前列腺癌患者的生化复发(BCR)和辐射抵抗。功能富集分析、免疫检查点和m6A分析,预测调控铁死亡相关基因的非编码RNA。并对前列腺癌的肿瘤免疫微环境(TME)进行了分析。结果发现FGPI可用于预测前列腺癌患者的BCR和辐射抵抗。CD96和PD-L2可能是药物作用的靶点。
主要研究结果

总结
看完的整篇文章是不是觉得铁死亡基因的风险评分很常见?但就是因为选择了与疾病放疗抵抗和生化复发作为分析重点,再利用丰富的数据集进行分析,使整个分析更有针对性和临床价值。
如果你也想做另辟蹊径、独树一帜的生信分析思路,快来咨询小云吧!就算常规的分析方向,只要紧密联系临床问题,就能助力生信文章的发表!
