因病临时停飞超过30天或90天后应重新鉴定后才能飞

航空人员在体检合格证有效期内，因病情需要临时停飞，如果暂停飞行连续超过30天或90天的，拟重新恢复飞行的，需要重新进行体检鉴定后才能飞行。

根据民航局飞标司管理程序《空勤人员和空中交通管制员体检鉴定（AP-67FS-002）》的规定“3.3 暂停履行职责后的体检鉴定”，航空人员因疾病、外伤或手术连续中断履行职责超过30日而不足90日的，应申请单科鉴定，单科体检医师根据病情签署单科结论，主检医师审核单科结论并签署意见。申请人所在单位接收到书面单科鉴定结论和主检结论后方可恢复申请人职责。

航空人员因疾病、外伤或手术连续中断履行职责超过90日的，在恢复职责前应接受全面的体检鉴定并申请体检合格证，获得体检合格证后方能恢复履行职责。

因此，虽然在合格证有效期内，航空人员因病停飞连续超过30日的需申请单科鉴定后才能飞行，因病停飞连续超过90日的需重新接受全面的体检鉴定并申请体检合格证。