Linux 001

一、w

查看用户登录情况

二、top

查看谁在执行什么命令

三、查看一个文件夹的内容

1、进入到文件夹后ll

2、ll [dir]/*

3、创建十个文件夹：mkdir folder{1..10}

四、cd ~

回到自己的地盘

五、wget

下载网络数据，很牛逼

[使用wget批量下载geo数据集的全部文件 - 知乎 (zhihu.com)]

mkdir ~/scRNA/atac 

cd ~/scRNA/atac 

awk '{print $1}' list.txt  |while read id;do (nohup wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE129nnn/GSE129785/suppl/$id & );done

六、cat more less head tail

查看文件

七、awk sed grep

linux三剑客，三驾马车

八、tr

转换，text replace

echo $PATH | tr ':' '\n'

九、安装软件

mkdir -p ~/biosoft/bowtie2

cd ~/biosoft/bowtie2

wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.5.1/

然后解压，make，make install

十、调用函数

1、赋值$：bowtie2=/share/home/Olive/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64/bowtie2

2、别名alias：alias bowtie2='/share/home/Olive/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64/bowtie2'，然后bowtie2，这个不用$

3、环境变量export：export PATH="$PATH:/share/home/Olive/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64“

4、永久修改

务必理解：出了任何问题就vim ~/.bashrc，然后修改

echo 'export PATH="/share/home/Olive/biosoft/tree/tree-2.1.0/bin:$PATH" ' >> ~/.bashrc 

source ~/.bashrc

echo 'export PATH="$PATH:/share/home/Olive/biosoft/tree/tree-2.1.0"' >>~/.bashrc