ggplot2绘制火山图

今天通过ggplot2来绘制火山图，并且添加基因标签，代码如下：

1、 下载所需要的R包

install.packages(“ggplot2”)install.packages(“tidyverse”)install.packages(“ggrepel”)install.packages(“cowplot”)

2、导入需要的R包

library（ggplot2）library(tidyverse)library(ggrepel)library(cowplot)

3、示例数据

4、代码展示

#读取数据df <- read.csv("easy_input_limma.csv", header = T) #判断基因上调还是下调df$group<-case_when(df$log2FC< -1 & df$PValue <0.05 ~"Down",                    df$log2FC > 1 & df$PValue <0.05 ~"Up",                    df$PValue >= 0.05 ~"no_signf",                    abs(df$log2FC)<= 1 ~"no_signf")#确定上下调基因因子顺序df$group<-factor(df$group,levels=c("Up","Down","no_signf"))#画基因标签的候选基因筛选df1<-filter(df,log2FC>9)#ggplot2开始绘图ggplot(data=df,aes(x=log2FC,y=-log10(PValue)))+geom_point(aes(color=group),           size=4)+#画水平线geom_hline(yintercept = -log10(0.05),           linetype="dashed",           color="grey30")+#画垂直线geom_vline(xintercept = c(-1,1),           linetype="dashed",           color="grey30")+#添加基因标签geom_text_repel(data=df1,                aes(x= log2FC,y= -log10(PValue),label= gene_id))+scale_color_manual(values = c("#FF9999","#99CC00","grey80"))+theme_half_open()

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