BSP—甲基化检测“金标准”
一、甲基化简介
DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一,真核生物中甲基化仅发生于胞嘧啶,即在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下,CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变为5’-甲基胞嘧啶。
大量研究表明,DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。DNA甲基化通常抑制基因表达,去甲基化则诱导了基因重新活化和表达,这种DNA修饰方式在不改变基因序列的前提下实现对基因表达的调控。
二、BSP实验原理
亚硫酸氢盐处理后测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP)是检测基因甲基化的经典方法,其原理为:用亚硫酸氢钠修饰处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶(C)被转化为尿嘧啶(U)而甲基化的胞嘧啶则不变。
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变;随后在CpG岛两端设计引物进行PCR扩增,将目的产物纯化后进行TA克隆,每个克隆挑取阳性克隆测序,最后将测得的序列与原始序列比对,统计甲基化位点及数量,并分析甲基化程度。

三、BSP结果与分析
点状图
展示甲基化的经典方法,白色空心点表示未发生甲基化的CG位点,黑色实心点表示发生甲基化的CG位点。

柱状图
目的基因待测片段的综合甲基化水平,即黑色实心点数/(黑色实心点数+白色空心点数),以甲基化比例为数据源,制作柱状图。


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