莫卧儿帝国（第二期）
东察合台汗国
（一）东察合台汗国是14~17世纪由蒙古察合台后代在天山南北建立的中国新疆地方政权，又称亦力把里（并非“别失八里”）。1347年为蒙古都格拉特部贵族拥戴察合台汗后代所建，初以阿克苏为治，不久迁阿力麻里（今霍城县），后又以牙儿坎（今莎车）、吐鲁番诸地为统治中心。察合台汗国后期其政治中心从草原地带移至中亚地区繁华的城镇乡村，但仍有一部分坚持游牧传统的蒙古部落依然活动在伊犁等草原地带。察合台汗国分裂后东部地区最具实力的是蒙古都格拉特部，该部首领早先因功而被授予所谓“曼尕赖·苏雅”（意为“向阳地”）地区。曼尕赖·苏雅地区东境是库车和轮台，西与费尔干纳盆地接壤，北面是伊塞克湖，南部则同塔里木盆地南缘的且末诸地相连，下属的城镇主要有哈什哈儿（喀什噶尔）、鸭儿看（莎车）、于阗、阿克苏、库车以及中亚的安集延等地。在汗国即将分裂前夕为了维护本家族在汗国东部的既得利益，都格拉特部异密就派人四处奔忙，寻觅合适的察合台汗后裔以防突变。1345年他们终于在草原地带找到一位名叫秃黑鲁帖木儿的察合台汗后代，并将他带回该部当时的治府——阿克苏。两年后察合台汗国灭亡，诸侯割据，不相统属，中亚各地处在极度动荡之中。都格拉特部立即拥立秃黑鲁帖木儿为汗，东察合台汗国由此创立。东察合台汗国的建立不仅使天山南北地区免于政治动乱，而且由于都格拉特部异密遵从蒙古传统，扶立黄金家族后代为汗，进而博得广大蒙古诸部的拥戴，迅速使该汗国填补察合台汗国覆灭后的权力真空。
（二）秃黑鲁帖木儿在巩固内部统治后积极扩充实力，力图征服河中地区，实现重建察合台汗国的梦想。为此他除了强迫下属交纳地租赋税以增强军事实力外还在中亚地区东来传教的沙黑·扎马鲁丁及其子额什丁毛拉的劝解感召下亲率16万部属皈依伊斯兰教，军事实力的增强和宗教信仰的一体化进一步加强汗国的整体实力。于是从1360年至1361年秃黑鲁帖木儿带兵两次西征，其结果不仅占据中亚大城——撒马尔罕，而且使阿富汗、兴都库什山等广大地区都归其所属。《拉失德史》中称河中地区都被收入其版图，那里所有的王公贵族都效忠于他。征服河中诸城后秃黑鲁帖木儿汗委派长子也里牙思·火者驻守撒马尔罕城，监理当地事务，他本人则仍东回到首府——阿力麻里，不久病逝于此地。秃黑鲁帖木儿汗在位时期是东察合台汗国最为强盛的阶段，他终于实现统一察合台汗国的愿望，并且建立一个东连哈密、西至撒马尔罕、北抵瓦剌、南接于阗的容纳众多民族部落的庞大汗国。秃黑鲁帖木儿汗创立的东察合台汗国是以成吉思汗“黄金家族”后代为王统、蒙古诸部落为主体并联合西域其他各族组成的松散的政治联合体，其内部经济形态不一，部落组成复杂，各种社会矛盾交织在一起。其中王室与都格拉特部异密间的矛盾尤其显著，秃黑鲁帖木儿汗在任后期为限制该部异密在汗国中的权势，未将历来都由该部担任的汗国权力甚重的军政首领一职交给继任的异密怯马鲁丁，从而激起怯马鲁丁的不满。 （三）秃黑鲁帖木儿死后异密怯马鲁丁举兵叛乱，杀死王室成员十八人，汗权因此旁落在都格拉特部异密控制下。内部局势的动荡导致外部强邻的觊觎，在中亚地区活动的蒙古巴鲁剌斯家族成员帖木儿趁机纠集其旧部起事，以反抗察合台汗后裔对中亚地区的统治。帖木儿率兵不仅打败也里牙思·火者，占领撒马尔罕城等中亚各地，并且发兵向东部地区发动六次东征行动，河中诸地的丢失和汗国政局的动荡削弱怯马鲁丁的军事实力。1389年异密怯马鲁丁最终为帖木儿所打败，其本人也在战斗中失踪。同年秃黑鲁帖木儿汗幼子、逃脱异密怯马鲁丁劫杀的黑的儿火者在草原上为部属拥立为汗，汗国的控制权重新回到察合台汗后裔手中。1391年黑的儿火者汗即位后不久就派遣使臣千户哈马力丁等至明朝贡马和方物，从而开启与中央政府交往联系先河。但是因为受到西部帖木儿王朝的军事压力，黑的儿火者汗同帖木儿的政治关系比较密切，他不仅将其女儿嫁给帖木儿为妻，还为帖木儿的东征活动准备粮饷。此间伴随着伊斯兰教在汗国内部的进一步传播，黑的儿火者用军事手段强力传播伊斯兰教，他以“圣战”的名义向东部吐鲁番一带扩张势力范围的同时也将伊斯兰教传到这一带地区。吐鲁番地区当时被称为“达尔·伊斯兰”，意为“伊斯兰教统治地区”。15世纪初黑的儿火者本人死于对这一带地区的“圣战”中，1414年明朝出使西域的使者陈诚路经吐鲁番地区，还见到他的陵墓。
（四）黑的儿火者死后其子沙米查干嗣汗位，在任期间励精图治，北与瓦剌作战，还试图西征撒马尔罕，以恢复先世失地，同时强化与明朝的联系。1408年沙米查干卒，弟马哈麻继立为汗，明朝派使者以玺书、文绮衣数袭相赐表示祝贺。马哈麻在位期间继续在蒙古各部落中推进伊斯兰教传播，所辖地域有所扩大。境内较大的城镇主要有火州、鲁克沁、吐鲁番、哈实哈儿、阿力麻里等，马哈麻一度把汗帐从阿力麻里迁到裕勒都斯草原的忒勒哈纳（今新源县）。马哈麻死于1416年，其侄纳黑失只罕受明朝册封为汗。纳黑失只罕在位仅两年就被其表弟歪思所杀，之后汗国政局动荡，马哈麻孙子歪思同叔父失儿马黑麻之间为争夺汗位而征战不休。1420年失儿马黑麻卒，歪思获胜，登上汗王宝座。其在位期间多次率兵西进，曾攻入帖木儿帝国属地，又还打着伊斯兰教“圣战”的旗号北与瓦剌作战。又于1422年前后发兵东征，驱逐吐鲁番地区酋长尹吉儿察，再度将该地区置于自己的统辖之下。为了提高汗室权威，他竭力削弱都格拉特部异密的权力，并迫使侍奉六位蒙古汗的异密忽歹达逃往河中地区，使该部实力受到很大削弱。1428年前后歪思在伊塞克湖畔同帖木儿帝国作战时中箭身亡，歪思汗死后统一的东察合台汗国分裂为东、西两部分。歪思汗遗下两子——长子羽奴思和幼子也先不花，两人其身后都拥有一批蒙古异密显贵支持者。在这场权力角逐中也先不花得到大多数贵族的支持，尤其是得到都格拉特部异密的拥戴，羽奴思被迫带领部属投奔帖木儿帝国。 （五）1434年也先不花登上汗位，也先不花即位后发兵南征，从帖木儿帝国手中收复哈实哈儿，交给都格拉特部异密管辖，以报答他们拥立之功。此外他在位期间还比较稳妥地处理同草原上的月即别人的关系，并将首府移迁至农牧兼宜的阿克苏地区。在统一汗国内政之后也先不花又发兵数次西征，给帖木儿帝国多次打击。为了遏制东察合台汗国势力的西进，时在撒马尔罕城的帖木儿曾孙米儿咱·速檀·卜赛因将此时正在中亚地区流浪的羽奴思找了回来，在取得羽奴思永世效忠的承诺后配以精兵武器，派其东征以牵制也先不花。羽奴思率领雇佣军进入东察合台汗国后最初获得一些进展，但是在攻打哈实哈儿城时遭到惨败，狼狈逃回帖木儿帝国。1456年米儿咱·速檀·卜赛因将其安置在安集延附近一个名叫哲得干的城镇驻守，伺机东征。也先不花卒于1462年，其子笃思忒马黑麻嗣父汗位。笃思忒马黑麻昏庸无能，又待下属苛刻，1469年左右病死于阿克苏，境内即刻动荡不定。羽奴思乘机再次发动东征，攻占阿克苏，继而又占领吐鲁番地区。同年羽奴思遣使前往明朝进贡，羽奴思汗曾长期居住生活在农业和商业比较发达的中亚诸地，受过系统的伊斯兰教文化教育，因此喜欢城镇和定居生活。取代也先不花汗成为东察合台汗国的汗王后依蒙古习俗，他将汗帐设在草原地带。但是为了满足个人的生活享受，使流徙不定的蒙古人成为真正的穆斯林，羽奴思汗极想把汗帐迁到阿克苏等地。
（六）然而其主张遭到汗国内部固守蒙古游牧传统的贵族异密的强烈抵制与反对，其下属曾于阿克苏和塔失干城两次起兵叛变，抵抗迁居农业地区，羽努思汗不得不让步。然而这场内部斗争并没有因此而停止，哈实哈儿城等地归属都格拉特部异密阿巴巴吉儿，后者筑城自保，不听从羽奴思汗管辖，俨然独立于汗国之外，所以羽奴思汗时期的汗国内部并不稳固。1478年帖木儿王朝内讧，羽奴思汗乘机率部众西征，企图拓展势力范围，中途一部分贵族和异密以不愿到农业区和城镇生活为名挟持羽奴思汗幼子速檀阿黑麻返回到草原地区。羽奴思汗西征获得成功，塔失干（即塔什干）、赛兰等地皆归其属下。他本人则以塔失干为府治，自此再无东归。1487年羽努思汗病亡于塔失干城，伴随西征的长子速檀马哈木继承汗位，但实际控制范围仅限于塔失干附近地区，包括蒙兀儿斯坦草原地带在内的原汗国东部地区都为速檀阿黑麻所属，辖内有吐鲁番、察力失（今焉耆）、库车、阿克苏等城，东察合台汗国分为东、西两部分。15世纪东察合台汗国分裂的主要因素是社会经济形态的分歧，随着政治局势的变化，这种东、西分裂的局面不断加剧。占据汗国东部地区的速檀阿黑麻汗坚守蒙古“札撒”，保持浓厚的草原游牧生活习俗。占据塔失干附近地区的速檀马哈木继承其父衣钵，热衷于繁华的城镇定居生活。相比之下汗国西部政权由于同帖木儿帝国的关系错综复杂，没有巩固的社会基础，局势一直处在极度动荡之中。先是速檀马哈木为了对付帖木儿王朝的进犯同草原地区的月即别首领沙亦即汗联盟，月即别人则在驱逐帖木儿后裔进犯并占据撒马尔罕城后随着实力的增强而野心膨胀，反过来围攻塔失干城，妄图反噬速檀马哈木政权。 （七）1501-1502年驻扎在吐鲁番的速檀马黑麻获知其兄被围攻的讯息后便将政事交给长子满速儿监理，在幼子萨亦德的陪伴下带领部众前往支援。虽然塔失干城之围解除，但兄弟两人的联军则在中亚地区一个名叫阿黑昔的地方落入月即别军队的重围中，最终全军覆灭，两兄弟皆成为沙亦即汗的阶下囚。沙亦即汗念及故情而释放速檀马哈木兄弟，并允其东还，东察合台汗国西部政权因此瓦解。次年速檀马黑麻汗病死于阿克苏城，而速檀马哈木回到阿克苏后由于同几个侄子关系不睦，愤而西奔投靠月即别人，1508年被沙亦即汗杀死于阿姆河畔。塔失干城的丢失与速檀阿黑麻汗的过世使满速儿继承汗位，并且成为整个汗国的大汗。但是因为内乱不止，又有外部哈实哈儿都格拉特部异密的围攻，致使汗国政局不稳。满速儿在阿克苏登基，但迫于异密阿巴巴吉儿的凌厉攻势，最后被迫放弃该城，向东撤至吐鲁番一带固守，此时东察合台汗国衰败之迹昭然可见。就在这时早先跟随速檀马黑麻前往塔失干城的萨亦德经过若干年经营逐渐发展成为中亚地区一支不容忽视的政治势力，萨亦德在阿黑昔战役中腿部受伤被俘，曾在月即别帐中充任一段时期幕僚，后来在一次战斗中乘机逃出来，投奔此时驻扎在哲得干的伯父速檀马哈木麾下。不久他又逃出来投靠草原上的吉利吉斯人，在那里培植势力，组建一支军队。但不久就被速檀满速儿的远征军打散，萨亦德先是逃到费尔干纳投靠月即别人，后又仅带领随从抵达今天阿富汗的喀布尔，投奔同属于蒙古王族后裔的巴布尔汗。在此萨亦德受到热情款待，并被安置在安集延一带驻守。
（八）经过数次战斗后萨亦德终于在自己周围聚集一批亲信，并通过击败来自异密阿巴巴吉儿的进攻，收服数千名俘虏而组成一支自己的武装力量。不久巴布尔汗军队被月即别人打败，河中地区成为月即别人的天下。1514年春月即别人发兵进攻安集延。面对中亚局势的突变，萨亦德为了保持实力而避免同月即别人正面作战，在月即别人进入安集延之前带领部属进行战略大转移。向东行，辗转数地，撤人哈实哈儿境内。当时统治这一带地区的是都格拉特部异密阿巴巴吉儿，因为阿巴巴吉儿数十年在天山南部各地的残暴统治导致内部矛盾重重，局势极度不稳。萨亦德率领4000余众，采取各个击破的战略方针先取英吉沙，哈实哈儿守军闻讯后弃城逃跑。驻守在叶尔羌的异密阿巴巴吉儿及其长子见大势已去后仓皇逃亡于阗，后在拉达克被追兵捕杀，这样天山南麓各城基本都处在萨亦德统辖之下。因为萨亦德将其首府定在叶尔羌，后人称其建立的政权为“叶尔羌汗国”，事实上该政权是东察合台汗国歪思汗后分裂为东、西两部分的继续。叶尔羌汗国的建立对以吐鲁番为统治中心的满速儿汗政权构成极大威胁，但是萨亦德汗在完成对天山南部诸地的政治统一后再不向东部拓展势力范围，并且主动派使臣与满速儿汗联络，图谋双方友好相处。满速儿汗为了维护自己摇摇欲坠的统治，不得不默许其弟对天山南部各城的统治。1516年兄弟两人在阿克苏和库车之间的一个名叫阿尔巴特的地方举行会晤，萨亦德汗在会谈中表示在虎图拜（伊斯兰教祈祷仪式）中朗诵满速儿名字，并以其名字铸钱（伊斯兰教习惯法中表示崇拜最高统治者），以表示臣服。而满速儿汗则不追究萨亦德汗以往活动，承认现状。 （九）16世纪中叶满速儿、萨亦德兄弟的会晤事实上是汗国分裂的继续，表面上的统一不过为双方下一步的争夺势力范围提供缓冲时间，因此阿尔巴特会晤结束后兄弟俩随即分别率领人马对周邻地区进行征伐，以拓展各自的势力范围。与他们以往发动的诸多征战不同的是此次两人都是打着伊斯兰“圣战”的旗帜，这反映伊斯兰教此时在蒙古王公中的深刻影响。满速儿汗由于西征无门就将征服的重点移向东部，与明朝争夺对于哈密地区的控制权。由于明朝衰落，嘉峪关以西皆被满速儿占据。速檀赛则于1522年占据北部的草原地带，留长子阿不都·拉失德驻镇那里。1524年至1525年间乘河中的月即别首领去世导致内部动荡之机率军西征，克讹迹邗、马都等城。1531年萨亦德以“圣战”名义向西南方向进行扩张战争，吞并克什米尔、拉达克等地，次年遣部将领兵攻打佛教圣地西藏的拉萨。1533年萨亦德汗病死于南征途中，其子阿不都·拉失德嗣位，满速儿闻讯后即刻发兵西征，企图乘机吞并其弟辖地，但以失败告终。1545年满速儿汗卒，长子沙袭立其位，自后汗国东西两地又陷入长时间的动荡中。在西部地区中阿不都·拉失德汗为了巩固个人的政治统治地位，上台之初便大肆捕杀宫中的老臣宿将，又竭力削弱都格拉特异密的权力，对外则联盟草原上的月即别—昔班部来对付哈萨克人，并数次将其击败。同时他还陆续出兵，向西征伐安集延，向东进攻吐鲁番地区，并且都取得一定战绩。经过一段时期的励精图治后西部地区在阿不都·拉失德汗的治理下社会稳定，经济文化有很大进步。
（十）1559年阿不都·拉失德汗去世，经过一场残酷的宫廷斗争后二子阿不都·哈林继承汗位。阿不都·哈林汗在位期间西部地区军事实力不断稳固发展，与此相反的是由于从政能力平庸导致属众不服，沙汗在东部地区的统治地位则日渐衰微。管理各地事务的家族成员不听调遣，各称雄长。1566年北征瓦剌时沙汗死于流矢，沙汗的叔伯弟速檀马速继立为汗，东部地区的这一变故引起西部阿不都·哈林的不满。速檀马速刚刚上台后阿不都·哈林的弟弟锁非速檀、马黑麻速檀等借口速檀马速的出身问题（非察合台后裔）于1570年出兵攻占吐鲁番地区，俘获速檀马速，扶立马黑麻速檀为吐鲁番地区的首领。同年马黑麻速檀等兄弟以吐鲁番王名义遣使北京朝贡，建立叶尔羌汗国与明朝的联系，这种局面的出现表明东察合台汗国东部地区自此为阿不都·哈林治下的叶尔羌汗国所统一。1591-1592年间阿不都·哈林汗去世，其弟马黑麻速檀继位。他在任期间将其弟阿都剌因派驻吐鲁番地区，又分其诸子孙镇守哈实哈儿、英吉沙尔、阿克苏等地，从而建立自己的家族统治。政令的统一有助于社会经济的发展，葡萄牙传教士鄂本笃记载当时的叶尔羌城“商贾如鲫，百货交汇”，一派繁荣景象。但是至1610年左右马黑麻速檀去世，其子阿黑麻速檀继承汗位后形势急剧发生逆转。由于阿黑麻速檀非汗长子，进而同蒙古传统的“长者为汗”的原则相背离，汗国政局开始动荡不定。阿黑麻速檀为了平息各地此起彼伏的叛乱而耗尽精力，汗国遭到严重削弱。在此期间东部的阿都剌因火中取栗并向西扩张，获取焉耆等地的实际控制权并公开称汗，同汗国对峙。 （十一）1618-1619年阿黑麻速檀在狩猎时被杀，经过一番宫廷争斗后阿黑麻速檀的次子阿不都·拉提甫被异密们拥立为汗。汗国政治危机日益严重，异密势力得到进一步增强，伊斯兰教和卓势力的兴起和发展深刻影响汗国的政局走向。阿不都·拉提甫在位12年后死去，1630~1631年间阿不都·拉提甫侄子、时任阿克苏总督的速檀阿黑麻继立为汗，然而很快就为其兄、哈实哈儿总督速檀·马合木取代，速檀·阿黑麻于战乱中逃到阿克苏。在西部地区政局动荡之际东部地区则在阿都拉因汗的治理下显得比较稳定，特别是他竭力维持与明朝间的政治经济往来联系，使其域内社会经济状况数十年保持平稳发展的趋势。阿都拉因汗在位40年，于1635年左右去世。长子阿布伦·木汉默德·阿济汗继位后利用雄厚的经济和军事实力率兵西征，攻占阿克苏城，而后又继续南下占领哈实哈儿、叶尔羌等城镇，再度统一汗国全境。随后阿布伦·木汉默德·阿济汗打败北部强敌瓦剌的进攻，同时向西部发兵远征并大获全胜，又摆脱长期受吉利吉斯人控制的局面。阿布伦·木汉默德·阿济汗在位期间继续其父与中央政府交好的原则，内地正值明清鼎革之时，1655年阿布伦·木汉默德·阿济汗直接向清朝遣使纳贡。清朝规定：“自此以后每五年一次来贡。”朝贡关系的确立对于之后西域政局的变化有重要的作用。这一时期伊斯兰教“和卓”势力的壮大和变化也是影响汗国局势的一个重要因素，和卓家族在汗国内部的勃兴始于阿不都·哈林汗时期，先是黑山派势力逐渐成为蒙古贵族依靠的主要精神力量。但是随着形势的发展，和卓由汗王的支持者变为政权的操纵者。
（十二）到了阿布伦·木汉默德·阿济汗统治时期白山派和卓势力兴起，白山派与黑山派作为先知穆罕默德“圣裔”的玛哈图木·阿杂木的后代，二者在宗教教义上并没有太大的分歧和差异，只是两个教派而已。白山派进人汗国之前黑山派和卓家族几乎控制着诸位察合台汗王，阿布伦·木汉默德·阿济汗统一汗国后白山派代表人物玛木特·玉素甫移居哈实哈儿城。他当时倚赖的政治靠山是太子、时任哈实哈儿城总督的尤勒巴斯，尤勒巴斯野心勃勃，在他的鼓励操纵下白山派势力发展很快，这就自然同黑山派发生利益冲突，两大宗教派别之争加剧汗国的政治危机。1667年尤勒巴斯外结准噶尔势力进攻哈实哈儿、叶尔羌等地，阿布伦·木汉默德·阿济汗兵败出逃国外，尤勒巴斯控制汗国大权。黑山派和卓不甘心失败，首领玛木特·阿不都拉率领信徒撤离叶儿羌城，聚居阿克苏，扶植阿布伦·木汉默德·阿济汗的弟弟伊斯马因汗。与此同时尤勒巴斯在白山派和卓的支持下在叶尔羌城登基，为了统一汗国，双方大动干戈。双方争斗过程中卫拉特（瓦剌）准噶尔部参与进来，致使问题更加复杂。由于尤勒巴斯汗得到势力强大的准噶尔部领袖僧格的支持，起初获得胜利。但是因为尤勒巴斯汗不愿彻底依附僧格，后被废黜，其子阿不都·拉提夫被扶立为汗。不久伊斯马因在僧格的政敌厄勒丹台什的支持下乘机向叶尔羌城发动进攻，至1670年相继攻占叶城、叶尔羌和哈实哈儿等地。 （十三）伊斯马因进入叶尔羌城后遂宣布为大汗，黑山派得势，白山派遭到残酷镇压。白山派和卓首领阿帕克和卓（玛木特·玉素甫之子）逃出哈实哈儿城，途经克什米尔进人西藏，见到五世达赖喇嘛，获得其同情和支持，中经引荐后取得实力雄厚的准噶尔部首领噶尔丹的支持。1680年在阿帕克和卓的引导下准噶尔人攻占乌什、阿克苏、哈实哈儿以及叶尔羌诸城，伊斯马因汗被俘，与其全家老小被解送到伊犁，由察合台后裔建立的东察合台汗国最终灭亡。东察合台汗国的疆域分三部分：亦力把里本部，东起北塔山，西到塔什干，北界额敏河至巴尔喀什湖一线，南包天山山脉；杜格拉特部领地，包括塔里木盆地周围、帕米尔高原及其以西费尔干地区；畏兀儿地，即吐鲁番盆地。东察合台汗国政体大体上继承察合台汗国的体制，忽里台议事会是蒙古部落王公大臣原始的议事机构，东察合台汗国继续沿用这一领导体制。参加议事会的主要是汗族成员、各地异密、中央政府官员以及后来的伊斯兰教上层人士等，议事会对汗国的重大事宜做出决定，如汗位的继承、领地的分封、军令政令的颁行、重要官员的任命等都由议事会决定。东察合台汗国不设“储君”或“太子”，汗位继承是长者为汗，即谁年长就立他为汗。拉失德汗去世后其次子阿卜都·哈林被宣布为汗，曾引起叶尔羌内部的汗位之争，最终以长者为汗的传统得以解决。阿卜都·哈林死后按照传统把汗位传给其兄弟中最年长的马黑麻，马黑麻汗后来违背传统，没有把汗位传给其弟，而是传给自己的儿子阿黑麻。虽然是由议事会宣布决定的，但终因“名不正、言不顺”招致诸王子孙的反叛。
（十四）叶尔羌汗国的分封制就是把汗国所辖的疆域、财产分封给自己的兄弟、儿子、孙子，汗室成员共同继承、共同享用，阿克苏、乌什、喀什噶尔、英吉沙尔、和田等都是重要的分封地。被分封领地的汗室成员称总督，他们在领地内拥有全权，汗国不得干涉。但总督没有世袭权，大汗可以随时变动调整。为加强对总督的控制监督，大汗派出师傅（即阿塔利克，多为异密，掌握兵权）对总督进行分权监督。由于阿塔利克和总督是师生关系，经常发生师生联合来共同对付中央的事件，因此叶尔羌汗国后来改为从中央派阿奇木到各地统揽军政大权。东察合台汗国时期在以天山北部草原地带为中心的畜牧业经济持续发展的同时南部诸地为主的农业种植业经济也有不同程度的发展，但在新疆经济史上（特别是农业的发展）东察合台汗国时期没有出现令人注目的经济成就和繁兴景象。此间原因很多，主要有以下两点：作为统治民族的蒙兀儿人本身生产力比较落后，社会经济发展水平低，特别是汗国初期蒙兀儿诸汗及诸部落首领、异密坚守传统的以游牧为主的生产生活方式导致天山北部社会经济与以前相比时甚至出现退耕还牧现象；这一时期政治上的不稳定和连绵不断的社会动乱也阻碍当地经济的正常发展，如16世纪满速儿汗时期汗国内部发生的都格拉特部异密札八儿叛乱以及米儿咱·阿巴·癿乞儿派兵对阿克苏、拜城和库车诸城的劫掠。海答儿书曰：“他们将居民赶出城外，劫走所有的牛羊家畜和财物，致使那里相当一段时期“昔日的城堡村庄只落得由鹰隼为王，而原野则成了黄羊的世界。”社会动乱对社会经济的摧残破坏由此可见。 （十五）东察合台汗国时期天山南北诸地虽然战乱频仍，社会时常处于动荡之中，但是其地手工业和商业却仍有一定程度的发展。手工业方面位居天山北部的别失八里亦力把里诸地出产铜铁、铅、白氍布矾砂诸物，土鲁番、火州等地则产有盐、砜砂、白毡布，天山南部鸭儿看、于阗、哈实哈儿的玉石更是闻名于世，手工业也很繁荣。东察合台汗国时期已经开始并且能够铸造钱币，这显然也是为了适应当时经济流通和商品交换的需要。东察合台汗国所辖地域范围皆位处丝绸之路中界，自古以来商胡贩客不绝于途，贸易交往十分繁荣。蒙兀儿人占据此地后（特别是后来大批蒙兀儿人定居）经营农业、手工业，遂与周邻各地的商业往来也频繁起来。据史籍记述：“天山南部的鸭儿看城商贾如鲫、百货交汇，屹然为是方著名商场。所有东往西来的商队咸至此休整编队，继续前往，商队首领亦俱为汗王以某人纳金数量多寡任命。”15世纪下半叶商业利欲使东察合台汗对位处“西北诸胡往来之衡要路”的哈密甚为关注，他们企图以占哈密为利价以规贡利。哈密卫的攻占使东察合台汗垄断当时的中西交通要道，他们倚此贡路来取商队重税，获利甚巨，以致于他们称此为“金路”。除了垄断贡路、获取重利外汗王们还常遣使臣商贾与周邻各地往来，直接进行商业贸易活动特别是东与中原内地的往来尤为密切。根据资料记载：“从黑的儿火者汗始迄汗国末叶的阿不都拉汗时期蒙兀儿人与明、清两朝的贸易往来一直没有中断，当时朝贡商队人数之多、交换商品种类之多以及数额之巨皆属罕见。”
（十六）东察合台汗国的军事组织的突出特点是兵民合一、平时放牧、战时出征，部族首领平时是行政首脑，战时是军事长官。东察合台汗国的军事官员主要有异密（阿拉伯语意义为首领、国王，东察合台汗国意为军事长官或将军）、别吉（突厥语意为大本营长官，是汗国的最高军事长官）、伯克（与异密相同，指直接掌握一定军队的游牧军事贵族或实力人物）等。察合台汗国时期对各种宗教实行兼容并蓄的政策，但到东察合台汗国时期就成了伊斯兰教一家独大，从而完成新疆伊斯兰化的进程，对新疆历史产生深远影响。秃黑鲁帖木儿即位前夕（也就是在他18岁的时候）在阿克苏地区狩猎途中偶遇因逃荒流落此地的布哈拉穆斯林，经过一番耐心教诲后秃黑鲁帖木儿完全为沙黑·札马鲁丁折服，他最后向这位伊斯兰传教士表示：一当登基掌握最高权力，一定邀请沙黑到他那里，他将皈依伊斯兰教。此后不久沙黑·札马鲁丁便于阿克苏告别人世，临终前将此事告诉他的儿子额什丁，叮嘱若这位蒙兀儿人作了大汗后一定不要忘记提醒他遵守诺言。后来秃黑鲁帖木儿荣登汗位，额什丁闻讯后便由阿克苏起身赴东察合台汗国首府阿力麻里（伊犁）去拜见秃黑鲁帖木儿汗。到那儿之后额什丁虽然竭尽全力，欲面觐汗王，然而都未能如愿。于是他每日清晨就在汗帐附近高声地呼喊，最后终于获允面见汗王。秃黑鲁帖木儿在得知沙黑·札马鲁丁的临终遗言后表示一定兑现自己的承诺，接着由大毛拉黑的马特主持汗的入教仪式。秃黑鲁帖木儿诵读真主祷词、行过割礼，成为一名穆斯林，随后在他的强制下其属下达官贵人以及民众16万人剪掉长发来皈依伊斯兰教。 （十七）秃黑鲁帖木儿汗及其部众虽然在14世纪初宣布改信伊斯兰教，然而其属众成为真正的虔诚穆斯林却经历一段相当长的时间，这里最重要的因素就是由于蒙兀儿人以游牧为主，常年过着流徙不定的生活，所以自然在开始时不能严守伊斯兰教教规并完成教规规定的功课。在促使广大蒙兀儿人伊斯兰化过程中蒙兀几诸汗王起着关键作用，继承秃黑鲁帖木儿汗后在任的所有蒙兀儿汗王大都是虔诚、狂热的伊斯兰教徒，诸如秃黑鲁帖木儿之子黑的儿火者称汗后不久便向东部异教徒地区发动“圣战”。《拉失德史》记载该汗曾经进攻契丹（中国），并亲自攻占契丹的两个边陲重镇哈剌和卓和土鲁番，强迫当地居民皈依伊斯兰教。因此这两个地方就被称为“达尔·阿勒·伊斯兰”，意思是指在那里建立穆斯林权力。居民信仰伊斯兰教，而不信仰伊斯兰教的居民在那里要服从穆斯林的统治，没有完全的自由。16世纪额什丁家族势力衰亡，来自中亚的伊斯兰教苏菲派教团——纳合西班迪教团在东察合台汗国兴起，受到汗王的崇敬，主导汗国的意识形态，乃至深度渗透政治领域，直至汗国为准噶尔所灭。东察合台汗国时期回鹘文作为一种官方书面语言只是流行于社会中、上层中，而且其使用范围也仅局限于天山北部伊斯兰文化最初还不甚发展的地区，例如至今尚未发现有关哈实哈儿、鸭儿看诸地区应用回鹘语言的文献记述和实物资料。后来随着蒙兀儿贵族的逐渐突厥化和伊斯兰文化的深入传播，回鹘文便渐趋为以阿拉伯字母为基础的察合台语言所替代。
（十八）除回鹘文外波斯语当时在东察合台汗国域内也较为流行，尤其反映在文学诗歌中，这种情况之形成与当时波斯文化比较发达有很大关系。官员学者皆以操波斯文进行创作为荣，出生于哈实哈儿的蒙古都格拉特部异密米儿咱·马黑麻·海答儿于16世纪写成的史学著作《拉失德史》即是用波斯文创作的。蒙兀儿诸汗如赛德、阿不都·哈林等都擅长于用波斯文进行写作，曾有诗文传世，当时许多波斯古籍也在民间广为流传。东察合台汗国时期文化的发展反映在文学、诗歌的创作方面，王室贵戚们积极推崇并且身体力行，有力地推动和促进这一时期文学、诗歌的创作。伊斯兰波斯文化的东传和推广对于汗国内文化的影响殊巨，它起着一种催化和促进作用，不仅使中亚、西亚其他信仰伊斯兰教国家和地区的文学创作深受其感染，即使是东察合台汗国境内的蒙兀儿人、维吾尔人也毫不例外。尽管如此但东察合台汗国时期文学、诗歌创作的主流是以“察合台文学”为其主要特征的，所谓“察合台文学”亦即用察合台语进行文学创作的文学、诗歌等。察合台语朴实、清新，极适宜于文学创作，特别是在反映现实题材方面比波斯语更富有表现力，代表性文学家有阿塔依、赛卡克和鲁提菲。东察合台汗国奉明朝为宗主国，黑的儿火者登上汗位不久便遣使到明朝称臣朝贡，明太祖盛情接待、赏赐并派使臣回访。从此东察合台汗国历代汗（如沙迷查干汗、马哈麻汗、纳黑失只罕汗、歪思汗等）奉明为宗主国，经常遣使进贡驼、马、玉石、皮货等特产，明朝则优厚回赐丝绢、金银等财物。明朝为了统辖西域在1406年在哈密设卫，哈密卫是明朝在西域建立的行政、军事机构。明朝还册封西域各部首领为王（如哈密王、别失八里王、吐鲁番王、瓦剌王等），并任命西域各部头目为中部的都指挥、都渐佥事等官来管理本部行政事务。 （十九）东察合台汗国时期哈萨克族在楚河、塔拉斯河流域形成，成为中华民族的一员，为开拓祖国边疆、发展西域经济作出重大的贡献。哈萨克族是中国古老的民族，前2世纪生活在伊犁河谷和七河流域的乌孙人融合塞种人和月氏人成为哈萨克族的先世，6—13世纪生活在这一地区的西突厥、突骑施、葛逻禄以及康居、阿兰、咄陆、铁勒等部落和部族也融合到哈萨克中。13—14世纪哈萨克部落处于钦察汗国和察合台汗国的统治之下，1456年克烈汗和贾尼别克汗率领哈萨克人在楚河流域建立哈萨克汗国，都城为土尔克斯坦城，汗国的建立对哈萨克民族的形成具有决定性的作用。1589年哈萨克人及其分布地区分三个玉兹：大玉兹分布于巴尔喀什湖南部及伊犁河到锡尔河之间的广阔地区；中玉兹分布在大玉兹之北，即巴尔喀什湖西北草原地带；小玉兹分布在今哈萨克斯坦西部。后来大、中玉兹服属于准葛尔部，小玉兹被沙俄侵并。东察合台汗国是伊斯兰教在新疆获得重大发展的时期，察合台后王在境内强制推行伊斯兰教，蒙兀儿人亦逐步改宗伊斯兰教并融合到维吾尔等民族中，以额什丁家族为代表的和卓宗教贵族在新疆南部兴起。1354年秃黑鲁帖木儿汗接受额什丁和卓父子的宣传，归信伊斯兰教，并带动16万蒙兀儿属下集体信教。随后额什丁和卓又在库车地区展开宣教活动，当地居民改宗伊斯兰教。黑的儿火者汗则以“圣战”征服佛教占统治地位的吐鲁番地区，优努斯汗时期蒙兀儿人被承认为伊斯兰教的成员。艾哈迈德及其子曼苏尔长期对明朝控制的哈密进行争夺，终使其成为伊斯兰教地区。在推行伊斯兰化的过程中察合台后王与伊斯兰教上层教职人员紧密结合，支持伊斯兰教的社团组织，对不愿改宗伊斯兰教的民众进行镇压。流放佛教僧侣，拆毁佛寺，焚烧佛经，用刑罚迫使人民遵守伊斯兰教法教规。16世纪伊斯兰教在新疆确立统治地位，成为维吾尔族全民信仰的宗教。 准噶尔汗国
（一）准噶尔汗国是准噶尔部（卫拉特地区的一支）的首领噶尔丹于1676年打败卫拉特盟主鄂齐尔图汗之后把松散的联盟体制步步改变为集权的政权体制后建立的君主制国家，噶尔丹通过把准噶尔首领的台吉地位上升为汗王地位，在1678年正式建立一个汗国。因1635年卫拉特盟主固始汗遣使归顺后金，且1646年卫拉特各部首领联名归顺清朝，所以噶尔丹改变卫拉特与清朝的主从关系，标志着卫拉特蒙古的重新独立。准噶尔是和明朝对峙的瓦剌部，后来瓦剌部在崛起的蒙古鞑靼部打击下向西迁移并发生分裂，在历史上又被称为卫拉特部，下面又分为准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部和杜尔伯特部四部，也称为漠西卫拉特。所辖地区北至额尔齐斯河、鄂毕河、叶尼塞河上游地区，南至天山，东到阿尔泰山和蒙古杭爱山分界线，西包巴尔喀什湖地区。到了十七世纪准噶尔部强大起来，将土尔扈特部向西压迫，致其与杜尔伯特部、和硕特部的一部被迫迁到伏尔加河下游地区。向东压迫杜尔伯特部，夺其领地，逼其内附清朝。并企图兼并和硕特部，入侵青海。准噶尔部又击败哈萨克人，翻过天山征服回部诸察合台汗及伊斯兰教派白山派与黑山派，飞兵拉萨，凌摄西藏，终于建立起强大的准噶尔汗国。其疆域北接额尔齐斯河、鄂毕河、叶尼塞河上游，南到西藏阿里地区，西包巴尔喀什湖，东至蒙古萨彦岭及色愣格河流域，极盛时达四百多万平方公里。1634年准噶尔部的首领哈喇忽剌去世，其子巴图尔即首领，对外扩张疆土，并在1638年在博克塞里（今博克赛尔蒙古自治县）建成自己的城。巴图尔被称为巴图尔珲台吉，连续两次击退俄罗斯帝国的侵略，迫使俄罗斯承认准噶尔汗国，两国互通贸易，此前后金已于1636年改国号为清。
（二）清朝前期的西域卫拉特有松散的联盟，卫拉特是成吉思汗时期北方民族归附于蒙古族的（《蒙古-卫拉特法典》里条文也就是并列蒙古与卫拉特两个概念的），和硕特首领氏族（固始汗的祖先）是成吉思汗弟弟的后代，因此地位较高，担任卫拉特盟主。1636年和硕特首领兼卫拉特盟主固始汗遣使表示归顺后金，固始汗1637年去青藏高原发展时把和硕特首领兼卫拉特盟主的位子交予大侄子鄂齐尔图汗，1640年参与制定《喀尔喀—卫拉特法典》。1646年卫拉特各部（包括准噶尔部）首领22人联名奉表贡，清廷赐以甲胄弓矢，命其统辖诸部——确定主权关系，青藏高原和新疆等地正式纳入清朝的主权版图（1635年还没有“命其统辖”，没有这种形式上的确认性授权关系）。1648年巴图尔珲台吉授命喇嘛咱雅班第达将过去的蒙文改造而制定成“托沁”文字，作为准噶尔的统一文字。1653年巴图尔珲台吉去世，其第五子僧格继承台吉，但其众兄弟不服尔起兵反叛，内战爆发。至十七世纪六十年代僧格才平定叛乱，但在1671年，他就被自己的两个哥哥——车臣和卓特巴巴图尔暗杀，他的三个儿子都年小，台吉位难以得到延续，他的弟弟正在西藏学习佛学的噶尔丹（僧格的同母弟）征得老师五世达赖喇嘛的同意而还俗并快速回国，在和硕特首领兼卫拉特盟主的鄂齐尔图车臣汗援助下擒杀车臣，并将卓特巴巴图尔赶往青海，噶尔丹自立为准噶尔汗。噶尔丹首先统一西蒙古诸部，随后他起兵进攻叶尔羌的黑山派和喀什噶尔的白山派，征服这个察合台汗国，又于1681年征服土鲁番汗国的察合台汗。 （三）1675—1676年准噶尔部首领噶尔丹派兵击败盟主鄂齐尔图汗，把卫拉特诸部的松散联盟变为准噶尔垄断权力的政权（即准噶尔汗国），1677年完成政权建立。打败和硕特首领兼卫拉特盟主的鄂齐尔图汗并不就是建立汗国，噶尔丹此后一步步改变联盟的性质并建立垄断权力，形成以他为首的绰罗斯家族的政权，噶尔丹已完全控制卫拉特全境。噶尔丹洪台吉颁布一些法令，其内容涉及办案、卫拉特人和南疆回部的纷争、婚事以及对人贩子的处理等项具体条文。与此同时噶尔丹取消各自为政、互不统属传统的松散的卫拉特联盟，还取消各部族长的权力和各部大小洪台吉、克什（太师）、济农等称谓，在完善和加强鄂托克编制的基础上将部族长的权力分散到各鄂托克宰桑手里。噶尔丹的一切指示和命令直接传达到各鄂托克宰桑处，由宰桑具体执行并向噶尔丹负责。噶尔丹将各鄂托克的支配权，高度集中在自己手里，从而完成联盟制向国家政权的过渡。1678年噶尔丹获得五世达赖喇嘛所赠的“噶尔丹博硕克图汗”之号（历史关系：噶尔丹1670年底离开拉萨时达赖赠他博硕克图的佳号，1676年他成为卫拉特霸主，后来通过联系获得达赖的新赠号。因为蒙古族信黄教，大喇嘛的赠号有利于提高其荣誉）。为此噶尔丹博硕克图汗举行隆重的大典，喀尔喀札萨克图汗成衮也前来参加，准噶尔汗国就这样形成。此年噶尔丹出兵南疆，占领叶尔羌汗国，把广大维吾尔族地区置于其统治之下。
（四）同时又用兵于哈萨克，巩固在那里的统治。在他扫除一切障碍准备实施自己的计划时却因多疑埋下自己日后败亡的种子：随着时间的推移，僧格的三个儿子都已长大成人，尤其长子策妄阿拉布坦更是英武不凡。按准噶尔法律时策妄阿拉布坦才应是合法的准噶尔部首领位继承人，噶尔丹为避免大权旁落便逐渐打压策妄阿拉布坦，在1688年暗杀他的弟弟索诺布阿拉布坦，这使策妄阿拉布坦感到自身安全难以保障，便在7名僧格旧臣的陪同下率五千部众逃至博尔塔拉河一带休养生息。1688年噶尔丹突然率兵越过杭爱山，大举进攻土谢图汗，迫使喀尔喀蒙古诸部南迁。噶尔丹没有将策妄阿拉布坦放在眼里，在征服西方的哈萨克汗国之后便集结兵马和清朝中央政府互相争夺原漠南、漠北。1688年准噶尔大军攻入漠北，喀尔喀土谢图部车臣部等迎战失败乃逃入内蒙古，向清帝国投降。噶尔丹于1690年率军追杀进入内蒙古，噶尔丹向漠南喀尔喀蒙古进攻，俘掠人口，抢劫牲畜。同年康熙帝决计亲征，组织左右两路大军，分别出古北口和喜峰口。8月1日双方大战于乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗境内），清军大败噶尔丹军，噶尔丹乘夜向北溃逃。喀尔喀诸部首领都无法抵挡，于是联名向康熙皇帝求救。爱新觉罗·玄烨率领清军与噶尔丹的准噶尔军在乌兰布通决战，噶尔丹虽然英勇善战并发明著名的“驼城”战术，但仍然在乌兰布通之战中被装备有重型火炮的清朝军队打败。与此同时策妄阿拉布坦率军进攻噶尔丹后方，控制北到额尔齐斯河上游、东到乌布苏湖的整个地区，包括吐鲁番、库车等新疆的广大领土，从背后形成对噶尔丹根据地科布多的包围。 （五）撤回根据地的噶尔丹已陷于两大强敌的夹击之中，但他认为只要击败清朝军队，打通自己向东的通道，策妄阿拉布坦便不足挂齿。于是在1695年噶尔丹再度进兵喀尔喀，这时的喀尔喀已被清军占领。1696年2月康熙帝发兵10万，分三路大举出击。5月13日西路军在昭莫多（今蒙古国乌兰巴托以南的宗莫德）大败噶尔丹军，噶尔丹的大妃阿奴也在战斗中战死，最终他的3万铁骑难以击败康熙的20万大军而大败亏输。而这时策妄阿拉布坦又夺取他控制下的哈密，切断他的回路，在逃亡一年后（即1697年3月13日）在阿尔泰的阿察阿穆塔台中噶尔丹服毒自杀。翌年9月噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦遣使清朝，献上噶尔丹尸体，向清朝臣服，次年策妄阿拉布坦正式登上准噶尔汗的宝座。1716年策妄阿拉布坦进军西藏，占领拉萨。1718年清朝由青海路出兵入藏，不过全军覆没。1720年清朝第二次出兵，击退准噶尔军，同时清朝和准噶尔军在吐鲁番方面也有战斗。策妄阿拉布坦与其儿子噶尔丹策零统治时期（1698年~1745年）是准噶尔汗国的鼎盛阶段，号称拥有三十万大军，数次击败清朝军队。1727年策妄阿拉布坦去世，其子噶尔丹策零即位。雍正帝发军进攻准噶尔，结果大败，清军退出科布多。1735年雍正和准噶尔帝国签订和约，规定两大帝国以漠北杭爱山为界，以东属清，以西属准噶尔。 （六）1745年噶尔丹策零去世，其子策妄多济那穆扎勒即位，称为阿占汗。他年少又荒唐不理政务，并且囚禁替自己管理国家的姐姐鄂兰巴雅尔，致使姐夫萨英博落克秘密拥立阿占汗的异母兄喇嘛达尔扎，杀死阿占汗，汗国长年陷于内乱，经过一番内乱后1753年猛将策零顿多布之孙达瓦齐即位。策妄阿拉布坦策妄阿拉布坦与其儿子噶尔丹策零统治时期（1698年~1745年）是准噶尔汗国的鼎盛阶段，领土范围包括乌兹别克斯坦、新疆、青海、蒙古高原西部、哈萨克斯坦、阿富汗等广大地区，人口达到五百余万，拥有三十万大军，数次击败清朝军队。原先达瓦齐和阿睦尔撒纳的牧地毗连都在塔尔巴哈台地区，从这里逃向以叶西尔河为政治中心的阿布赉汗处最为近便。开始两人由于共同反对喇嘛达尔扎而形成同盟，可是达瓦齐登位后暴虐混淫、倒行逆施。由于达瓦齐没有满足阿睦尔撒纳所要求分给他的领地导致两人大动干戈、掀起战争，阿睦尔撒纳战败，投向清朝。1755年清军5万人分西北两路向伊犁进军，不到100天就到达伊犁。达瓦齐率兵六千人扼守伊犁西南的格登山（今新疆昭苏县境内），清军以25人夜袭达瓦齐大营，达瓦齐军惊溃而不战自溃，达瓦齐仅带少数人仓皇南逃。阿睦尔撒纳图谋当四部总汗未遂，于当年八月又发动反清起义。弘历派兵镇压准噶尔叛乱，阿睦尔撒纳多次使诡计逃脱追捕，在北疆再次起义。
（七）1757年由于内讧加之北疆地区痘疫流行导致起义军不战自溃，阿睦尔撒纳逃往哈萨克，后又逃入沙俄，染天花病死，沙俄将其尸体交给清朝。准噶尔汗国自此告终，清朝完全控制卫拉特区域以及准噶尔蒙古的游牧区。1759年8月清军抵达喀什噶尔，平定支持阿睦尔撒纳的大和卓波罗尼都和小和卓霍集占（？－1759年）兄弟的叛乱。这年秋天天山南路完全平定，清朝完全控制当代的新疆地区。准噶尔汗国的疆域东起青海、西至塔拉斯（今哈萨克斯坦境内）草原、北过阿尔泰山以北、南至帕米尔高原，其地域包括准噶尔本部的诸多鄂托克和诸卫拉特属部的众多昂吉，各有份地，分别居住和游牧。准噶尔汗国有着强大的军队，珲台吉策妄阿拉布坦麾下共有6万名士兵，绝大部分是骑兵，俄国人认为他如果有必要可以把军队扩充到近10万人，这些骑兵的武器是传统的弓箭、马刀、梭镖。居于中亚的他们毫无疑问受到由火器引发的近代军事革命的影响，他们越来越多的人装备起带火绒的火绳枪，他们还能够自己生产火药，这显然是俄国商人或者布哈拉商人的传授。曾在1722年-1724年代表彼得大帝出使准噶尔汗国的俄国大使炮兵大尉温切夫斯基在他自己的见闻录写了一段关于准噶尔骑兵装备火绳枪比例的文字：“有20名身披铠甲、头戴尖顶盔、手持马刀和梭镖的军人在行进，其后跟着15名身披盔甲、头戴护颈头盔、手持马刀和火绳枪的军人。队列中的军人共计35人，两队军人合计70人。”可见准噶尔军队装备火绳枪的比例为7 : 3，接近一半。除了弓箭和火绳枪外准噶尔军队还拥有一定数量的轻型火炮，汗国鄙陋的手工业和冶金业让他们不懂得炮架为何物，更不用说独立铸造火炮。 （八）但汗国的军队在和中俄长期的冲突中缴获少量的火炮和俘虏一些工匠，其中一位瑞典军官列诺特就为汗国铸造15门4俄磅的加农炮和20门10俄磅的臼炮以及其他轻型火炮5门。火器装备提高准噶尔军队的战斗力不仅体现于武器效能上，也促使他们的战术革新。准噶尔人（俄国人又称他们为卡尔梅克人）曾用300名手持火绳枪的步兵配合骑兵大败过东蒙古（喀尔喀部）的车臣汗，虏获车臣汗的1.5万军民。步骑协同对传统单一的纯骑兵有莫大优势，尤其是在双方数量差距不大的情况下。凭借着这样一支既有传统蒙古骑兵的优点，又有新式武器战术加强的军队，准噶尔汗国在早期对东蒙古和哈萨克的战争中屡战屡胜，和清朝的战争胜负兼半。即便是对俄国人也偶有胜迹，在额尔齐斯河上游的亚梅舍沃要塞围攻战中准噶尔人成功地围困这座驻守2932名俄军的要塞，并打退从托儿博斯克方向前来增援的俄军，围城3个月后要塞剩余的700名俄军不得不灰溜溜地逃走。准噶尔汗国野战相当不错，但因缺乏重型火炮而攻城乏力，这一短板在和清帝国的战争中体现得淋漓尽致。噶尔丹和策妄阿拉布坦有能力在野战上重创清军，但清军依托以哈密城为核心的堡垒线总是能够遏制准噶尔人扩大战果，然后清军再以准噶尔难望项背的速度卷土重来。这就意味着清朝掌握战争的主动权，他们可以依据自己的需要，随意切换持久防御或积极进攻的战略，而准噶尔人只能被清军拖着鼻子走。虽然有短板但这也是一支较为先进的军队，可这支军队却是最后导致准噶尔汗国走向灭亡的重要原因。骁勇善战的噶尔丹及较为温和的策妄阿拉布坦都拥有一颗统一蒙古诸部控制西藏的雄心壮志，他们的勃勃野心是建立在国家的战争机器上的，以致于他们不甘心向俄国人称臣获得庇护，也错失数次和清朝和谈的机会。后来当准部陷入内乱分裂，又被天花雪灾导致人口损失惨重，终于被清朝所灭。 清平大小和卓之战
（一）大、小和卓的祖先是中亚纳格什班迪教派的领袖玛赫杜米·阿札木，玛赫杜米·阿札木据称是先知穆罕默德女儿的后裔，[其子孙号称“和卓”，主要分为黑山派和白山派两个敌对的支系。明代中期黑山派和卓得到叶尔羌汗国王室的支持，成为西域天山南麓的穆斯林宗教领袖。明末清初白山派领袖玛木特·玉素布从中亚来到喀什噶尔（今喀什市）传教，后来被叶尔羌汗和黑山派驱逐。玛木特·玉素布之子伊达雅图勒拉逃往甘肃河州（今临夏市），辗转来到西藏，寻求达赖喇嘛和蒙古准噶尔部的支持。1680年在伊达雅图勒拉的帮助下准噶尔汗噶尔丹进兵叶尔羌，废黜叶尔羌汗伊思玛业勒，扶植伊思玛业勒之侄阿卜都里什特即位。伊达雅图勒拉驱逐叶尔羌的黑山派首领（号称“阿帕克和卓”），但又与叶尔羌汗发生冲突。1692年阿帕克和卓战胜叶尔羌汗马哈麻特·额敏，控制喀什噶尔、叶尔羌等地。两年后阿帕克和卓去世，喀什噶尔一带陷入叶尔羌汗、白山派、吉利吉思（布鲁特）和各地伯克的混战之中。策妄阿拉布坦继任准噶尔汗后将天山南路置于其直接统治之下，黑山、白山两派的和卓后裔都被迁至伊犁（今伊犁州霍城县）一带囚禁，到了噶尔丹策零在位时又任用黑山派和卓达涅尔管理叶尔羌、喀什噶尔等地事务。此时阿帕克和卓之孙玛罕木特已在囚禁中死去，其二子波罗尼都、霍集占（即大小和卓）被囚禁于伊犁东北的额林哈毕尔噶（今依连哈比尔尕山），由当地准噶尔宰桑阿巴噶斯、哈丹兄弟看管。
（二）1755年初清军西征准噶尔，定北将军班第、定边左副将军阿睦尔撒纳出北路，参赞大臣鄂容安、定边右副将军萨喇勒出西路，两军约于博罗塔拉（博尔塔拉）会师。在进军途中阿巴噶斯、哈丹等人率众投降，四月初八波罗尼都来到西路军萨喇勒处投诚，称：“策妄阿喇布坦时将我父缚来为质，至今并不将我等放回，我等情愿带领属下三十余户投降大皇帝为臣仆。”不久霍集占亦随哈丹来降并称：“若荷恩得回故土，情愿招服喀什噶尔、叶尔羌各处人众，同来归顺。”五月清兵进驻伊犁，班第拟送波罗尼都赴京朝觐，留霍集占在伊犁“照管游牧”，即管理被准噶尔迁至伊犁的回人（清代称维吾尔人为“回人”）。清军占领伊犁后朝廷以平定准噶尔大功告成，将西征大军撤回内地，仅留少量兵力驻守伊犁、乌鲁木齐等处。乾隆皇帝认为阿睦尔撒纳虽有觊觎准噶尔汗位之志，但料伊亦不敢遽尔妄行，并指示诸大臣：“阿睦尔撒纳不过希图肥己，不必过于苛求。”1755年9月阿睦尔撒纳在赴热河途中叛逃，潜往塔尔巴哈台，伊犁的宰桑、喇嘛起兵响应，攻占伊犁城。霍集占在战乱中率所属维吾尔人逃离伊犁，同被准噶尔囚禁在伊犁的白山派额尔克和卓额色尹（霍集占族叔）、鄂托兰珠和卓玛木特等人不愿依附霍集占，逃往布鲁特部落及浩罕等地。是年末阿睦尔撒纳遣使至波罗尼都处，告知攻陷伊犁情形，波罗尼都等将托伦泰、特古斯（萨喇勒之兄）等人及蒙古官兵扣留。 （三）1756年2月定西将军策楞率西路清军收复伊犁，阿睦尔撒纳逃往哈萨克，形势再度逆转。五月霍集占与波罗尼都会合，霍集占杀死阿睦尔撒纳派来的使者并将托伦泰送回，又以投诚为名派人到清军大营探听消息。霍集占欲反清自立，与手下各头目商议：“甫免为厄鲁特（准噶尔）役使，今若投诚，又当纳贡。不若自长一方，种地守城，足为捍御。”波罗尼都不愿与清军为敌并说：“从前受辱于厄鲁特，非大国（清）兵力，安能复归故土？恩不可负，即兵力亦断不能抗。”霍集占派人杀死蒙古察合台汗王后裔以及叶尔羌旧首领伊克和卓，又自加汗号，称“巴图尔汗”。波罗尼都劝阻霍集占：“我兄弟自祖父三世，俱被准噶尔囚禁。荷蒙天恩释放，仍为回部头目，受恩深重。若尔有负天朝，任尔自为，我必不能听从。”霍集占固执己见，兄弟二人出现不和。霍集占只信任在伊犁囚禁时追随他的属下，对回疆各地原有伯克则明加笼络、暗夺其权，致使各城头目俱不心服。霍集占因忌惮乌什、阿克苏的霍集斯家族势力，以乌什伯克霍集斯为和阗伯克，阿克苏伯克阿卜都瓜卜为叶尔羌伯克，使霍集斯兄弟子侄分居各城。霍集斯畏其声势不敢违抗。喀什噶尔、叶尔羌的伯克阶级也几乎没有支持和卓木兄弟的，喀什噶尔伯克和什克不愿依附霍集占而不得不逃亡至布鲁特。阿睦尔撒纳叛乱前后库车伯克鄂对、拜城伯克噶岱默特等人已避乱投奔清军，于是霍集占又接收库车、拜城，控制喀喇沙尔（今焉耆）以南、塔里木盆地西部的大部分地方。
（四）1756年闰九月驻扎伊犁的户部左侍郎兆惠接到托伦泰返回的报文，认为回城地方并无事故，于是遣副都统阿敏道、宰桑锡克锡尔格带索伦、准噶尔兵三千余人前往招抚回部各城，将回人等加意安抚，并催缴各地税赋。和卓军队据守库车城与阿敏道对峙，阿敏道询问库车伯克呼岱巴尔氐（霍集斯长子）为何据城迎战，呼岱巴尔氐诡称因畏惧清军中的准噶尔兵而不敢归降。于是阿敏道令准噶尔兵撤回，仅带索伦兵一百余人入城。十月先前由策楞遣往叶尔羌、喀什噶尔的官员提奇图等返回伊犁军营，报告霍集占扣留清军派去的蒙古兵丁及种种谋反情形。兆惠认为波罗尼都似属恭顺，霍集占显有背逆情状，拟令霍集占亲自来伊犁谒见，但乾隆皇帝并未意识到局势的严重。此时霍集占派出的使者沙泥雅斯抵达京师谢恩，乾隆皇帝认为霍集占遣使远来意甚诚笃。且因其向来畏惧准噶尔而情有可原，并传谕兆惠：“但令其每年贡赋照交纳，毋庸加以兵威。”此时征讨阿睦尔撒纳的清军主力陆续撤回，一部份清军被调往蒙古平定撤驿之变，天山北路守备空虚。十一月乾隆皇帝册封的辉特汗班珠尔与绰罗斯汗噶勒藏多尔济相约举兵叛乱，已升任定边右副将军的兆惠率五百余人由伊犁东撤，在鄂垒扎拉图（今属乌苏市）、库图齐、乌鲁木齐经数次恶战后于次年二月退回巴里坤。阿睦尔撒纳重返西域，清军再次失去对天山北路的控制。在此情势下霍集占认为清廷在西域的统治已近乎崩溃，遂于1757年三月令人杀死库车城内的阿敏道，公开举兵反叛。呼岱巴尔氐得知这一命令后暗中告知阿敏道，阿敏道率众逃出城外，被霍集占军追及，一百余人全部战死。 （五）霍集占的反叛大出乾隆皇帝之预料，1757年五月定边将军成衮扎布奏请前往回疆平叛，乾隆皇帝传谕成衮扎布、兆惠全力擒拿阿睦尔撒纳，定于次年春天再进兵回部。六月阿睦尔撒纳与哈萨克汗阿布赉反目而逃入俄罗斯帝国，1758年3月5日确认阿睦尔撒纳在俄罗斯帝国中出痘身死后乾隆皇帝下谕征讨霍集占。乾隆皇帝与大臣认为波罗尼都颇图安静，并无谋反之心，以至期望波罗尼都将霍集占擒获，并向清军投诚。二月朝廷以雅尔哈善为靖逆将军，率参赞大臣哈宁阿、巴里坤领队大臣爱隆阿、吐鲁番贝勒额敏和卓、哈密贝子玉素富、肃州总兵闫相师、镶黄旗察哈尔总管端济布、库车伯克鄂对等领兵八千，由吐鲁番西进，四月中旬至喀喇沙尔集结。五月初清兵包围库车，库车城墙十分坚固，由霍集占的亲信阿卜都克勒木驻守。六月阿卜都克勒木之弟阿卜都哈里克由赛里木率军来援，在托木罗克被额敏和卓击退。霍集占亲率鸟枪兵数千由乌什来援，在库车城南被爱隆阿、端济布等击败。霍集占负伤逃入库车城，坚守不出，提督马得胜派兵挖隧道攻城。雅尔哈善求胜心切，催促士兵日夜挖掘。守军在夜间看到火光，引水灌入隧道将清兵淹死。乾隆皇帝见雅尔哈善指挥无方，遂令定边将军兆惠率兵南下征讨。霍集占入城后便杀戮鄂对在城中的亲属，鄂对之妻依热木年少，霍集占欲纳为妾。依热木不从，被囚于高楼，日加凌辱，其二子一女被叛军从城墙上抛下而死。鄂对向雅尔哈善提议：“分兵埋伏于库车城西、北的两处隘口，城中粮尽时霍集占必出城逃走，可从容将其擒获。”雅尔哈善认为鄂对是新降之人，并不听信其言。六月二十三日夜霍集占率骑兵四百余人出西门逃遁，八月阿卜都克勒木也弃城逃走，城中头人阿拉难尔率老弱残兵出降，鄂对入城后手刃霍集占党羽三十余人。
（六）乾隆皇帝得知雅尔哈善疏于防守致霍集占走脱后极为震怒，命将雅尔哈善逮京议斩，以工部尚书纳穆札尔代雅尔哈善为靖逆将军，户部侍郎石三泰为参赞大臣，受兆惠节制。此时雅尔哈善留玉素富驻守库车，以端济布为前锋，开赴阿克苏。当六月清军围攻库车之时赛喇木（今拜城县赛里木镇）、沙雅尔（今沙雅县）爆发反对霍集占的起义，二城随即向清军投降。在霍集占从库车逃往阿克苏途中阿克苏毛拉阿舒尔率众杀死霍集占的亲信，推举颇拉特为总伯克，派人向清军投诚，霍集占攻阿克苏城不下又奔赴乌什。八月二十四日兆惠与雅尔哈善会合，次日进驻阿克苏。兆惠奏请以鄂对为阿克苏之阿奇木伯克，颇拉特为其副手，并收缴雅尔哈善官印，将其押解赴京。兆惠随即向乌什进发，留闫相师绿营兵八百人驻防阿克苏城，革职后在兆惠军中效力的舒赫德也留在阿克苏。乌什伯克漠咱帕尔是霍集斯之子，得知霍集占率军前来后企图设宴将其诱擒，但计划泄露。霍集占得知后不敢入城，派随军的霍集斯招降漠咱帕尔。霍集斯原为乌什、吐鲁番一带豪族，被迫依附于霍集占。入城后霍集斯随即倒戈，派其子呼岱巴尔氐前往阿克苏迎清军入城。霍集占一路向南退却，返回喀什噶尔。八月三十日兆惠进驻乌什，以霍集斯之妻与总兵丑达驻守。九月初兆惠派侍卫齐凌扎布与鄂对前往和阗招降，由于和阗伯克霍集斯已降清，和阗首城额里齐（今和田市）的头人将霍集占党羽驱逐，迎清兵入城。九月下旬和阗所辖的哈喇哈什（今墨玉县）、克勒底雅（今于田县）、齐尔拉（今策勒县）、玉陇哈什（今洛浦县玉龙喀什镇）、塔克（在今于田县南）全部归降，至此仅有喀什噶尔、叶尔羌二城尚在大小和卓手中。 （七）自兆惠南下一月有余，阿克苏、乌什、和阗望风而降，致使其错判形势而轻敌冒进。霍集斯向兆惠提议：“先攻占叶尔羌，截住大小和卓出逃之路。再进兵喀什噶尔，则波罗尼都自当归降。”于是兆惠不等纳穆札尔、石三泰的主力抵达，先率四千人向叶尔羌进发，爱隆阿、户部侍郎明瑞、霍集斯、端济布、噶岱默特等从行。乾隆皇帝也认为回部各城迎降相继，大功可计日而成，开始考虑各城伯克人选以及驻兵屯田等事宜。又令章嘉呼图克图写信给拉达克（今克什米尔东南）头人：“若大小和卓逃至彼处即擒解前来，断不可容留疏纵。”九月乾隆皇帝令在哈萨克追剿叛军的参赞大臣富德前往阿克苏策应兆惠，又起用舒赫德为头等侍卫，并增派察哈尔兵七百人、绿营兵三百人赴阿克苏，归舒赫德统领。霍集占退回喀什噶尔后波罗尼都怨其轻举妄动，招致清军征讨。于是霍集占前往叶尔羌驻守，坚壁清野，并散布谣言称清军已将霍集斯杀害，且要来杀尽回人。十月初五兆惠进兵叶尔羌城下，见叶尔羌城池较大便设法诱敌出战。初六日清兵分七队攻城，霍集占的骑兵出北门突击，击溃清军中的索伦兵，但被健锐营击败，于是固守不出。兆惠兵少不能围城，令爱隆阿、侍卫奎玛岱领兵八百人北上防范喀什噶尔来援，并接应纳穆札尔、石三泰的援军，此时波罗尼都亲率五千人前来增援霍集占。富德接到谕旨后于十月抵达乌鲁木齐，十月中旬乾隆皇帝又令富德领兵南下巴尔楚克（今巴楚县）护卫清军台站，若到时兆惠仍未攻下叶尔羌，即可领兵攻取喀什噶尔。
（八）兆惠侦知和卓士兵在叶尔羌城南的英额齐盘山放牧，打算突袭牧地，掠其牲畜。1758年11月13日兆惠由城南夺桥渡黑水（维吾尔语称黑水为喀喇乌苏），才过四百人时桥梁垮塌，随即被霍集占军一万余人包围。在混乱中清军被围成数截，且战且渡。兆惠伤及面颊，坐骑中枪倒毙，两度换马。激战五昼夜后清兵阵亡数百人，马匹陷入泥淖者甚多，西宁镇总兵高天喜、副都统三格、护军统领鄂实、监察御史何泰、侍卫特通额等战死。兆惠无法突围，遂于黑水南岸就地结营，修筑壕沟，此即当时著名的“黑水营”。霍集占军也就地驻扎，将清军营盘团团围住。十月十三日黑水之战的同时纳穆札尔、石三泰的援军与爱隆阿会合，纳穆札尔与诸将率二百余骑兵趁夜行军，以期黎明时与兆惠会合，但在途中遇到波罗尼都派出的援军三千余人而陷入包围。纳穆札尔、石三泰、侍卫奎玛岱、彰武、班泰、管站西拉布、护军校齐旺扎布等皆战死，仅有少数兵丁逃出。爱隆阿闻讯前往援救，得知纳穆札尔已全军覆没后遂撤往阿克苏。兆惠上书请罪，并奏请调阿克苏等地守军于年底齐集，合力攻剿。和卓军向黑水营清兵轮番发动攻击，均被兆惠击退，于是打算长期围困，待清兵粮尽时不攻自破。和卓兵引上游河水灌入清营，被清兵导入战壕排至下游，反而便于清兵汲水。清军营地多林木，和卓兵射出的铅弹陷入树中，清兵砍柴生火时将子弹取出，足以补充弹药。十一月中旬布鲁特（柯尔克孜人）头人纳喇巴图、流亡的额尔克和卓额色尹 等人领兵袭击喀什噶尔的属城英吉沙尔（今英吉沙县），同一天兆惠出击焚毁两处和卓军营。大小和卓以为布鲁特与清军联合，遂遣人与兆惠议和。兆惠提出大小和卓必须先行入京朝觐，大小和卓则称：“愿送口粮，撤围相见。”兆惠不予答复。于是波罗尼都领兵撤回喀什噶尔，防御布鲁特侵扰。至年末兆惠已被围困三个月后军粮耗尽，士兵只得焚煮马鞍、皮革，甚至掠取平民烹食。 （九）十一月初乾隆皇帝接到兆惠被围的奏报，以富德为定边右副将军，径赴叶尔羌解兆惠之围，以副都统阿里衮、舒赫德、爱隆阿为参赞大臣，调集兵马、骆驼前往增援。令陕甘总督黄廷桂预备马匹二万，供西征清军调用。又命成衮扎布征发漠北达什达瓦所属准噶尔兵丁，于次年从特穆尔图淖尔（今吉尔吉斯斯坦伊塞克湖）南下助攻。富德得知兆惠被围困后率副都统鄂博什及侍卫玛瑺、额尔登额、老格等于十一月十一日从乌鲁木齐出发，日夜兼程开赴阿克苏，领队大臣豆斌、散秩大臣永庆、副都统瑚尔起、福禄、总管端济布等领兵协同。十二月初四日舒赫德率新到的内地、索伦士兵与原驻兵丁共三千五百人由阿克苏开拔。十二月十六日富德抵达阿克苏，二十五日阿里衮押送驼马到达阿克苏，同时富德在巴尔楚克赶上舒赫德的队伍，向叶尔羌进发。1759年2月3日富德在叶尔羌东北的呼尔满与前来截击的和卓军五千余人遭遇，激战至夜间和卓军退却，清军战马经长途跋涉后纷纷倒毙、无力追赶。次日和卓军占据山岗，与富德军相持于戈壁中。2月5日和卓军得知清军少马后率大军围攻富德，清军拒守于沁达尔，苦战不能突破，且戈壁无水，士兵只得吞咽冰块。2月6日夜阿里衮率援军及马一千匹、驼四百只赶到，与鄂博什从两翼突击和卓军营，富德乘势掩杀，和卓军开始溃退。2月7日黎明阿里衮、护军统领努三与富德三路夹攻，和卓军向南遁去。此役富德、阿里衮等斩杀和卓兵千余人，史称呼尔满大捷。正月初八兆惠听到北方有枪炮声，又见围营的和卓兵渐少，料想援军已至，遂分兵两路出击攻取营垒，并派人联络富德。十三日夜富德进兵至叶尔羌河岸，距兆惠兵营尚有二十里。十四日黎明富德领兵前行，斩杀和卓兵二三百人，和卓军队渡河而去。富德与兆惠会合，按照谕旨于当晚启程返回阿克苏，至此黑水之围得解。将军以下皆无恙，卒得全，莫不喜极涕出。霍集占见两路清军汇合后不再派兵阻截，此间波罗尼都中鸟枪受伤，欲向清军投降，霍集占又不许。
（十）在呼尔满之战前的1758年12月26日霍集占派遣的阿卜都克勒木兄弟与鄂斯满、塞颇尔等率兵六百余人进攻和阗，阻截额里齐、哈喇哈什之间道路，又派其岳父萨里克诱降当地伯克。当地驻防清兵只有绿营、索伦兵五百五十人，分守各城。鄂斯满首先攻占克勒底雅，满洲通事哲勒顺被杀，克勒底雅伯克阿里木沙逃往额里齐。阿卜都哈里克将阿里木沙之妻带到额里齐城下，又将其子当阿里木沙之面杀死。不久齐拉尔失陷，伯克锡鲁卜亦逃入额里齐，齐凌扎布、鄂对行文阿克苏请求增援。1759年正月阿克苏办事侍郎永贵派兵一百人护送军马前往，1759年2月12日和卓兵围攻额里齐、哈喇哈什，索伦骁骑校乌尔图保固守额里齐，哈喇哈什伯克海里雅木哈子、阿瓦斯默特领四千回兵与齐凌扎布一同抵抗。正月末驻守巴尔楚克的参赞大臣巴禄派兵三百名援救和阗，乾隆皇帝命巴禄亲自领兵增援，同时以赛音诺颜部郡王策布登扎布为副将军。福禄、车木楚克扎布为参赞，巡查额尔齐斯河至巴尔喀什湖一带，防备霍集占经伊犁逃往俄罗斯帝国。兆惠回到阿克苏后令爱隆阿驻防乌什，派瑚尔起、巴图济尔噶尔带九百兵援救和阗，上奏待粮饷、马匹到后再遣富德领兵数千前往。乾隆皇帝因兆惠、富德进兵过缓，加以申斥。二月玉陇哈什失陷，乾隆皇帝因新任陕甘总督吴达善办理兵马事务不力，命闽浙总督杨应琚来京，不久调任陕甘总督。三月三日哈喇哈什失陷，齐凌扎布突围而出。六日瑚尔起等抵达额里齐，与散秩大臣鄂对、侍卫噶布舒相会。九日瑚尔起进至哈喇哈什，乘雾袭击和卓军营，射杀阿卜都哈里克，鄂斯满、霍集雅斯负伤逃走。十一日清军收复玉陇哈什、齐尔拉，随后遣人招降克勒底雅、塔克。克勒底雅头人四德和卓将阿卜都克勒木属下布库塔斯执献清军，塔克头人默里善也将诺们伯克、毛拉岳科卜等擒献，和阗平定，四月二十二日富德率军抵达额里齐驻守。 （十一）呼尔满之战后霍集占兄弟“由于清军的进攻和维吾尔群众的背离导致整个陷入困境，二、三月间霍集占派人联络葱岭以西的巴达克山、浩罕等国，因浩罕未有回信且惧布鲁特沿途骚扰，和卓兄弟决定逃往巴达克山，或再由巴达克山前往痕都斯坦（今克什米尔地区南部及巴基斯坦北部）。四月清兵占领和阗的消息传来，叶尔羌人心惊动，霍集占将家眷、财物移往叶尔羌以西的赫色勒塔克。波罗尼都也向喀什噶尔居民索取军粮、马匹，在六月十日之前陆续运到塔勒巴楚克河，自己仅与亲信留在喀什噶尔居住。在大小和卓准备出逃的同时兆惠、富德正筹集粮饷，计划乘麦熟之前进攻叶尔羌。五月避难于布鲁特的原喀什噶尔伯克和什克随清军侍卫布占泰来到阿克苏，向兆惠建议先攻取喀什噶尔，以免霍集占投奔浩罕的额尔德尼伯克，于是兆惠等人议定先攻喀什噶尔，再取叶尔羌。此时流亡于境外的和卓后裔陆续向清军投诚，额色尹、玛木特派人前往兆惠军营，称其现在布鲁特候进兵信息，情愿效力。在清兵进发之前与波罗尼都交情深厚的霍集斯派亲信巴喇特前往喀什噶尔，仍期望波罗尼都归降。六月二日富德由和阗启程，进兵叶尔羌。十一日兆惠领兵九千由乌什南下，进兵喀什噶尔。阿里衮、巴禄领兵三千出巴尔楚克，在喀什噶尔、叶尔羌之间地方等待与富德会合，并把守各处关隘。六月十二日霍集占派阿卜都克勒木通知波罗尼都准备逃离，六月十五日布鲁特百余人劫掠喀什噶尔城北的阿喇古，波罗尼都派鄂斯满、优驽斯出战，被布鲁特兵打败。
（十二）六月十八日额色尹、玛木特与波罗尼都交战，剿杀多人，随后来到兆惠军营投诚。波罗尼都以抗击布鲁特为由向城内居民勒索财物、兵器，又毁坏城内街市、城门并焚城掘树，裹挟喀什噶尔及附属各城的贵族、民众西逃，阿奇木伯克阿卜都喇伊木、密里木哈子墨墨氐敏、伯克阿卜都尔满以及霍集斯之兄阿卜都瓜卜也被一并带走。喀什噶尔居民不愿随行，在途中纷纷逃逸，多前往附近的牌租阿巴特（今伽师县）。牌租阿巴特伯克呢雅斯收留逃亡民众，闭城拒守，汗额里吉衣、雅普尔古、乌什哈喇等城各自保聚。六月二十七日波罗尼都将喀什噶尔居民掳至城南的提斯衮，由玉鲁克岭（在今疏附县西南）西逃，带走居民一百五十户及其亲信之家眷、奴仆千余人。霍集占抢掠叶尔羌居民的马匹、牲畜后又向当地毛拉勒索白银四千两，于闰六月二日启程，经伯克和罗木渡口逃往羌呼勒。大小和卓在色勒库尔（今塔什库尔干县）会合后向西出逃，留在喀什噶尔、叶尔羌二城的伯克随即派人迎清兵入城。闰六月十四日兆惠进驻喀什噶尔城，富德所部先锋鄂博什进驻叶尔羌城，十八日富德进入叶尔羌。乾隆皇帝令兆惠留驻喀什噶尔，办理喀、叶二城事务，富德、明瑞等速领兵追击。兆惠进入喀什噶尔后留闫相师的绿营兵驻守，派参赞大臣明瑞等率兵追击，同时传檄浩罕、那木干、安集延、玛尔噶朗等国协同搜捕大小和卓。明瑞、爱隆阿于闰六月十五日率两千人启程，向西进入葱岭（帕米尔）群山中。霍集占兄弟欲往巴达克山，但众伯克不从，只得北上安集延。得知后的清兵追紧，于是弃其辎重，令家眷先行，沿途无水草之处以大麦喂马。明瑞等缘山行走，绕峰渡河，由色勒库尔向北前往哈喇库勒（塔吉克斯坦东北之喀拉湖）。 （十三）闰六月二十八日黎明明瑞率前锋九百人在霍斯库鲁克岭（在喀拉湖以北）追上大小和卓六千余人，明瑞诱敌下山不成而恐相持稍久，使和卓兄弟逃脱，遂下令仰攻山峰。和卓兵以枪炮还击，激战三个时辰后和卓兵开始退却，清兵因马匹劳累而无力追及。和卓兵重新集结后恃其人众，回师将明瑞分队合围。明瑞且战且行，设埋兵从山上放枪，然后调头冲入敌阵才击退和卓兵。此战明瑞军斩杀五百余人，俘获三十余人，清兵阵亡百余人，是为霍斯库鲁克之战。七月初，富德、阿里衮与明瑞在喀喇乌苏会合，选四千精兵进发。其余兵丁由总兵杨宁带领招降沙尔呼勒，并听候调遣。七月七日富德探知霍集占在前方一百余里戈壁中，九日辰时清兵追至阿尔楚尔（在今塔吉克斯坦戈尔诺-巴达赫尚自治州穆尔加布区东南）。大小和卓令驮载先行，设伏兵六千于阿尔楚尔山谷中。富德以火器营、健锐营居中，巴图济尔噶尔、鄂齐尔出左翼，由屯、伊柱为右翼，夺取南、北阿尔楚尔山，并向下冲击山谷中的和卓兵。阿里衮、明瑞、巴禄、参赞大臣阿桂也从两翼突击，富德出兵佯攻和卓驮队，明瑞、鄂博什绕到后方夹击。鏖战一日清军歼灭和卓军一千余人，生擒五十余人，阵斩阿卜都克勒木，此即阿尔楚尔之战。七月十日傍晚清兵追至阿尔楚尔以西的布隆库勒，侦知大小和卓逃至布隆库勒湖东北的伊西洱库尔淖尔（塔吉克斯坦东南之叶什勒池）湖畔。波罗尼都驻扎于湖岸北山，霍集占率部占据东面山峰。伊西洱库尔淖尔以西有一大岭，过此岭即是巴达克山界。富德先遣阿里衮、达尔党阿、由屯、官长保、瑚什等领兵五百，往湖西堵截大小和卓去路。伊柱、鄂博什、温布等领兵八百，往山后阻截。
（十四）十一日富德、巴禄、明瑞、阿桂、领队大臣傅景、瑚尔起等率兵一千余人进至伊西洱库尔淖尔，和卓军从山上炮击清兵，以死相拒。富德选健锐营、吉林、索伦、厄鲁特各营鸟枪兵四十余人，仰攻北路山岭。又令霍集斯、鄂对树起维吾尔人旧时旗帜招降和卓兵士。和卓军大溃，投降者甚众，霍集占夺马而逃，乘夜绕过山岭与波罗尼都会合，此即伊西洱库尔淖尔之战。十二日又有被堵截在北山的和卓兵两千人投降，大小和卓仅率妻子、奴仆三四百人出奔巴达克山。富德派齐凌扎布、鄂对、散秩大臣阿什默特将投降人众送往英吉沙尔，又率巴禄、阿桂、傅景、瑚尔起等四百余人与阿里衮分兵两路于十二日启程，追剿至巴达克山境内。巴达克山是位于葱岭西部的古国，在今阿富汗东北部。由伊西洱库尔淖尔向西南行，渡喷赤河，即至巴达克山界。富德一面领兵追击，一面晓谕当地部落擒拿大小和卓。七月十二日黄昏依附于霍集占的蒙古厄鲁特头目沙喇斯、玛呼斯率六百余人北逃，被清军副都统伊柱截住。富德领兵进击，剿二百余人，宰桑雅满、得木齐（百户长）丹巴投降，清军缴获驼炮八门及去年失去的“威远大将军”火炮二门。七月十八日富德派侍卫萨穆坦（厄鲁特蒙古人）、伯克素勒坦和卓（维吾尔人）自巴沙楚尔启程，晓谕巴达克山汗素勒坦沙（实为苏丹），令其擒获大小和卓兄弟，缚献清军。大小和卓进入巴达克山境内后遭到衮都伯克沙莽苏尔、锡克南（在今塔吉克斯坦戈尔诺-巴达赫尚自治州锡克南区）伯克沙穆尔沿途追击，一路向南遁去。霍集占声称借道前往麦加朝拜，于七月二十六日进抵巴达克山都城牌租阿巴特（今阿富汗巴达赫尚省首府法扎巴德）。同一天清使萨穆坦等也来到牌租阿巴特，与素勒坦沙会面。素勒坦沙令霍集占派来交涉的鄂斯满、雅斯布库里与萨穆坦相见，萨穆坦面斥霍集占之种种罪过，鄂斯满不能辩驳。 （十五）七月二十八日素勒坦沙邀大小和卓入城，波罗尼都随即入城，霍集占则领兵在城外扬言：“若将清使交出则愿为巴达克山奴仆。”素勒坦沙不允，霍集占遂劫掠村庄。素勒坦沙出兵数千将霍集占围于阿尔浑楚哈岭，霍集占败退至齐那尔河，身负重伤被俘。素勒坦沙将波罗尼都、霍集占兄弟囚禁于柴扎布，分别拘于二室并派人通告富德。富德责令素勒坦沙献俘，巴达克山的阿訇以大小和卓为伊斯兰教先知后裔，若缚献清军恐邻国不服，请求清军宽免。然而素勒坦沙既想得到清军庇护，以入侵博洛尔、奇特拉尔等邻近部落，又担心杀死和卓导致众阿訇和邻国的敌视，因此犹豫不决。萨穆坦离开后二日素勒坦沙又遣人告知霍集占重伤已死，富德令素勒坦沙：“务将波罗尼都俘献，霍集占虽死，亦必献尸。”乾隆皇帝谕示富德：“必须得到和卓兄弟二人，倘二贼被获情事不实，即将拔达克山部落一并办理，亦无不可。”八月二十五日富德召见巴达克山使者鄂穆尔拜，鄂穆尔拜声称素勒坦沙本欲将和卓兄弟呈献，但受到当地阿訇阻挠。且闻阿訇打算将和卓所住房屋焚毁后前往麦加，向回教各国控诉素勒坦沙之罪，素勒坦沙被迫中止。次日富德派萨穆坦随同鄂穆尔拜返回，限素勒坦沙于二十五天内交出大小和卓，同时令侍卫额尔登额、伍岱领兵跟随，又派伊柱、巴图济尔噶尔、霍集斯进兵至瓦罕（在今阿富汗巴达赫尚省东部），施以兵威。九月三日富德派人前往招抚巴达克山南边的博洛尔部落（在今克什米尔巴基斯坦控制区北部），博洛尔因与巴达克山不睦，其首领沙和硕默特随即称臣归附。九月九日素勒坦沙与额尔登额会面，称邻近的珲都斯部落（今阿富汗昆都士）欲来索取大小和卓，且得知霍集占曾暗通巴达克山的敌国塔尔巴斯，现将大小和卓先行杀死以绝后患。额尔登额斥责素勒坦沙擅杀和卓兄弟，令其将首级献出。
（十六）素勒坦沙仍以教义经典为由称：“但自行献出，恐众人不服，请求派人查验尸首。”额尔登额派熟识大小和卓的纳达齐前往验看，纳达齐确认霍集占之尸属实，然而其瘗埋波罗尼都之地与霍集占中隔一墙，但有血迹并无尸骸。额尔登额又令素勒坦和卓密杂帕尔详验，亦称确实，因询问波罗尼都尸首所在。素勒坦沙又称波罗尼都生前曾嘱咐其仆从，死后不可与霍集占同葬一处，其奴仆有十余人逃出，其中可能有人将尸首盗去。九月十三日素勒坦沙遣亲信去囚禁之处，审讯看守人们多索丕等。十九日素勒坦沙来告额尔登额，称实不知何人将尸首盗去，并举伊斯兰教经文发誓不曾欺骗清军。额尔登额派人密访，也报称和卓被杀是实。二十一日额尔登额传讯们多索丕及抚养、跟随大小和卓的呢雅斯索丕、维吾尔妇女济尔噶勒等人，确认波罗尼都、霍集占被杀之事经过，几年后清廷查出波罗尼都尸首是由其仆人盗出，在牌租阿巴特就地埋葬。九月三十日巴达克山使者、证人随额尔登额回到富德兵营，进献霍集占首级，经霍集斯、毛拉郭波和卓及布鲁特伯克辨识后确认无疑。富德责问巴达克山来使端伯克，为何先前报称霍集占已死，后又云兄弟二人同时被杀。端伯克辩称：“前此拘禁时传闻霍集占伤重身死，及遣人往验尚存。萨穆坦行后珲都斯即领众五千，勒取二人。因决计杀死，以绝其望。”富德又令鄂对、布鲁特阿奇木之亲属“密行访问”，最终确认所言属实。富德随即遣额尔登额将霍集占首级函送京师，带证人、巴达克山使者、博洛尔使者一同前往。 （十七）十月初二日富德率官兵启程返回叶尔羌，酌留新派兵丁镇守各处。1759年12月12日乾隆皇帝以平定回部宣谕中外下谕：赏兆惠宗室公品级鞍辔；富德晋封侯爵，赏戴双眼翎；明瑞、阿里衮赏戴双眼翎；额敏和卓晋封郡王；赏给玉素富郡王品级；舒赫德及在事大臣官员均交吏部从优议叙。历次战斗中有功官兵各封赏有差，阵亡者加以优恤。西征在外兵丁均赏两月钱粮，驻叶尔羌等城兵丁赏一月钱粮，同时下令筹备西征将士返京凯旋及大阅八旗官兵事宜。十一月乾隆皇帝下令于叶尔羌城内、伊西洱库尔淖尔湖畔立碑，勒石纪录平定回部之功并撰写碑文。1760年正月末浩罕、巴达克山、博洛尔使臣至京，1760年2月27日乾隆皇帝升御座于午门，行受俘礼，额尔登额等官兵将霍集占首级进献阙下。1760年4月12日兆惠、富德、明瑞、巴禄等将士抵京，乾隆皇帝驻跸良乡县（县治在今北京市房山区良乡镇）黄新庄，郊劳西征诸将士，筑坛告天，并设宴款待将军大臣与回部王公、伯克。1760年4月18日乾隆皇帝在丰泽园（今中南海内）宴请兆惠、富德、明瑞、巴禄与回部王公伯克、文武大臣，赏赐出征将士帑银、缎匹。霍集占妻妾虽多但无子嗣，逃入巴达克山的霍集占亲信阿卜都海里、鄂斯满二人被素勒坦沙拘禁。乾隆皇帝宽宥其罪，令素勒坦沙严行约束。逃逸的厄鲁特头目沙喇斯、玛呼斯二人不久被其部下所杀，后世有民间传说认为霍集占有一妻（妾）被俘后成为乾隆皇帝的嫔妃，被称为香妃。波罗尼都死后被仆人秘密葬于牌租阿巴特，其妻妾、子女也留在巴达克山。1761年清廷得知波罗尼都妻、子下落以及波罗尼都埋葬地点，遂遣人向巴达克山索取。1763年2月5日素勒坦沙派人同清使萨里来到埋葬处将波罗尼都尸骸取出，并将波罗尼都之妻妾、子嗣六人交予清使，照管波罗尼都妻、子的毛拉巴喇特、密诺罗斯等九人也愿同萨里返回内地。
（十八）1763年正月波罗尼都家眷被带到叶尔羌，叶尔羌办事都统新柱诘问巴达克山使臣密尔咱阿达里卜，素勒坦沙先前声称波罗尼都之尸被其仆从伊里雅斯盗往珲都斯塔尔罕部落，今为何又从维萨巴特掘出？密尔咱阿达里卜称：“先前并不知尸首被盗原委，后来波罗尼都之幼女亡故，仆人夜间前往其父墓地埋葬时曾追随波罗尼都之旧人都前往祭奠，被巴达克山人目击。”二月新柱将波罗尼都尸骸匣封，与其妻、子、部属一同送往北京。阿卜都哈里克后来被编入正白旗蒙古，子孙世居内地。乾隆皇帝还令人保护大小和卓祖先阿帕克和卓之墓，毋得樵采污秽，以昭国家矜恤之仁。波罗尼都另有一子萨木萨克，为其妾爱什阿哈察所生。后来波罗尼都与爱什阿哈察离异，萨木萨克遂由乳母抚养。乾隆皇帝令将萨木萨克送来京师，加恩养育。后来舒赫德发现所获之萨木萨克并非波罗尼都之子，而是同名之人。后据素勒坦沙奏报称萨木萨克逃到爱乌罕东北之珲都斯（今阿富汗昆都士），二十多年后清廷又得知萨木萨克居住在布哈尔之撒马尔罕，过著贫苦生活。喀什噶尔伯克鄂斯满写信招萨木萨克回国，但未成功。萨木萨克又前往忽毡（今塔吉克斯坦苦盏）等地居住，并受到浩罕伯克那尔巴图的管制，最后在布哈尔（今乌兹别克斯坦布哈拉）死去。萨木萨克有三子——和卓玉素普、张格尔、巴布顶，巴布顶早亡，玉素普、张格尔后来都成为浩罕入侵新疆的工具。由于与新疆的贸易是浩罕的经济命脉，浩罕伯克表面上对清朝皇帝表示恭顺，暗中利用和卓后裔向清廷和新疆官员施压，谋取在新疆南部的特权，必要时直接派兵帮助和卓后裔作乱。和卓后裔也依附浩罕壮大自己的声势，张格尔就许诺将喀什噶尔城赠予浩罕。 （十九）到了浩罕伯克爱玛尔在位时藉张格尔为奇货，暗令其滋扰边界，复匿之境内，故使内地闻之，其情实为狡谲。嘉庆末、道光初张格尔四次潜入新疆西部，倚仗浩罕、布鲁特军队在喀什噶尔一带作乱。1828年张格尔被擒，押解至北京处死。1830年玉素普入卡作乱失败，张格尔之子布素鲁克仍留在浩罕。张格尔死后浩罕继续利用白山派和卓后裔入侵新疆，掠夺喀什噶尔、叶尔羌等地的财富，如道光年间的七和卓之乱、咸丰年间的倭里罕之乱。浩罕被俄国灭亡前夕浩罕权臣阿古柏携布素鲁克入侵新疆，建立“哲德沙尔国”和“洪福汗国”。光绪初左宗棠领兵驱逐阿古柏，收复新疆。布素鲁克下落不明，倭里罕被阿古柏毒杀，和卓家族的子孙至此退出历史舞台。大小和卓西逃后乾隆皇帝下令改革维吾尔人原有的伯克制，禁止伯克世袭，确定大小伯克的品级、员额、俸禄并实行回避，通过有限度的“改土归流”后伯克阶层由世袭贵族转变为清朝的地方官吏。在军事方面回部各城设驻札大臣，领八旗、绿营兵镇守，各城大臣以喀什噶尔参赞大臣为首。1762年置伊犁将军统辖新疆各地，以领兵追击大小和卓的领侍卫内大臣明瑞补授，“军府制”逐渐确立。早在霍集占起兵之时乾隆皇帝已命兆惠清查回部各城户口，调查准噶尔统治时期的历年贡赋。兆惠领兵南下后舒赫德负责办理此事，将人口、土地、赋税情况陆续造册呈报。西域底定后清廷减轻准噶尔、大小和卓统治时期的沉重赋税，废止名目繁多的勒索摊派。同时广辟屯田、治水灌溉、颁行制钱，使新疆经济得到恢复和发展。中国与西亚、南亚的陆路贸易也因回部平定而重新打通，中国出产的茶叶、丝绸、羊毛在叶尔羌、喀什噶尔经浩罕进入波斯和俄国，经拉达克进入英属印度并贩往欧洲，俄国的皮革、火器和英国的鸦片则经叶尔羌流入中国。回部的平定还使自明代中期中断的和阗玉石供应得以恢复，此后和阗玉成为清皇室垄断的珍宝，其采集和运输受到严格的监管。 加赫拉之战
（一）1527年随着巴布尔在坎瓦战役中获得完胜，北印度的反莫卧儿联盟遭到重创。然而拉其普特人与德里苏丹国残部依然有广袤的空间支撑周旋，尤其是后者在东部的恒河流域拥有大片领地，足以继续对入主德里的新人构成威胁。这就逼得莫卧儿王朝集团继续前进，去征服者很少踏足的领域作战。作为坎瓦战役的后续，巴布尔首先在1528年继续对拉其普特人用兵，尤其当他们发现盟主拉那·桑伽要继续筹划军事行动后就迅速挥师其重要盟友所在的米德纳布尔城。利用炮兵火力优势，巴布尔攻陷这座被本地人视为固若金汤的堡垒，许多不愿投降的印度武士纷纷在破城前纵火自焚，连家眷也大都争相赴死，但他们的气节也宣告着莫卧儿帝国解除西部危机。此时在前次大战中落败的马哈茂德-洛迪正躲在西北沿海的古吉拉特境内避难，当得知盟友的城堡被迅速攻克后便想办法迂回逃到东部。在那里许多依然坚持德里苏丹国正统的军阀王公，依然拥戴他为反抗军领袖，同时还有原本与他们关系不佳的孟加拉苏丹国出于唇亡齿寒的考虑而派来部队，在获得部分遭侵夺的土地作为补偿后正式加入反莫卧儿联盟。虽然双方在私底下依然保持戒心，却还是为对付共同的强敌而站在一起。
（二）到1529年初巴布尔也重新征召麾下武装，准备彻底解除东方的巨大隐患。除了少数跟自己从中亚南下的亲卫队外军中的有生力量依然是大批加盟封建武士，不仅是刚刚获得北印度封地的阿富汗佣兵，也有不少向他宣誓效忠的旁遮普地主。当然炮兵终究是必不可少的核心力量，更多来自喀布尔、锡斯坦和德干的民夫苦力也继续为整支大军的运转贡献着绵薄之力。考虑到此次东征的环境与过去大为不同，巴布尔还提前让人筹集或建造船只并不得不放弃移动炮车战术，但船舶还是在运输与战场机动性方面有着无可替代的功效。这年3月莫卧儿军队从德里城的集结地出发，很快就沿着恒河北岸不断东进，一路上他们与任何愿意臣服的封建主结盟，并将部队的规模扩增到5万人，如果遇到忠于前朝的阿富汗裔武装后就尽可能以威逼利诱等方式打通前路。由于对手已经在前次大战中损失惨重，所以很难凑集足够的精锐进行抵御，因此每当莫卧儿人的前哨骑兵与之交战就很容易收获战利品与君主赏赐，哪怕是双方相约派人决斗，新一波的中亚征服者也往往能笑着赢取对方人头。巴布尔则继续保持谨慎作风，每到一地就下令构筑坚固营地，不给熟悉情况的伏击者以任何机会。 （三）到4月下旬莫卧儿军队已成功踏入比哈尔邦，抵达对手的基本盘核心。马哈茂德-洛迪与孟加拉国苏丹也以各种手段凑出号称多达10万的兵力，准备以恒河天险阻击他们。由于本方的精锐骑兵已在坎瓦战役中折损大半，他们的军队已不得不大量使用征召民兵和低级封建主凑数，这些人大都是缺乏高强度训练的步兵，只能以弓箭和其他护身武器进行防御作战。但有了来自南方的援军加入，还是能在关键地段上奋力一搏，尤其是孟加拉苏丹的部队长期习惯于在丛林河道网布的区域作战，也是以船只代替马匹机动的老手。他们故意在恒河与加赫拉河的交界处扎营，以最大可能抵消北方人的骑兵优势。然而莫卧儿并不缺乏可靠的步兵与工程力量，巴布尔就多次乘船观察形势并发现联军的主力已完全依靠孟加拉人担当，他们驻扎在位于整条防线中央的结合部位置并用多达150艘的各类船只作为屏障。余下的比哈尔征召民兵则分为两大部分，据守在孟加拉军队的两翼，并且都有恒河作为天然掩护。但当莫卧儿使节尝试去孟加拉军营策反时就发现他们拒绝与任何比哈尔盟友混合，以此判断双方很难有效配合，于是巴布尔决心在进行大量佯攻与牵制，派人偷偷渡河实施钳形夹攻。
（四）1529年5月1日炮兵首先在恒河与加赫拉河交界处构筑阵地，利用一片视野开阔的高地将大量重炮展开部署。同时又让更多民夫在两翼挖掘防御壕沟，并用泥土建造防御胸墙。这些阵位大都距离河道有一段距离，所以无法被孟加拉船只骚扰。后者也没有可靠的重火力掩护，只能眼睁睁地看着莫卧儿军队摆出长期对峙态势。但与此同时巴布尔也派数千步骑兵到上游较远的地方渡河，为了更好地迷惑守军的他还用小股骑兵往反方向运动，寻找其他可供使用的渡口。数量不多的德里系骑兵就被迫与之保持平行移动，虽然数次阻止越河尝试，但对莫卧儿人的真正企图没有察觉。5月3日巴布尔亲自坐船靠近联军结合部，下令完成部署的炮兵展开大规模轰击，随即就有2艘孟加拉人布置的战船被重炮击沉。但他们却只有旧式的小口径火器，根本没法在同等距离内展开还击。也是由于这里的动静过于巨大，将南岸守军的全部注意力都吸引过来，从而继续忽略其他位置。唯有发现巴布尔本人的坐船就在附近后才在晚上派出熟悉水性的刺客，期望对其实施暗杀。好在被莫卧儿君主的护卫及时发现，吓得行刺者丢下武器就跑。次日莫卧儿军队继续在两条河流的结合部炮击对手，巴布尔还故意派出1000精锐部队沿着加赫拉河北上，假装要从那里坐船登陆，不胜其扰的孟加拉守军也立刻在两个方向上策动反扑。一支船队直接向着对岸发起冲锋，并由第二批人北上阻拦登陆分队，结果莫卧儿人的重炮与火枪手部队很快以密集火力重创正面挑战者。 （五）在接连击沉3艘敌船后又以少量骑兵冲杀那些刚刚上岸的步兵，来不及整队的孟加拉人大都调头上船撤离，却还是被杀到眼前的中亚武士又俘虏1船士兵。至于被他们派往北面的反击分队也在靠岸整队后就被中亚铁骑重创，被瞬间夺去7-8艘渡船。随后的5月4日类似的事情又几乎完整地重演一遍，由于巴布尔持续不断地向北面派出小股部队，引得孟加拉人将更多兵力调往那头。他们在靠近本方的河岸构筑阵地，并尝试以弓箭和小型火器朝对岸射击，一旦发现他们的火力可以触及对岸后进攻者便见好就收的返回原地。可孟加拉守军还是不敢大意，只能继续在那里以防万一。他们也不会想到正是这些反反复复的仰攻行动让另一支庞大的莫卧儿军队在恒河上游完成缓慢横渡，除了最为要紧的骑兵外还有半数的炮兵和火枪手被慢慢送过河。随后才是数量更多的民夫，开始挥汗如雨的挖掘新阵地。终于在1529年的5月5日巴布尔的儿子阿斯卡里向父亲发来消息，由他率领的数千人马已经全部完成渡河，一直被蒙在鼓里的联军士兵直到此时才察觉他们的大规模施工动静。但在派来首批骑兵反击前莫卧儿军队已将所有火炮都准备就绪，等到速度较快的骑手赶到现场后就不可避免地被大量枪炮齐射所击溃。
（六）同时留在正面突出部的炮兵也同步开火，尽可能地将孟加拉人都钉在原地。巴布尔更是从容不迫地下令全军渡河，分别从正面各处与上游的秘密渡口联合行动。先是大船运载的骑兵抵达对岸，然后是划小船赶上的步兵，最后是大量游泳过河的印度教仆从。所有人各司其职，让大批守卫河岸的比哈尔的民兵都无所适从。如梦初醒的马哈茂德-洛迪尽可能抽调精锐赶往恒河上游御敌。但素质低下的征召步兵根本没时间重新整队就遭到源源不断渡河的莫卧儿骑兵夹击，尤其当冲锋同时来自两个方向后这些缺乏必要训练的士兵也就无法再坚持下去。原本可以来增援他们的孟加拉人也突然要面对大批冲下船的骑兵，在阵地和船队都遭炮击损毁的窘境下他们也失去抵抗铁骑冲锋的所有屏障，只能在混乱中任由莫卧儿人砍杀。最终杀红眼的莫卧儿人在当天重创联军部队，在发现自己的苏丹也惨死在乱军中后7000多名阿富汗裔军人向巴布尔投诚，至于无处可逃的孟加拉苏丹也被迫向莫卧儿君主求和，后者的部队只承受很小损失就完成对北印度东部的重大威慑。更重要的是巴布尔依靠来自欧洲的军事技术，仅用3年时间就完成前人可能花30年光阴也难以获取的成绩，这必将对整个南亚次大陆的历史造成不可逆的巨大影响。哪怕后人会在自己死后遭遇挫折，也无需在第二轮征服中面对自己所遭遇的那些强敌。
