Phyloregion manual （4）：evol_distinct、fishnet、get_clades 、hexcols

#方便自己回来复习的个人学习记录，仅供参考，如有错误，请多指正 

写在前面：这部分涉及进化独特性（ED）的度量，研究区域的区域划分（栅格化研究区域），将系统发生树按深度或指定划分类群数进行划分，形成一个颜色映射。

evol_distinct   度量类群进化独特性

计算一组物种的进化特征，进化独特性ED（要素察觉x）反应一个类群的进化多样性，排名靠前的物种具有跟高的进化独特性，也就是跟他关系比较近的物种较少，遗传上比较独特，可能有更多的特有基因，需要首先保护。

evol_distinct( tree, type = c("equal.splits", "fair.proportion"), scale = FALSE, use.branch.lengths = TRUE, ... )

tree对应有枝长的进化树phylo，type里选择其中一种模式，scale没太看懂，use.branch.lengths是否反应枝长信息。

示例：

tree <- ape::rcoal(10)

这里调用了一个ape里的数据，这个树展示如下

几个参数都试了一下，数字会有差异，但是无论如何t9的值肯定是最高的，use.branch.lengths=FLASE的时候t9=1，算是标准化了。

fishnet  将研究区域分割成规则的网格

用法：fishnet(mask, res = 0.5, type = "square")

示例：

get_clades   获取树某一深度后的节点

直接示例：

require(ape)

ape处理系统发育数据

data(bird.orders)

plot(bird.orders)

加载了一个鸟目间关系树，画出来，看样子带枝长信息

axisPhylo(side = 1)

在树图旁添加了一个缩放轴

abline(v=28-23) # the root is here at 28

abline在当前图中加一条或多条线，v是指加垂直的线，根为28这个注释把我偏离，v=28的时候线加在最末端，估计指的是缩放轴吧，加线的时候是从左开始的。

get_clades(bird.orders, 23)

得到的结果就是根据上面这条线切割后分得的类群，cut=23同效，如果想把上面的分成4堆就k=4

hexcols  生成颜色映射

用法：hexcols(x)  x为metaMDS类对象（总算理解MDS了，多维度分析，这里是为了显示聚类结果）

示例：

library(vegan)

vegan提供了描述社区生态的工具。它具有多样性分析、群落排序和差异性分析等最基本的功能。它的大多数多元工具也可以用于其他数据类型。

data(dune)

表格数据

c1 <- metaMDS(dune, trace = 0)

???之后回来补

hexcols(c1)

生成了一个色号对照的映射表

plot(c1$points, pch = 21, cex = 7, bg = hexcols(c1), las = 1)

画点图，pch点类型，cex大小，bg图形背景色【对应了上面的色号映射表】，las坐标轴类型。