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什么是鸟枪法测序?

2023-03-02 09:22 作者:biofount科研试剂  | 我要投稿

鸟枪法测序是一种将DNA序列随机打散成许多小片段,并通过观察重叠区域重新组装序列的测序方法。 较大的哺乳动物基因组难以克隆序列和组装。 这是由于它们的结构复杂性和尺寸。 尽管通过克隆测序方法是可靠的,但对复杂生物的基因组进行测序需要很长时间。 因此,通过鸟枪法测序已成为一种可靠且成本更低、执行速度更快的测序方法。 因此,现代科学家依靠这种测序方法来处理复杂的基因组。

在通过鸟枪测序方法进行克隆的过程中,没有进行常规的基因组作图和克隆步骤。 最初,整个基因组被分成不同大小的片段,从 20 千碱基到 300 千碱基不等。 接下来,进行测序。 然后,使用复杂的计算机软件,有必要通过查看重叠区域来组装片段。

想象一下,从一本书中取出一页,复制数百份,然后将这些副本放入碎纸机中,碎纸机神奇地产生了纸条,其中包含起始页上原始句子的各种点点滴滴。 然后想象一下,阅读每条包含句子片段的条带,寻找重叠的单词和短语,并最终能够通过阅读足够多的那些纸片,在起始页上重建整个文本。 从本质上讲,这就是鸟枪法 DNA 测序。 科学家不是从一页书开始,而是从一段克隆 DNA 甚至整个基因组开始。 DNA 被分解,从 DNA 片段中产生许多很多很多序列读数。 所有这些数据都由一个计算机程序进行分析,该程序寻找重叠的序列片段,并最终将 DNA 拼图拼凑起来。

通过鸟枪法测序有助于提高现有基因组序列的准确性。 这种方法的主要优点是它比通过测序方法进行克隆更快且更便宜。 但是,此过程不涉及使用遗传图谱。 因此,在组装过程中更容易发生错误。 因此,这是鸟枪法的主要缺点。

图1.流感嗜血杆菌基因组的测序


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